Comme tous ceux qui tiennent plus de compte des intérêts de tout le monde que des susceptibilités de quelques personnes, Humbert avait oublié qu'il est difficile de critiquer des institutions sans blesser des individus. Mais l'expérience une fois faite, il n'en conçut ni trouble, ni irritation, et poursuivant l'œuvre de réforme qu'il avait commencée, il publia en 1827 un Plan d'améliorations pour le collége de Genève, dans lequel, mieux éclairé, il ne craignait pas de sacrifier quelques-unes des idées émises dans ses précédents écrits. Cet ouvrage avait pour but principal de faire ressortir la nécessité de concentrer plutôt que d'étendre le champ de l'enseignement, et la convenance de séparer les parties de l'instruction qui varient selon la diversité des professions futures. S'il insistait en même temps sur le développement d'objets d'études trop négligés, il signalait nettement les dangers, dans l'instruction secondaire, de l'intolérance didactique. Une judicieuse critique du principe de l'émulation, comme exclusif mobile du progrès, ne formait pas la moins intéressante partie des idées émises par l'auteur. Une portion de ses bons conseils ont été suivis dès lors, mais dès lors aussi l'entassement indigeste des sujets d'enseignement a porté tous les mauvais fruits qu'on en pouvait attendre.

Humbert trouva dans le Journal de Genève, dont il fut l'un des fondateurs, un organe propre à populariser et à défendre ses idées sur l'éducation publique, et il y traita plusieurs questions relatives à l'organisation de l'enseignement. En 1835, il fit paraître sur les mêmes sujets une brochure intitulée: De l'enseignement libre dans l'Académie de Genève, où il montrait les avantages de la concurrence dans l'instruction supérieure, et dont l'idée principale fut réalisée plus tard par le droit accordé aux docteurs des diverses Facultés, de prendre part à l'enseignement académique. Ceux qui ont connu Humbert savent que l'amour désintéressé, mais très-vif, qu'il portait aux bonnes études, et l'ardent désir de conserver à sa patrie, dans toutes les branches de l'instruction publique, une honorable prééminence, étaient les véritables et constants mobiles de ses tentatives de reforme.

Particulièrement frappé, et non sans raison, de l'insuffisance de l'enseignement de la littérature et de la langue française dans les établissements publics, il avait dès l'origine appelé très-fortement l'attention sur cette grave lacune. Il s'efforça d'en faire sentir tout l'inconvénient, et il chercha à en faire découvrir le remède, soit en offrant un prix pour le meilleur mémoire sur les causes qui retardent à Genève l'étude de la littérature, soit en invitant le professeur Monnard à venir de Lausanne donner des leçons publiques de littérature française, soit en suggérant l'idée, réalisée dès lors, d'encouragements spéciaux pour des concours de composition française, soit en exposant lui-même dans un cours à l'Académie, ses vues sur l'étude du style. Aussi doit-on attribuer aux efforts d'Humbert une bonne part d'influence dans les progrès qu'ont fait parmi nous depuis trente ans les connaissances littéraires et l'art d'écrire.

Il avait lui-même un sentiment si vif des difficultés attachées à la pratique du style français, que cette crainte l'empêcha, plus que toute autre cause, de mettre par écrit les idées nombreuses et variées que son esprit toujours actif savait concevoir sans vouloir les fixer. Lorsqu'il se décidait à prendre occasionnellement la plume, comme dans son Discours sur l'utilité de la langue arabe, dans divers articles destinés à la Bibliothèque Universelle de Genève et à la Revue encyclopédique, dans des notices biographiques écrites pour la grande Biographie de Michaud, dans les colonnes du Journal de Genève, il apportait toujours un soin scrupuleux à la rédaction de sa pensée. Son style précis, élégant et ferme perdait en couleur ce qu'il gagnait en pureté. Quoique des études approfondies sur les grands écrivains français lui eussent appris avec quelle liberté ces maîtres en ont usé avec la langue, il s'interdisait par un scrupule souvent excessif les moindres licences littéraires. Très-disposé à les admirer quand, devenues des beautés, elles trouvent dans ce caractère leur justification, il ne se laissait point aveugler, sur les violences faites à la langue, par la célébrité de celui qui en était l'auteur.

Il a jugé de ce point de vue, sans engouement comme sans hostilité, le style tragique de Voltaire dans Mahomet et dans Alzire. Les commentaires, qu'il a imprimés et publiés en partie sur ces deux pièces, montrent comment il comprenait l'application de la critique philologique aux chefs-d'œuvre de la littérature française. Si l'on peut contester la justesse de quelques-unes de ses remarques, il est incontestable que la méthode et la plupart des jugements du commentateur sont de nature à éveiller l'attention du lecteur, à piquer sa curiosité et à suggérer de très-utiles réflexions sur l'emploi et les mystères de notre langue. Humbert avait préparé des annotations du même genre sur d'autres tragédies de Voltaire, et il laisse à moitié rédigée une Anthologie lyrique, ou commentaire sur les meilleurs poëtes lyriques français, dans lequel il soumet leurs vers à une analyse littéraire et grammaticale. Il avait également recueilli, mais incomplétement coordonné, d'abondants matériaux qu'il comptait employer à composer un Guide grammatical de la langue française et un Nouveau traité des tropes. Malheureusement, l'obligation qui lui était imposée de travailler d'une manière entrecoupée, et la fatigue qui, d'année en année, lui rendait toute occupation intellectuelle plus difficile, ne laissaient guère espérer qu'il pût jamais se livrer à l'exécution définitive des plans dont il se plaisait à former le projet et à réunir les matériaux.

