Les choses restèrent dans cet état jusqu'au 16 floréal, les deux armées se bornant à retrancher leur position. Dans cet intervalle de temps, des convois de quatre à cinq cents chameaux faisaient continuellement des transports de Rahmaniëh à Alexandrie; mais le grand nombre de chevaux qu'on y gardait très inutilement, obligeait à y porter des fourrages pour les nourrir, tandis qu'une grande quantité de vivres de diverse nature, et de munitions, qui avaient été expédiées du Caire par ordre du général Menou, restaient à Rahmaniëh, faute de moyens de transport suffisans.
Les eaux s'étendirent lentement dans le lac Maréotis; elles atteignirent Mariout le 5 floréal, et le 16, la tour des Arabes: alors, on établit à Mariout, où le lac est resserré et se divise en deux bras, des bateaux pour le passage, et on plaça dans l'île quelques pièces de canon pour les protéger: on y fit aussi porter des barques qui furent armées, pour former une petite flottille et observer celle que les Anglais y firent pareillement entrer du lac Maadiëh. Les convois devinrent alors plus difficiles.
La flottille que les Anglais avaient fait entrer dans le Nil fut portée successivement à quarante bâtimens armés. Le 19 floréal, ils reçurent, à Aboukir, un renfort de deux mille neuf cents hommes, qui remplaça leurs pertes.
La position prise par les troupes françaises à El-Aft était mauvaise; son front était fortifié, mais l'ennemi pouvait marcher entre sa gauche et le lac, et la tourner; il pouvait aussi faire passer entre les lacs d'Edko et Maadiëh un corps qui, se portant sur Rahmaniëh, aurait forcé à s'y reployer pour défendre les magasins. La droite de cette position, appuyée au Nil, était, il est vrai, flanquée par quelques chaloupes canonnières; mais les Anglais pouvaient placer sur la rive droite du fleuve des batteries pour protéger leur flottille, déjà beaucoup supérieure. Il aurait peut-être mieux valu laisser seulement une petite avant-garde vers El-Aft, pour observer les mouvemens des Anglais, et au lieu de s'enfermer dans de faibles retranchemens, tenir la campagne autour de Rahmaniëh, afin de saisir le moment où les Anglais seraient dans un pays plus ouvert, pour attaquer une de leurs ailes avec cette supériorité que donnait à l'infanterie française la rapidité de sa marche.
Les Anglais se décidèrent enfin à commencer de nouvelles opérations. Ils avaient divisé leur armée, afin de pouvoir garder leur position dans la presqu'île d'Aboukir, et agir en même temps dans l'intérieur de l'Égypte. Malgré l'avantage du nombre, ils craignaient encore qu'on ne profitât de ce moment pour réunir un corps d'armée et les combattre divisés: aussi tous leurs mouvemens annoncèrent de la timidité. Le 16 floréal, sept mille Anglais et six mille Turcs vinrent camper près de Dérout, et poussèrent une reconnaissance sur le camp d'El-Aft; leur flottille remonta le Nil jusqu'à la même hauteur.
Le 18, un corps d'Anglais et de Turcs passa sur la rive droite du Nil, à Fouah, avec de l'artillerie, qui de suite fut mise en batterie au-dessus d'El-Aft, tandis que l'armée anglo-turque s'avançait contre les Français.
Les défauts de cette position d'El-Aft ont été indiqués ci-dessus; ils furent alors bien sentis; on n'engagea pas le combat, et on se retira sur Rahmaniëh.
Les batteries établies sur la rive droite du Nil gênèrent la retraite de la flottille française; une chaloupe canonnière fut brûlée, d'autres coulées, mais quatre barques armées parvinrent à Rahmaniëh.
Le 19, les Anglo-Turcs marchèrent sur ce poste. La gauche, qui suivait le bord du Nil, était composée de Turcs; les Anglais marchaient en colonne à leur droite; un corps venant de Damanhour devait les joindre.
Si on avait voulu se déterminer sérieusement à combattre les Anglais à Rahmaniëh, il aurait fallu s'éloigner un peu du Nil, pour ôter aux ennemis l'avantage que leur donnait leur flottille, et se procurer celui des armes qui leur manquaient, la cavalerie et l'artillerie légère: il aurait fallu attaquer leur aile droite lorsqu'ils auraient passé le canal d'Alexandrie, et laisser insulter par les Turcs la redoute de Rahmaniëh, qui était à l'abri d'un coup de main; il aurait fallu, pour prévoir à tous les événemens, faire remonter le Nil à plus de deux cents barques chargées de vivres et de munitions, qui devaient être perdues aussitôt que les Anglais auraient établi des batteries sur la rive droite.