Elle n'avait pas tardé à trouver ce qu'elle cherchait : l'idéal de son rêve effréné.
Il y avait à la cour d'Écosse un homme que la clairvoyance des plus habiles ambassadeurs d'Élisabeth avait dès longtemps pénétré et pressenti. « C'est un jeune ambitieux très-entreprenant, » écrivait de France Trokmorton en 1560. « Il faut que ses ennemis aient l'œil sur lui et le surveillent de près. » Randolph écrivait d'Édimbourg, en 1563 : « Si jamais il reprend son crédit, ce sera un vautour dans ce royaume. »
Bothwell dissimulait le crime sous ses vices. Il avait été pirate. Il s'était mêlé à ces terribles corsaires de l'Océan qui avaient l'égorgement pour habitude et la rapine pour religion. Ils pillaient les châteaux, les monastères, volaient, violaient, tuaient, s'enivraient sur des décombres, y partageaient leur butin, et le cachaient soit dans des îles inhabitées, soit dans des lieux déserts. On ne saurait croire à quel point ces brigands unissaient à l'insatiable soif de l'or la superstition et la cruauté. Quand ils avaient enfoui leurs richesses, ils immolaient tantôt un blanc, tantôt un noir, quelquefois une jeune fille ; et ils enterraient la victime avec leur trésor, afin qu'il fût gardé par l'effroi que répandrait tout autour l'esprit du mort. Voilà les traditions, qui ne sont souvent que la vérité de l'histoire colorée naïvement par le peuple ; et tels étaient les compagnons que Bothwell avait plusieurs fois commandés!
Marie avait traversé bien des phases du cœur. Elle avait presque épuisé toutes les vicissitudes et toutes les délices de l'amour dans le mariage et hors du mariage. Elle avait aimé le roi François II, Riccio et Darnley. Des deux côtés du détroit, elle avait noué et dénoué des liaisons de plaisir comme des songes légers dans le sommeil. Elle se sentait lasse de la galanterie, du caprice, de la coquetterie, de la passion permise ; elle rêvait une autre passion. Ni les courtisans de France, braves et spirituels ; ni les archiducs, ni les princes de Bourbon, ni les infants d'Espagne, ni les lords d'Angleterre, ni même des héros épiques, ainsi que ses oncles ou ses cousins de Lorraine, ne suffisaient plus à son désir. Il fallait à son goût blasé et à ses sens de feu un type nouveau, criminel, un pirate, non de la poésie, mais de la réalité. Ce pirate, allié à la famille de Byron, dont il avait épousé l'une des ancêtres, lady Gordon, et que Byron chanta trois siècles après Marie Stuart, elle l'avait connu, aimé. Il s'appelait Bothwell.
Une de ses favorites le lui révéla. L'imagination de la reine s'alluma aux conversations de lady Reres. C'était une femme de vie licencieuse. Elle trouvait je ne sais quelle saveur de plaisir à raconter sa jeunesse cynique. Elle fut l'une des héroïnes qui inspirèrent Brantôme, et qu'il peignit avec une verve si effrontée. Lady Reres ne quittait pas la reine. Elle était de sa plus familière intimité. Une certaine affinité de nature les attirait l'une vers l'autre. Lady Reres avait été la maîtresse de Bothwell. Après une scandaleuse liaison, ils s'étaient quittés sans se haïr. Une admiration singulière avait survécu dans lady Reres à un amour passager. Elle parla de Bothwell à la reine et de la reine à Bothwell. Par un de ces raffinements de débauche morale dont le XVIe siècle offre tant d'exemples, elle consentit à introduire le comte dans l'appartement de la reine sans en prévenir Marie. La reine n'habitait pas alors Holyrood (août 1566). Elle s'était retirée pour quelques semaines dans une maison de lord Fleming, afin d'avoir plus de repos et de liberté qu'au château. C'est là qu'elle écoutait des heures entières les récits de lady Reres, qui s'apercevait de l'impression qu'elle produisait et qui cherchait à la redoubler. Cette impression n'était pas de l'amour, mais une sorte d'étonnement mystérieux et comme un attrait de volupté inquiète. Lady Reres pressa le dénoûment de cette aventure, qu'elle avait concertée d'avance avec Bothwell. Elle ouvrit l'accès des jardins au comte, le fit entrer secrètement dans la chambre et jusque dans le lit de la reine. Telle fut, selon l'opinion des contemporains, l'origine de cet amour si fécond en catastrophes tragiques ; amour tellement fatal, invincible, que même les courtisans ne furent pas éloignés de croire Marie sous l'impression de la sorcellerie, sous le charme d'un philtre surnaturel. « … Le comte de Bothwell, dit l'ambassadeur de France en Angleterre, la Mothe-Fénelon, en sçait bien le mestier, n'ayant faict plus grande profession, du temps qu'il estoit aux escolles, que de lire et estudier en la négromancie et magie défendue. »