Il est particulièrement regrettable qu'il ne lui ait pas été permis de donner suite à celle de ces entreprises qui était la plus avancée et la plus importante. «Il avait conçu, dit Mr Vaucher, le plan d'un dictionnaire de la langue française, dont les mots devaient être puisés uniquement dans les auteurs classiques du dix-septième et du dix-huitième siècle, et qui devait offrir des exemples authentiques de toutes les locutions, tournures, constructions, idiotismes, employés par ces auteurs. Pour l'exécution de ces vastes et utiles projets, il avait lu, la plume à la main, ou fait lire, à ses frais, par des collaborateurs intelligents, tous ces écrivains, et il avait recueilli de la sorte une masse considérable de matériaux, dont il avait déjà fait le triage, et qu'il avait disposés dans l'ordre alphabétique. Le travail sur la lettre A fut communiqué en 1847 à la Commission de l'Académie française chargée de la composition du Dictionnaire historique, qui s'empressa d'en faire prendre copie.»

Humbert voulait publier, sous le titre de: Lexique des gens de lettres, ce grand répertoire dont l'intérêt, pour tous ceux qui s'occupent d'étudier la littérature française ou l'art d'écrire, est assez évident, et qui aurait certainement contribué à accroître encore la réputation de son auteur. Heureusement, Humbert a pris les mesures nécessaires pour que de si utiles matériaux ne soient pas perdus pour la science, et déjà il en avait donné connaissance à un savant philologue, Mr Littré, de l'Institut de France, qui en a fait usage pour un ouvrage du même genre encore inédit.

Tous ces travaux de philologie française, qui occupèrent Humbert la plus grande partie de sa vie, ne l'avaient cependant pas empêché de poursuivre et de perfectionner ses études sur la langue arabe, qui déjà lui avaient valu une chaire à l'Académie de Genève, et sur lesquelles il fondait l'espoir d'acquérir au dehors de nouvelles et légitimes distinctions. Fidèle, dans la culture de cette langue, à la tendance générale de son esprit et de ses travaux, ce ne fut point vers les hauteurs et les arcanes de l'érudition qu'il dirigea ses pas. Il crût rendre à l'étude de cet idiome difficile un plus réel service, en offrant à ceux qui désirent s'y livrer, les secours les mieux faits pour les guider dans cette tâche ardue. C'est dans ce but qu'il publia en 1834 sa Chrestomathia arabica facilior, ou recueil de morceaux choisis, dont l'ensemble présente la succession habilement graduée des difficultés philologiques que soulève la première étude de la langue arabe.

Le mérite spécial de cet ouvrage fut apprécié par les juges compétents, auxquels l'Anthologie avait déjà fait connaître, sous d'autres rapports, le savoir étendu de l'auteur, et ces deux publications savantes devinrent les principaux titres qui valurent à Humbert, en 1835, la place de correspondant de l'Institut de France, Académie des Inscriptions et Belles-lettres. Ce suffrage, accordé à ses travaux par l'une des plus illustres compagnies de l'Europe lettrée, était pour lui la plus précieuse des récompenses, et il trouvait de nouveaux motifs de légitime satisfaction dans les distinctions du même genre que lui octroyèrent aussi la Société asiatique de la Grande-Bretagne et l'Académie royale de Turin.

Stimulé par de tels encouragements, il voulut y répondre en persévérant dans les travaux qui les lui avaient mérités. Il publia, en 1838, un nouveau recueil de morceaux arabes inédits (Arabica Analecta inedita), destinés à faciliter aux commençants l'étude de cette littérature. «Il mit à contribution, pour composer ce livre, les manuscrits arabes de la Bibliothèque publique de Genève, manuscrits qu'il avait, pour la plupart, rassemblés lui-même à Paris, plus de vingt ans auparavant, et qui étaient dus en partie à sa générosité, en partie à celle du savant et respectable Favre-Bertrand». La même année il fit paraître un Guide de la conversation arabe, dans lequel il put mettre en usage la connaissance spéciale qu'il avait acquise des divers dialectes de l'arabe vulgaire par les leçons de maîtres originaires de Syrie et d'Afrique. Un autre ouvrage, élaboré avec les mêmes secours, mais demeuré inédit, quoique entièrement rédigé, est un Recueil de dialogues arabes, dont la publication serait aussi désirable que celle du Dictionarium arabico-latinum, également prêt pour l'impression, et qui forme le complément de tous les livres publiés par l'auteur pour l'étude de cette langue.