Ce fut seulement le 20 mars que Duperrey quitta l'Australie. Cette fois, il dirigea sa course vers la Nouvelle-Zélande, qui avait été un peu laissée de côté par ses prédécesseurs, et s'arrêta dans la baie de Manawa, au fond de la vaste Baie des Iles. Des observations de physique, de géographie, des recherches d'histoire naturelle, occupèrent les loisirs des officiers. En même temps, les rapports fréquents de l'équipage avec les naturels jetaient un jour nouveau sur les mœurs, sur les idées religieuses, sur la langue, sur l'état d'hostilité d'un peuple jusqu'alors rebelle à l'enseignement des missionnaires. Ce que ces indigènes avaient apprécié dans la civilisation, c'étaient les armes perfectionnées, qui leur permettaient de donner plus facilement satisfaction à leurs goûts sanguinaires, et, à cette époque, ils en possédaient déjà une grande quantité.
Le 17 avril, la Coquille abandonnait cette relâche, remontait vers la ligne jusqu'à Rotuma, découverte, mais non visitée, par le capitaine Wilson, en 1797. Les habitants, doux et hospitaliers, s'empressèrent de fournir aux navigateurs tous les rafraîchissements dont ils avaient besoin. Mais on ne fut pas longtemps à s'apercevoir que ces naturels, profitant de la confiance qu'ils avaient su inspirer, dérobaient une quantité d'objets, qu'on avait ensuite toutes les peines du monde à leur faire restituer. Des ordres sévères furent donnés, et les voleurs, surpris en flagrant délit, furent fustigés en présence de leurs camarades, qui ne firent que rire plus franchement que les fustigés eux-mêmes.
Parmi ces sauvages se trouvaient quatre Européens, qui avaient, quelque temps auparavant, déserté le baleinier le Rochester. Aussi peu vêtus que les naturels, tatoués et couverts comme eux de poudre jaune, ils n'étaient reconnaissables qu'à leur peau plus blanche et à leur mine plus éveillée. Satisfaits de leur sort, ils s'étaient créé une famille à Rotouma, où ils comptaient bien finir leurs jours à l'abri des soucis, des inquiétudes et des difficultés de la vie civilisée. Un seul d'entre eux demanda à rester sur la Coquille, ce qui lui fut accordé sans difficulté par Freycinet, mais ce que le chef de l'île ne permit qu'en apprenant que deux convicts de Port-Jackson demandaient à débarquer.
Malgré tout l'intérêt qu'offrait aux naturalistes cette population peu connue, il fallait partir. La Coquille releva tout d'abord les îles Coral et Saint-Augustin, découvertes par Maurelle en 1781. Ensuite, ce furent l'île Drummond, dont les habitants, au teint très foncé, aux membres grêles, à la physionomie peu intelligente, vinrent échanger quelques coquilles tridacnes, vulgairement appelées bénitiers, contre des couteaux et des hameçons, puis, les îles Sydenham et Henderville, aux habitants entièrement nus; puis, Woolde, Hupper, Hall, Knox, Charlotte, Matthews qui forment l'archipel Gilbert, enfin les groupes des Mulgraves et de Marshall.
Le 3 juin, Duperrey reconnut l'île Ualan, qui avait été découverte en 1804 par le capitaine américain Croser. Comme elle ne figurait pas sur les cartes, le commandant résolut d'en prendre une connaissance précise et détaillée. L'ancre n'eut pas plus tôt mordu le fond, que Duperrey et quelques-uns de ses officiers se faisaient descendre à terre. Ils y trouvèrent un peuple doux et bienveillant, qui, leur offrant des cocos et des fruits de l'arbre à pain, les conduisirent, à travers les sites les plus pittoresques, jusqu'à la demeure de leur chef principal, leur «uross-tôn», comme ils l'appelaient.
Voici, d'après Dumont d'Urville, la peinture des sites qu'ils durent traverser avant d'arriver en présence de ce haut personnage:
«Nous flottions paisiblement au milieu d'un spacieux bassin que ceignaient les verdoyantes forêts du rivage. Derrière nous s'élevaient les hautes sommités de l'île, couvertes de tapis épais de verdure, au-dessus desquels s'élançaient les tiges élégantes et mobiles des cocotiers. Devant nous surgissait, au milieu des flots, la petite île de Leilei, entourée des jolies cabanes des insulaires et couronnée par un monticule de verdure... Qu'on joigne à cela une journée magnifique, une température délicieuse, et l'on pourra se faire une idée des sentiments qui remplissaient nos âmes, dans cette sorte de marche triomphale, au milieu d'un peuple simple, paisible et généreux.»
Une foule, que d'Urville évalue à huit cents personnes, attendait les embarcations devant un village propre et coquet, aux rues bien pavées. Tout ce monde, les hommes d'un côté, les femmes de l'autre, gardait un silence vraiment imposant. Deux chefs vinrent prendre les voyageurs par la main et les guidèrent vers la demeure de l'uross-tôn. La foule, toujours silencieuse, demeura dehors, tandis que les Français entraient dans la case.
Bientôt parut l'uross-tôn, vieillard hâve et défait, affaissé par les années, et qui devait avoir quatre-vingts ans. Par politesse, les Français se levèrent à son entrée dans la salle, mais un murmure des assistants leur apprit qu'ils venaient de manquer aux usages.
Ils jetèrent un regard autour d'eux. Tout le monde était prosterné le front dans la poussière. Les chefs eux-mêmes n'avaient pu se dérober à cette marque de respect. Le vieillard, un moment interdit de l'audace des étrangers, imposa cependant silence à ses sujets, et vint s'asseoir auprès d'eux. De petites tapes sur les joues, les épaules et les cuisses, telles furent les marques d'amitié qu'il prodigua pour les petits présents qui lui avaient été faits ainsi qu'à sa femme. Mais la reconnaissance de ces souverains ne se traduisit que par le don de sept «tots», dont cinq étaient du tissu le plus fin.