Le général Murat n'avait pris encore aucun repos. Après avoir laissé un poste au pont de Jacoub, approvisionné Saffet, il s'était emparé des munitions de guerre et de bouche que l'ennemi avait abandonnées; les vivres renfermés dans ces magasins auraient suffi à nourrir l'armée pendant plus d'un an.
Le général Kléber prend position au bazar de Nazareth; il a l'ordre d'occuper les ponts de Jacoub et de Èl-Mekanié, les forts Saffet et de Tabarié, et de garder la ligne du Jourdain.
Le résultat de la bataille d'Esdrelon ou du mont Thabor est la défaite de vingt-cinq mille hommes de cavalerie, et de dix mille d'infanterie par quatre mille Français, la prise de tous les magasins de l'ennemi, de son camp, et sa fuite en désordre vers Damas. Ses propres rapports font monter sa perte à plus de cinq mille hommes. Il ne pouvait concevoir qu'au même moment il fût battu sur une ligne de neuf lieues, tant les mouvemens combinés sont inconnus à ces barbares.
Bonaparte rentre au camp d'Acre avec son état-major, la division Bon, et le corps de cavalerie aux ordres du général Murat. Il n'avait point encore eu de nouvelles de la manière dont le contre-amiral Pérée avait exécuté l'ordre qu'il lui avait expédié, après la prise de Jaffa, de sortir d'Alexandrie avec les frégates la Junon, la Courageuse et l'Alceste. Il apprend enfin que ce contre-amiral est devant Jaffa, qu'il a débarqué trois pièces de vingt-quatre, et six de dix-huit, avec des munitions.
Il donne ordre au contre-amiral Gantheaume de faire croiser ses frégates sur la côte de Tripoli, de Syrie et de Chypre, pour enlever les bâtimens qui approvisionnent la place d'Acre en vivres et en munitions.
Quelques Arabes, campés aux environs du mont Carmel, inquiétaient les communications de l'armée, l'adjudant-général Leturq part le 30 germinal avec un corps de trois cents hommes, surprend les Arabes dans leur camp, en tue une soixantaine, et leur enlève huit cents bœufs qui servent à nourrir l'armée.
Le 3 floréal, l'ennemi travaille à une place d'armes pour couvrir la porte par laquelle il faisait ses sorties, vers les bords de la mer du côté du sud. Le 5, la mine destinée à faire sauter la tour de siége est achevée; les batteries commencent à canonner la place; on met le feu à la mine; mais un souterrain qui se trouve sous la tour, offre une ligne de moindre résistance, et une partie de l'effort de la mine s'échappe vers la place. Il ne saute qu'un seul côté de la tour, et elle reste dans un état de brèche qui la rend aussi difficile à gravir qu'auparavant.
Bonaparte ordonne qu'une trentaine d'hommes essayent de s'y loger pour reconnaître comment elle se lie au reste de la place; les grenadiers parviennent aux décombres sous la voûte du premier étage, ils s'y logent; mais l'ennemi qui communiquait par la gorge, et qui occupait les débris des voûtes supérieures, les force à se retirer.
Le 6, les batteries continuent à démolir la tour de brèche; le soir on essaye de se loger au premier étage; les travailleurs y restent jusqu'à une heure du matin. L'ennemi, qu'on n'avait pu chasser des étages supérieurs, foudroie ces braves avec avantage, lance sur eux des matières incendiaires, et les force, malgré leur opiniâtreté, à évacuer le premier étage de la tour. Le général Vaud est dangereusement blessé dans cette attaque.
Le 8, l'armée fait une perte qui sera ressentie par toute la France; le brave Caffarelli meurt des suites de la blessure qu'il avait reçue à la tranchée du 20 germinal. Une balle lui avait cassé le bras, et il fallut recourir à l'amputation. Caffarelli emporte au tombeau les regrets universels. La patrie perd en lui un de ses plus glorieux défenseurs, la société un citoyen vertueux, les sciences et les arts un savant distingué, le génie un commandant rempli de connaissances et de ressources, les soldats un compagnon d'armes plein de bravoure, de dévouement et d'activité. L'expérience l'aurait rendu l'un des premiers généraux de son arme.