Les convois de vivres et de munitions expédiés des magasins de Cathiëh, n'avaient pu suivre la marche de l'armée. Ils étaient arriérés de plusieurs jours de marche, mais les magasins que l'ennemi avait abandonnés à Ghazah mirent l'armée en état de ne pas souffrir de ce retard.
Le désert qui conduit de Ghazah à Jaffa est une plaine immense, couverte de monticules de sable mouvant, que la cavalerie ne parvient à franchir qu'avec beaucoup de difficultés. Les chameaux s'y traînent lentement et péniblement; on est contraint, l'espace d'environ trois lieues, de tripler les attelages de l'artillerie.
L'armée couche le 11 à Ezdoud, et le 12 à Ramlëh, village habité en grande partie par des chrétiens: elle y trouve des magasins de biscuit, que l'ennemi n'avait pas eu le temps d'évacuer; on en trouve également au village de Lida. Des hordes d'Arabes rôdaient autour de ces villages pour les piller; des partis les repoussent et les mettent en déroute. Le 13 ventôse, l'avant-garde, formée par la division Kléber, arrive devant Jaffa. À son approche, l'ennemi se retire dans l'intérieur de la place, et canonne les éclaireurs. Les autres divisions et la cavalerie arrivent quelques heures après.
La cavalerie et la division Kléber ont ordre de couvrir le siége de Jaffa, en prenant position sur la rivière de Lahoya, à deux lieues environ sur la route d'Acre. Les divisions Bon et Lannes forment l'investissement de la ville.
Le 14, on fait la reconnaissance de la place. Jaffa est entouré d'une muraille sans fossés, flanquée de bonnes tours avec du canon. Deux forts défendent le port et la rade; la place paraissait bien armée. On décide le front de l'attaque au sud de la ville, contre les parties les plus élevées et les plus fortes.
Dans la nuit du 14 au 15, la tranchée est ouverte; on établit une batterie de brèche et deux contre-batteries sur la tour carrée, la plus dominante du front d'attaque. On construit une batterie au nord de la place, afin d'établir une diversion.
Les journées du 15 et du 16 sont employées à avancer et perfectionner les travaux. L'ennemi fait deux sorties; il est repoussé vigoureusement et avec perte dans la place; les batteries commencent enfin leur feu.
Le 16, à la pointe du jour, on commence à canonner la place. La brèche est jugée praticable à quatre heures du soir. L'assaut est ordonné. Les carabiniers de la 22e demi-brigade d'infanterie légère s'élancent à la brèche; l'adjudant-général Rambaud, l'adjudant Netherwood, l'officier de génie Vernois sont à leur tête; ils ont avec eux des ouvriers du génie et de l'artillerie. Les chasseurs suivent les éclaireurs. Ils gravissent la brèche sous le feu de quelques batteries de flanc qu'on n'avait pu éteindre. Ils parviennent, après des prodiges de valeur, à se loger dans la tour carrée. Le chef de brigade de la 22e, le citoyen Lejeune, officier très distingué, est tué sur la brèche. L'ennemi fait à plusieurs reprises les plus grands efforts pour repousser la 22e demi-brigade; mais elle est soutenue par la division Lannes, et par l'artillerie des batteries qui mitraillent l'ennemi dans la ville, en suivant les progrès des assiégeans.
La division Lannes gagne de toit en toit, de rue en rue; bientôt elle a escaladé et pris les deux forts. L'aide-de-camp Duroc se distingue par son intrépidité.
La division Bon, qui avait été chargée des fausses attaques, pénètre dans la ville; elle est sur le port. La garnison poursuivie se défend avec acharnement, et refuse de poser les armes; elle est passée au fil de l'épée. Elle était composée de douze cents canonniers turcs et de deux mille cinq cents Maugrabins ou Arnautes. Trois cents Égyptiens qui s'étaient rendus, sont renvoyés au sein de leurs familles. La perte de l'armée française est d'environ trente hommes tués et deux cents blessés.