Les troupes étaient disséminées autour d'Alexandrie, et partout trop faibles pour résister aux attaques des ennemis, qui, sur tous les points, pouvaient se présenter avec des forces infiniment plus nombreuses. Le seul parti à prendre pour en prolonger la défense, était de la considérer comme un grand camp retranché, de se renfermer dans les ouvrages, et de conserver toujours au centre un gros corps disponible, qu'on aurait opposé à l'ennemi sur les points où il aurait attaqué l'enceinte. Pour cet effet, il aurait fallu évacuer le camp de Nicopolis, et ne conserver en dehors de la place que le fort Leturcq, les hauteurs de la colonne de Pompée, une partie de l'enceinte des Arabes et la redoute de Cléopâtre. Par ce moyen, on aurait pu disputer encore quelque temps la prise d'Alexandrie contre des ennemis peu entreprenans; mais, lors même que le général Menou aurait su prendre ce parti, il n'était plus temps de l'adopter, parce que les vivres et l'eau allaient manquer: il n'en restait que jusqu'aux premiers jours de vendémiaire. Les soldats, qui ne recevaient depuis long-temps que du pain composé de moitié blé et moitié riz et un peu de viande de cheval, étaient épuisés par cette mauvaise nourriture; et l'eau, devenue saumâtre, donnait naissance à beaucoup de maladies, particulièrement au scorbut; les hôpitaux étaient encombrés de plus de deux mille malades: d'autres, convalescens ou éclopés, n'étaient en état de faire que le service des forts; il ne restait pas trois mille hommes en état de se battre, et ils étaient accablés par les privations et la fatigue des journées précédentes.
D'après ces réflexions, on fut convaincu que lors même qu'on pourrait encore défendre quelque temps Alexandrie, la famine forcerait bientôt à capituler, et qu'il valait mieux s'y résoudre avant que les Anglais eussent resserré davantage la place et obtenu quelque succès, parce qu'on pouvait encore leur dicter les conditions de l'évacuation; mais personne n'osait en parler au général Menou, qui ne savait ni comment combattre, ni comment capituler. Cependant quelques généraux et chefs de corps lui firent part de leur opinion le 9 fructidor. Le général Menou envoya aussitôt aux Anglais un parlementaire, pour demander une suspension d'armes de trois jours, pendant lesquels on traiterait de l'évacuation: elle lui fut accordée. Les généraux furent assemblés le lendemain en conseil de guerre: on y arrêta qu'il était inutile de prolonger la défense, et on fixa les conditions qu'on pourrait proposer. Le général Menou, toujours fidèle à son système de rejeter ses fautes sur les autres, dit que c'était l'évacuation du Caire qui entraînait celle d'Alexandrie, et ne parla plus de s'ensevelir sous les murs de cette place. Il fut dressé procès-verbal de ce conseil de guerre et des motifs qui déterminaient à traiter; la capitulation fut signée le 12, et ratifiée le 13 par les généraux en chef.
On remit, le 15 fructidor, les forts Leturcq et Duvivier et le camp de Nicopolis aux Anglais, qui s'engagèrent à fournir les bâtimens nécessaires au transport de la garnison en France: elle s'embarqua avec armes et bagages. Les trois frégates et les autres bâtimens qui se trouvaient dans le port d'Alexandrie furent remis aux ennemis. Le capitaine Villeneuve commandait ces frégates: il avait voulu, lorsqu'on se disposait à capituler, essayer de sortir pendant la nuit, afin de sauver ces bâtimens, s'il était possible, ou de ne les perdre au moins qu'après un combat; mais il n'avait pu en obtenir l'agrément du général Menou.
On avait maladroitement inséré dans la capitulation un article relatif aux collections faites par les membres de l'Institut et de la Commission des Arts: les Anglais n'avaient pas voulu l'accorder, mais les naturalistes, par leur fermeté dans le refus d'abandonner leurs collections, et la menace de les brûler, surmontèrent ces difficultés: on ne laissa que quelques statues grossièrement sculptées et un sarcophage de granit.
Les troupes s'embarquèrent dans la première décade de vendémiaire. Quelques bâtimens quittaient les côtes d'Égypte lorsqu'on signait à Londres les préliminaires de la paix et l'article par lequel cette province devait être restituée aux Turcs.
Ainsi s'est terminée l'expédition d'Égypte. Tant il est vrai qu'un chef inhabile détruit par sa seule influence tous les ressorts qui lui sont confiés; mais peu d'armées sans doute ont plus de droits à l'admiration que celle d'Orient. Transportée sur un sol étranger, l'événement funeste du combat naval d'Aboukir pose une barrière entre elle et sa patrie; elle n'en est point abattue; une marche rapide la porte au centre du pays, tous ses pas y sont marqués par des victoires; chaque jour lui offrait des fatigues sans nombre, des dangers toujours renaissans, des privations de tous les genres, aucune de ces jouissances qui, avec les combats, partagent les momens du militaire et lui font oublier les fatigues de la guerre. Tous, officiers, soldats, supportaient volontiers cette existence pénible, appréciant, par l'opiniâtreté que les ennemis mettaient dans leurs attaques réitérées, combien la possession de l'Égypte serait utile à leur patrie; et cette idée compensait à leurs yeux tout ce qu'ils avaient à souffrir.
Les revers qu'elle a éprouvés dans la dernière campagne, n'atteignent point sa gloire. Disséminée par les dispositions de son chef, elle a long-temps imposé sur tous les points à des ennemis toujours supérieurs en nombre; et son attitude fière, dans les momens les plus difficiles, a constamment ralenti leur marche.
La seule opération qui fasse honneur aux Anglais, est leur débarquement, et ils en doivent la réussite à leur marine; car six mille hommes qu'elle parvint à jeter à la fois sur la côte, furent ébranlés par dix-sept cents hommes, obligés de veiller en même temps sur toute l'étendue de la baie d'Aboukir, et qui, par conséquent, ne purent agir ensemble sur le point d'attaque.
L'armée anglaise, après son débarquement, ne tenta que le 22 ventôse de s'approcher d'Alexandrie. Elle aurait dû y rencontrer l'armée française réunie; il n'y avait que quatre mille hommes qui lui disputèrent le terrain et l'intimidèrent au point qu'elle n'osa attaquer cette place; et loin de profiter de cet avantage, elle prend la défensive et se retranche.
Le 30 ventôse, les Français vont l'attaquer, dans une position resserrée qu'elle avait eu le temps de fortifier; des chaloupes canonnières sur la mer et sur le lac Maadiëh couvraient ses flancs; le nombre de ses troupes était double. L'obscurité de la nuit, la mort de plusieurs chefs jette du désordre dans l'armée française, et celui qui la commande se tenant à l'écart ne peut la réorganiser lui-même, et n'en veut confier le soin à personne; il fait écraser la cavalerie; l'armée est obligée de se retirer, et les Anglais manquent encore cette occasion de profiter de leurs succès.