Le style particulier à cette façade se retrouve encore dans la grande corniche qui pourtourne l'édifice, et dans les éperons de la nef.
La flêche en bois, revêtue de plomb, qui s'élevait sur le comble au milieu du transcept, devait être aussi, d'après les dessins et gravures qui seuls peuvent nous en donner une idée, de l'époque de la façade, ainsi que toute la charpente du grand comble. Un chapiteau fort curieux, taillé dans le poinçon qui existe encore au centre de la souche de cette flèche, suffit pour fixer d'une manière précise l'époque de sa construction, ainsi celle de la charpente, évidemment du XIIIe siècle. Cette flêche, qui contenait six cloches, fut détruite en 1793.
C'est après la construction de la façade occidentale, et vers le milieu du XIIIe siècle que des modifications graves furent apportées à la basilique de Maurice de Sully. Les fenêtres de la nef et du chœur, dont nous avons déjà parlé, furent alors élargies et allongées jusque sur l'arcature des galeries, et des meneaux furent placés dans ces fenêtres avec assez peu de goût. Cette nouvelle disposition eut cela de fâcheux, qu'elle fit substituer aux combles simples qui couvraient les galeries des terrasses avec doubles cheneaux, qui entretiennent une humidité constante sur les voûtes.
Là commencent déjà les mutilations innombrables que Notre-Dame a subies depuis, car ces grandes fenêtres ogivales, non concentriques avec les anciennes, outre qu'elles ne sont pas en proportion avec tout ce qui les entoure, sont une cause de ruine pour l'édifice, et à laquelle il est difficile d'apporter un remède efficace.
Soit que les portails des transcepts n'aient pas été achevés ou même construits par Maurice de Sully, soit que leur décoration ne fût plus dans le goût du XIIIe siècle, soit que les fenêtres de la nef et du chœur ayant déjà été agrandies, fissent paraître trop petits les jours du transcept, c'est en 1257, sous le règne de Saint-Louis, que Regnault de Corbeil, évêque de Paris, fit élever ou refaire par maître Jean de Chelles le portail méridional du transcept, ainsi que le constate l'inscription curieuse que l'on y voit encore, malgré toutes les mutilations qu'elle subit chaque jour[8]. Tout le premier système d'architecture fut modifié, et des roses furent substituées aux fenêtres.
Jusqu'en 1270, les bas côtés de la cathédrale n'étaient pas ornés de chapelles, cette disposition plus simple et plus grandiose fut abandonnée à cette époque. Jean de Paris, archidiacre de Soissons, mort vers 1270, légua cent livres tournois pour élever ces chapelles[9] qui furent construites entre les contreforts, et ornées extérieurement de pignons et statues[10]. Il est probable que les chapelles qui sont au commencement du chœur furent construites, sinon à la même époque que celles des bas-côtés de la nef, du moins peu de temps après celles-ci, car elles présentent les mêmes caractères.
Le portail septentrional fut bâti cinquante ans après celui du midi, c'est-à-dire vers l'an 1312 ou 1313. Philippe-le-Bel employa à sa construction une partie des biens des Templiers, après la suppression de l'ordre. Ainsi que nous l'avons dit plus haut, la construction de la porte rouge doit être de cette époque, quoique le docteur Grancolas dans son histoire abrégée de l'église et de l'université de Paris, prétende qu'elle ait été bâtie par Jean-Sans-Peur, depuis 1404 jusqu'en 1419:
Les chapelles qui font le tour du chœur ainsi que les fenêtres qui décorent la galerie supérieure dans cette partie de l'édifice sont du commencement du XIVe siècle. Cette époque fit pour les fenêtres de la galerie ce qui avait été fait dans le XIIIe siècle pour les grandes fenêtres; et tous les inconvéniens causés par les eaux pluviales sur les galeries supérieures, se reproduisent sur les voûtes des chapelles du chœur. Les actes de fondation de quelques-unes de ces chapelles, faits en 1324, donnent l'époque de leur fondation, qui s'accordent parfaitement avec leur caractère archéologique[11].
Intérieurement, les XIIe et XIIIe siècle dominent, l'importance de la nef laisse à peine apercevoir toutes les constructions faites dans le XIVe siècle.
Il ne reste plus aujourd'hui qu'une partie des bas-reliefs qui ornaient le tour du chœur, ceux qui se trouvaient dans le rond-point ont été détruits ainsi que le jubé qui en fermait l'entrée. Une inscription placée du côté du nord, au-dessus d'une figure d'homme à genoux, donnait la date de cette charmante imagerie[12].