Bothwell était un gentilhomme de race ancienne. Il avait des manières de grand seigneur et des hauteurs féodales. Son front résolu ne rougissait jamais ; ses yeux semblaient beaux, quoiqu'il en eût perdu un. Bothwell était loin d'être défiguré par ce terrible accident de sa vie de corsaire : il n'y paraissait presque pas. Sa voix, d'un timbre mâle, savait s'insinuer par des inflexions très-douces. Sa bouche était dédaigneuse, son nez accentué, sa physionomie patricienne. Il avait le regard fascinateur de l'homme de proie. Ce visage martial, cette taille noble et dégagée, cette âme sans scrupule, cet esprit présomptueux, pervers, et jusqu'à l'attentat commis si audacieusement sur elle-même, séduisirent Marie et l'entraînèrent.
Tous ces dons de l'enfer étaient relevés par une mine fière et par un air de défi à la fortune, aux dangers et au malheur. Bothwell était brave et de trempe à lutter avec les périls. Mais s'il avait le courage du tempérament, qui triomphe avec orgueil ou qui succombe avec obstination, aurait-il le courage de la conscience ou du fanatisme ou de l'amour, le courage qui sauve de la folie et qui se résigne aux longues misères, à l'isolement, aux cachots? L'avenir ne répondra que trop.
En attendant, perdu de dettes et de débauches, Bothwell était un scandale vivant. Il avait des maîtresses innombrables et trois femmes dont chacune se croyait légitime. Il n'était pas de la religion de Marie, et tout semblait devoir les séparer. Tout les réunit, même les infamies de cet étrange amant, irrésistible sur le cœur de la reine corrompue dans sa fleur à la cour des Valois.
Une démarche où éclata du reste autant de sensibilité que d'imprudence, trahit la passion de Marie. Elle avait élevé le comte de Bothwell aux plus hautes dignités de l'État. Parmi ses titres, il en avait un très-important, celui de lord gardien des frontières. Il était chargé de surveiller toutes les marches ; ce qui lui donnait la dictature des comtés du sud. Lorsque ce grand commandement l'appelait, il habitait le château de l'Ermitage, forteresse royale d'où il dirigeait des expéditions pour rétablir la paix, intimider les troupes de maraudeurs et repousser les Anglais. Dans l'une de ces expéditions, il voulut arrêter lui-même un chef de bande, John Elliot de Park. Malgré le nombre des assaillants, le maraudeur se défendit avec l'intrépidité du désespoir et blessa Bothwell à la main. Le comte fut transporté à l'Ermitage, et Marie Stuart, qui tenait une cour de justice à Jedburgh, fut avertie le 15 octobre de cet événement. Elle ne balança point. Elle monta à cheval, et, suivie de quelques gentilshommes de sa maison, elle franchit à travers champs, marais, bois, montagnes, une distance de vingt milles d'Angleterre. Elle arriva dans une émotion inexprimable à l'Ermitage. Le comte était mieux. La reine, rassurée, songeant à la hardiesse de sa conduite, au chagrin de ses amis, à la joie de ses ennemis, revint le même jour à Jedburgh par les mêmes chemins rudes et impraticables. « M. le comte de Bothwell, écrit naïvement du Croc à Catherine de Médicis, est hors de danger, de quoy la royne est bien fort ayse ; ce ne luy eust pas esté peu de perte que de le perdre. »
Marie tomba elle-même malade le 16, et les fatigues, les saisissements de la veille mirent sa vie en péril. Elle se révèle tout entière dans des sonnets qui sont le journal rhythmique et secret de son âme.