Si un pareil droit avait plusieurs inconvéniens généraux, son administration était encore plus dangereuse. Les cheiks furent retirés de l'inspection des commandans de province, les seuls qui dussent, d'après les préjugés et les habitudes anciennes du pays, avoir de l'influence sur eux; ils passèrent sous la police du payeur général, et plus particulièrement sous celle d'inspecteurs turcs et d'un directeur général, que cette organisation faisait chef municipal de l'Égypte, qui, par sa place, avait le droit de correspondre avec tous les cheiks et pouvait soulever en même temps tout le pays, sur tous les points, sans qu'on s'en doutât. Cette place fut donnée à un cheik du Caire qui, déjà deux fois, avait trahi la confiance des Français.
Le général Menou nomma, le 12 fructidor, un directeur général et comptable des revenus de l'Égypte. Le citoyen Estève, payeur général, se prêta, par dévoûment au bien public, à son désir de changer le nom et les attributions de sa place; mais il fut constamment contrarié, et les projets qu'il forma furent estropiés.
L'ordre du jour du 20 fructidor nomma les directeurs et employés de cette nouvelle administration; ils furent plus nombreux et eurent des appointemens plus forts que sous Kléber.
L'ordre sur la marque des ouvrages d'or et d'argent, qui fut publié le 14 fructidor, était utile pour empêcher les friponneries des orfèvres et la fonte des monnaies; mais l'administration de ce droit coûta beaucoup plus qu'il ne pouvait rapporter.
Le général Menou se rappela qu'il y avait un conseil privé dans quelques colonies, et Kléber avait en partie imité cette institution, en formant un comité administratif de cinq membres. Il adjoignit d'abord plusieurs personnes à ce comité; ensuite il le supprima par son ordre du jour du 15 fructidor. Il lui substitua un conseil privé, composé de tous les chefs de l'armée résidant au Caire, et de quelques membres à son choix: mais qu'attendre d'une réunion de quarante à cinquante membres? Ce n'est pas une pareille assemblée qui travaille. Des discussions sur toutes les branches de l'administration auraient amené nécessairement la censure des mesures qu'il avait arrêtées; et lors même qu'on y aurait apporté tous les ménagemens possibles, elles auraient toujours excité, dans l'armée, une fermentation dangereuse pour la discipline: c'était enfin y créer un club. La plupart des chefs qui devaient composer ce conseil étaient déterminés à le faire dissoudre, en déclarant que les prédécesseurs du général Menou avaient administré l'Égypte sans une pareille institution, et qu'ils y voyaient trop d'inconvéniens. Soit qu'il les eût aperçus lui-même, ou qu'il n'eût publié son ordre que pour avoir l'air, en France, de s'entourer de l'opinion et des conseils de tous les chefs de l'armée, l'ouverture des séances fut retardée, puis on n'en parla plus.
On sait que, même en Europe, les innovations en fait d'impôts effraient le commerce. Tout nouveau droit rend peu les premières années, parce qu'on est obligé de mettre sa perception en régie, sujette à beaucoup de non-valeurs, puisqu'il ne peut être affermé d'une manière avantageuse avant que son produit soit bien connu. Ces inconvéniens sont bien plus forts dans un pays où les habitans s'effarouchent de la plus légère atteinte portée à leurs anciens usages. Ces considérations n'arrêtèrent pas le général Menou, qui publia, le 16 fructidor, un nouveau réglement sur les douanes. Il manifestait l'intention de favoriser le commerce avec la Syrie; mais il l'entrava de droits et de formalités qui rebutèrent les Arabes conducteurs des caravanes, et les décidèrent à faire la contrebande, que les frontières du pays leur rendaient très facile.
Kléber, afin d'encourager les bâtimens grecs à venir dans les ports d'Égypte, avait accordé des exemptions de droits et même des primes, pour l'importation des articles dont l'armée avait le plus grand besoin. Les droits furent rétablis, et on substitua aux primes des avis imprimés qui promettaient sûreté et protection à ceux qui viendraient; on les soumit en même temps à une foule de formalités pour la vente de leurs marchandises, et pour le chargement en retour.
Le commerce avec l'Arabie est fort avantageux à l'Égypte; elle y verse l'excédant des grains de la Haute-Égypte, et en tire en échange le café, les gommes, l'encens, des étoffes de l'Inde, etc., qui lui servent à solder les marchandises qu'elle tire d'Europe. Le port de Gosséir, qui, par sa proximité de ceux de l'Arabie, convient le mieux pour ce commerce, se trouvait dans l'apanage de Mourâd-Bey. Afin de forcer le commerce à refluer à Souez, fort occupé par les Français, on greva toutes les marchandises qui sortaient des terres de Mourâd-Bey, d'une douane excessive, sans offrir dans le port où l'on voulait attirer les Arabes, les articles dont ils ont besoin. Le commerce avec l'Arabie en souffrit, et le peu de bâtimens qui vinrent à Souez n'y trouvant pas de marchandises, vendirent en numéraire.
Le changement des droits de la douane établis à Siout, sur le commerce avec l'intérieur de l'Afrique, fit une mauvaise impression sur les caravanes, qui déjà se multipliaient d'après l'accueil que les premières qui virent les Français en avaient reçu.
Dans son ordre du jour du 20, le général Menou donna une nouvelle organisation, et fit des diminutions à un droit qui se percevait, depuis les temps les plus anciens, sur les successions, sous le nom de Beit-El-Mahl.