Trois hommes furent tués tout d'abord, avant l'arrivée de Guise.
Les catholiques soutiennent que les protestants jetèrent des pierres. Guise présent, la tuerie continua à coups d'épée, de coutelas, de poignard. On tira, à coups d'arquebuse, ceux qui étaient de côté sur les échafauds. Quelques-uns percèrent le toit, échappèrent et sautèrent même dans les fossés de la ville. Plusieurs restèrent sur le toit; le duc criait: «À bas, canailles!» Un seul de ses domestiques se vantait d'avoir à lui seul abattu six de ces pigeons.
La duchesse, qui attendait hors des portes, entendit pourtant ces horribles cris; elle fit dire à son mari: «Sauvez du moins les femmes grosses.» Et dès ce moment, en effet, les femmes ne furent plus tuées.
Le ministre Morel, qui d'abord était resté dans sa chaire, échappait dans le tumulte, et il était près de la porte, quand il heurta un cadavre, tomba, fut pris, reconnu, fort blessé et mené à Guise. Le duc lui demandant comment il avait séduit ce peuple, il eut la force encore de dire: «Monsieur, je ne suis pas séditieux, mais j'ai prêché l'Évangile.» Guise lui tourna le dos et le laissa aux laquais, qui s'en firent un horrible jeu. Les dévotes de la ville vinrent par-dessus pour le tuer, disant: «Il est cause de tout.» Ce ne fut pas sans peine qu'on l'arracha de leurs ongles, pour pouvoir lui faire son procès.
Le jeune cardinal de Guise était resté appuyé contre le mur du cimetière, et regardait le massacre. Le duc lui donna le livre qu'on avait trouvé dans la chaire. Le cardinal regarda et dit: «C'est la Sainte Écriture.» Cinquante à soixante cadavres furent ramassés, enterrés. Les blessés étaient innombrables.
L'événement se répandit avec une rapidité inouïe, et saisit tout le monde d'horreur. Partout on en fit des gravures, infiniment populaires, d'un caractère fort et terrible qui, sur-le-champ, furent calquées, imitées par les Allemands. Un genre nouveau commença, l'illustration des légendes historiques, pamphlets en dessin, plus puissants que tous les pamphlets écrits.
Guise, dès l'heure même, se sentit solitaire. Sa femme même et son frère ne l'approuvaient pas. Il regarda autour de lui, et rien dans sa situation ne lui parut plus utile que d'aller d'abord chez lui à Nanteuil, d'y inviter le vieux connétable, d'opposer son nom respecté à l'explosion de la haine publique, et d'écrire, et faire écrire le cardinal de Lorraine à son ami redouté, le duc de Wurtemberg, qui pourrait plaider sa cause auprès des Allemands, et peut-être parviendrait à les empêcher de venir secourir leurs frères en danger.
Mais Montmorency viendrait-il dans cette maison, dès ce jour à jamais sanglante? Il vint. Guise était sauvé.
À la reine qui le priait de venir à Saint-Germain, il répondit cyniquement qu'il faisait une fête à Nanteuil pour traiter quelques amis.
Le connétable, avec un monde immense de gentilshommes armés, conduisit Guise à Paris. Condé y tenait encore, mais fort peut accompagné. Le frère du prince de Condé, le cardinal de Bourbon, un idiot qui avait le titre de lieutenant général du roi, tira parole de l'un et de l'autre qu'ils sortiraient de Paris. Condé partit, mais non Guise. Son avocat, le connétable le mena au Parlement, et dit que ce n'était leur faute, mais que le bon peuple de la ville les obligeait de rester.