Les chaloupes, formées sur une ligne séparée en cinq divisions, s'approchent lentement de la côte. Les troupes françaises, pour se garantir du feu des chaloupes canonnières ennemies, disposées en avant et sur les flancs de celles de transport, prennent position derrière les mamelons de sable, dans l'ordre suivant: la 61e demi-brigade, avec une pièce de 12, deux obusiers, et ses deux pièces de 4, sa droite vers le commencement de la digue du lac Maadiëh; le 18e de dragons à la gauche de cette demi-brigade, le 20e de dragons et la 75e sur le revers occidental de la hauteur des puits. Les détachemens de la 25e et de la 51e forment, avec deux pièces de 8 et un obusier, une réserve entre ce dernier corps et le fort d'Aboukir.
La hauteur des puits est un mamelon de sable mouvant, de pente rapide, surtout du côté de la mer. Ce point est le seul où des troupes qui débarquent puissent trouver une position militaire avantageuse[29]. La ligne de chaloupes anglaises reste long-temps au milieu de la baie; elle paraît menacer tous les points de la côte; enfin elle se divise en deux lignes. Arrivées à portée de canon, elles se serrent davantage, et viennent aborder au pied de cette hauteur. Les matelots ramaient debout et avec vigueur, sans s'inquiéter de l'artillerie française, tandis que l'infanterie était couchée au fond des chaloupes. La droite, en mettant pied à terre, gravit promptement la hauteur, et s'y met en bataille; la gauche s'étend sur le revers, de manière à appuyer son flanc à la mer. La 61e demi-brigade charge aussitôt la gauche des ennemis, qui ne peuvent soutenir ce premier choc; une compagnie de grenadiers, qui s'établit sur douze chaloupes, les prend de revers; déjà beaucoup d'entre eux jettent leurs armes, mais la seconde ligne, qui venait de débarquer, leur porte du secours. La 61e, trop faible alors pour culbuter seule les Anglais et reprendre la hauteur, borne ses efforts à soutenir le combat.
Le 18e et le 20e de dragons chargent, à la gauche de la 61e, les premières troupes formées sur la hauteur; ces deux corps, repoussés à cette première attaque, essaient une seconde charge sur la gauche des ennemis, mais le feu de la seconde ligne les force de se retirer.
La 75e, avertie trop tard de l'instant du débarquement, trouve les Anglais formés sur la hauteur; en un moment la moitié de ses premiers pelotons est mise hors de combat par les feux de la ligne anglaise, son déploiement ne peut s'effectuer; elle est obligée de se retirer.
Les pièces d'artillerie qui étaient à gauche, ne faisant pas assez d'effet, on voulut les rapprocher de la hauteur, avec les détachemens de la 51e et de la 25e; mais les sables ayant apporté des lenteurs dans ce mouvement, les Anglais étaient déjà formés à leur arrivée: ils rejoignirent la 75e demi-brigade, qui s'était retirée à la distance de trois cents toises.
La 61e reçoit alors l'ordre de se retirer; les soldats, mêlés depuis deux heures avec les Anglais, et d'autant plus animés qu'ils obtenaient quelques succès, quittent avec peine le champ de bataille. Cette demi-brigade effectue sa retraite dans le meilleur ordre, emmène toute son artillerie et forme l'arrière-garde. On détache dans Aboukir une compagnie de la 51e pour renforcer la garnison de ce fort, et les troupes se réunissent à l'Embarcadaire[30]. Alexandrie avait été laissée presque sans garnison, et les Anglais pouvant tenter quelque nouvelle attaque, qui aurait empêché les troupes de protéger cette place importante, on s'y retira pendant la nuit.
Le bataillon de la 75e, le détachement de la 25e et le 3e de dragons, qui étaient à Edko, reçurent, par des signaux, l'ordre de venir à Alexandrie; d'après une mauvaise interprétation de cet ordre, la Maison-Carrée, poste fortifié, important à conserver pour défendre le passage de le bouche du lac, fut évacuée et démantelée. Il resta à Rosette cinquante hommes de la 61e, et au fort Julien une compagnie de cette demi-brigade, et des invalides.
Lorsque les Anglais furent bien certains de la retraite des troupes françaises, ils envoyèrent un corps sur la hauteur qui domine le village d'Aboukir, pour bloquer le fort, et poussèrent leur avant-garde jusqu'au défilé de l'Embarcadaire.
On apprit au Caire, le 20, à cinq heures du soir, le débarquement des Anglais. Toute l'armée vit alors quelle faute on avait faite de ne pas marcher au premier avis. On lui avait fait perdre les momens les plus favorables, les sept jours écoulés depuis l'apparition des ennemis jusqu'à leur débarquement. La cavalerie aurait pu, à marches forcées, arriver le 17. Deux jours après, dix mille hommes et cinquante pièces de canon auraient pu être réunis vers Aboukir, et détruire entièrement cette armée, avant qu'elle eût achevé de s'organiser, débarqué son artillerie et retranché son camp: ce moment passé, le succès devenait plus douteux. On était instruit que le visir était campé à Yabnëh, qu'on l'attendait à El-A'rych, et qu'il se disposait à passer le désert. On ne pouvait savoir si on aurait encore le temps d'aller battre les Anglais, et de revenir sur la frontière de Syrie avant son arrivée, et on avait la nouvelle qu'une partie de la flotte anglaise de l'Inde était déjà dans la mer Rouge. On ignorait si les Anglais avaient poursuivi vivement les troupes qui s'étaient opposées à leur débarquement; s'ils leur avaient fait éprouver une perte considérable, s'ils avaient su profiter de ce premier succès pour attaquer aussitôt Alexandrie, et s'en emparer par un coup de main audacieux. Cette ville n'était pas en état de tenir huit jours contre une attaque régulière; on pouvait craindre de n'arriver qu'après sa chute; et lors même que les Anglais ne l'auraient pas attaquée, on leur avait laissé le temps de se retrancher dans quelques fortes positions. On pouvait craindre enfin qu'ils n'eussent obtenu quelques succès partiels sur les trois demi-brigades parties avec le général Lanusse. Tous ces motifs devaient faire sentir la nécessité de rassembler promptement un corps d'armée considérable, d'évacuer plusieurs postes, et de ne laisser dans ceux qu'on jugerait nécessaires que de faibles détachemens.
Le général Menou fit partir du Caire, le 21, la 88e demi-brigade, un bataillon de la 25e, huit cent cinquante hommes de la 21e, arrivés de Beneisouef, la cavalerie et le parc d'artillerie, qu'il borna seulement à trois pièces de 12. Il écrivit au général Rampon de partir pour Rahmaniëh avec la 32e, les carabiniers de la 2e et une partie du 20e} de dragons, et de laisser à Damiette, à Lesbëh et autres forts, le reste de la 2e légère, cent dragons du 20e et une compagnie d'artillerie légère. Le général Reynier reçut l'ordre de faire partir la 13e pour Rahmaniëh, par la route du Delta, et d'envoyer au Caire la 9e demi-brigade, qui devait remplacer la 85e, destinée pour Rahmaniëh. Cet ordre, d'un style fort ambigu, laissait ce général à Belbéis, avec son artillerie et son ambulance, sans moyens à opposer au visir. Deux demi-brigades de sa division étaient disposées dans les places du Caire, de Belbéis et de Salêhiëh, et la marche de la 13e par le Delta, devant être fort longue dans cette saison, le général Reynier se détermina à passer avec elle par le Caire, à se mettre à la tête des deux demi-brigades de sa division qui allaient à l'ennemi, et à emmener son artillerie.