Il était encore le 21 au Caire, lorsqu'il reçut un exprès d'Alexandrie, qui lui annonça que le 15, la croisière anglaise, renforcée de quelques bâtimens, bombardait le port et la ville. Il juge aussitôt que ce bombardement ne peut avoir d'autre but que de le détourner de son expédition de Syrie, dont le mouvement commencé avait déjà alarmé les Anglais et le pacha d'Acre. Il laisse donc les Anglais continuer leur bombardement, qui n'a d'autre effet que de couler quelques bâtimens de transport, et part le 22 du Caire, avec son état-major, pour aller coucher à Belbéis. Le 23, il couche à Coreid; le 24 à Salêhiëh; le 25 à Kantara, dans le désert; le 26 à Cathiëh; le 27 au puits de Bir-êl-Ayoub; le 28 au puits de Massoudiac; et le 29, enfin, à El-A'rych, où se réunissent en même temps les divisions Bon et Lannes et le parc de l'expédition.
Le général Regnier avait fait tirer contre le fort quelques coups de canon, et commencer des boyaux d'approche; mais n'ayant pas assez de munitions pour battre en brèche, il avait sommé le commandant du fort et resserré le blocus; il avait aussi fait pousser une mine sous l'une des tours; elle fut éventée par l'ennemi.
Le 30 pluviôse, l'armée prend position devant El-A'rych, sur les monticules de sable, entre le village et la mer. Bonaparte fait canonner une des tours du château, et dès que la brèche est commencée, il somme la place de se rendre.
La garnison était composée d'Arnautes, de Maugrabins, tous barbares sans chefs, ne connaissant aucun des usages, aucun des principes professés dans la guerre par les nations policées. Il s'établit une correspondance également bizarre et curieuse, et qui seule suffirait pour peindre les barbares.
Bonaparte, qui avait le plus grand intérêt à ménager son armée et ses munitions, se prête patiemment à la bizarrerie de leurs procédés; il diffère l'assaut. On continue à parlementer et à tirer successivement. Enfin, le 2 ventôse, la garnison, forte de seize cents hommes, se rend, et met bas les armes, sous la condition de se retirer à Bagdad par le désert. Une partie des Maugrabins prend du service dans l'armée française. On trouve dans le fort environ deux cent cinquante chevaux, deux pièces d'artillerie démontées, et des vivres pour plusieurs jours. Le 3, Bonaparte fait partir pour le Caire les drapeaux enlevés à l'ennemi, et les mameloucks faits prisonniers.
Le 4 ventôse, le général Kléber, à la tête de sa division et de la cavalerie, part de El-A'rych, pour se porter sur Kan-Jounes, premier village qu'on trouve dans la Palestine en sortant du désert.
Le 5, le quartier-général quitte aussi El-A'rych, avec la même destination. Il arrive jusque sur les hauteurs de Kan-Jounes sans avoir de nouvelles de la division Kléber. Le général en chef pousse quelques hommes de son escorte dans le village; les Français n'y avaient point encore paru; quelques mameloucks qui s'y trouvent prennent la fuite, et se retirent au camp d'Abdalla-Pacha, qu'on aperçoit à une lieue de là, sur la route de Ghazah.
Bonaparte n'avait qu'un simple piquet pour escorte. Convaincu que la division Kléber s'est égarée, il se retire sur Santon, trois lieues en avant de Kan-Jounes, dans le désert. Il y trouve l'avant-garde de la cavalerie. Les guides avaient égaré la division Kléber dans le désert; mais ce général ayant arrêté quelques Arabes, les avait forcés de le remettre dans la route dont il s'était éloigné d'une journée de chemin. La division arrive le 6, à huit heures du matin, après quarante-huit heures de la marche la plus pénible, sans avoir pu se procurer une goutte d'eau.
Les divisions Bon et Lannes, qui avaient suivi ses traces, s'égarent également une partie du chemin; ces trois divisions, qui, d'après les ordres, n'auraient dû arriver que successivement, se réunissent presque en même temps au Santon. Les puits sont bientôt à sec. On creuse avec peine pour obtenir un peu d'eau; l'armée, qu'une soif ardente dévore, ne peut obtenir qu'un léger soulagement à ses souffrances et à ses besoins.
La division Regnier était restée à El-A'rych, avec l'ordre d'y attendre que tous les prisonniers de guerre l'eussent évacué, que le fort, qui était la clef de l'Égypte, fût mis dans un état de défense respectable, et que le parc d'artillerie fût en marche. Elle devait former l'arrière-garde de l'armée à deux journées de distance.