Cette situation révéla en effet dans le malheureux capitaine, battu par les fautes des siens, le coup d'œil, l'audace indomptable, l'invention et l'esprit de ressource d'un grand chef de parti.
Il changea le théâtre de la guerre, s'enfonça dans le Midi, s'y promena en long et en large, s'y refit, ramassa une autre armée, d'arquebusiers surtout. Tout au contraire, les catholiques languissent et se consument au siége de Saint-Jean-d'Angély. Le roi y est venu; son frère Anjou s'est retiré. Dès lors, tous les amis de celui-ci, et Catherine elle-même, ont entravé et ralenti les choses, fait désirer la paix. Les propositions royales viennent trouver Coligny à Nîmes. Il les refuse, et déclare à ses troupes que, par le Rhône et la Loire, il entend marcher sur Paris.
Temps singulier, de romanesque audace! Ce prodigieux voyage n'étonne personne. Il se fût accompli, si Coligny n'eût succombé à l'excès des fatigues. Le voilà alité, porté, mal suppléé par Louis de Nassau. Ce torrent d'armes et de guerre qui, du Midi, roulait au Nord, commence à tarir peu à peu. Par une résolution sage et hardie, pour n'être quitté, Coligny les quitte; il déclare qu'il ne garde que sa cavalerie, laisse l'infanterie et les canons. Il va rapidement vers la Loire protestante, qui lui donnera une autre armée. On essayera en vain de lui couper la route.
Deux fois plus forts, les catholiques ne peuvent l'arrêter, ni même le combattre dans les positions qu'il choisit.
Le Poitou, pendant ce temps, avait de nouveau échappé aux catholiques. Coligny, sur la Loire, grossi des protestants du Centre et de l'Ouest, pouvait tenir parole et marcher sur Paris.
La reine mère désirait fort la paix. On en comprend les causes. Non-seulement les ressources manquaient, mais, en s'arrêtant là, elle avait juste ce qu'elle désirait. Son fils chéri restait glorieux, Charles IX effacé. Sa présence à l'armée, son séjour de trois mois au siége de Saint-Jean-d'Angély, semblaient avoir tué le parti catholique. Henri de Guise n'avait paru que pour recevoir un échec. Le bien-aimé Henri d'Anjou gardait tous les lauriers, demeurait le héros de Jarnac et de Montcontour.
Mais Catherine n'obtint cette paix qu'à des conditions très-sévères. Non-seulement Coligny exigea la liberté de conscience pour tous, la liberté du culte pour les villes déjà protestantes, pour les châteaux des protestants, non-seulement l'admission aux emplois, mais une reconnaissance du roi que ceux qui venaient de lui faire la guerre étaient ses très-loyaux sujets. Les Parlements et tribunaux avaient la honte de rayer leurs arrêts.
Le roi, pour garantie de sa parole, laissait pour deux ans quatre places de sûreté, la Rochelle et la mer, la Charité, la clef du centre, Cognac et Montauban, la porte du Midi (Paix de Saint-Germain, 8 août 1570).
Paix glorieuse, s'il en fut jamais, qui semblait fonder la liberté religieuse.
Philippe II et Pie V pouvaient crier. Mais les secours d'Espagne, faibles en 1568, furent nuls en 1570. La cour de France avait à dire, en se soumettant à la paix, qu'elle y était contrainte, l'Espagne l'ayant abandonnée.