L'armée arrive le 5 à Jaffa; un pont de bateaux avait été jeté sur la rivière de Lahoya, que l'on passe difficilement à gué à son embouchure. On séjourne le 6, le 7 et le 8 à Jaffa. Ce temps est employé à punir les villages des environs qui se sont mal conduits. On fait sauter les fortifications de Jaffa, on jette à la mer toute l'artillerie en fer de la place. Les blessés sont évacués tant par mer que par terre. Il n'y avait qu'un petit nombre de bâtimens, et, pour donner le temps d'achever l'évacuation par terre, l'on est obligé de différer jusqu'au 9 le départ de l'armée.
Le 1er et le 2e bataillon de la 69e, et la 22e légère, partent successivement pour escorter les convois.
L'armée se met le 9 en marche. La division Regnier forme la colonne de gauche, et s'avance par Ramlé. Le quartier-général, la division Bon et la division Lannes suivent la route du centre. Le pays qu'on allait parcourir jusqu'à Ghazah avait commis toutes sortes d'excès. L'ordre est donné à la colonne du général Regnier et à celle du centre, de brûler les villages et toutes les moissons. La cavalerie prend la droite et s'avance, le long de la mer, dans les dunes, pour ramasser les troupeaux qui s'y sont réfugiés. La division Kléber forme l'arrière-garde, et ne quitte Jaffa que le 10.
L'armée marche dans cet ordre jusqu'à Kan-Jounes. La plaine est toute en feu; mais le souvenir du pillage des convois et des horreurs exercées contre les Français, ne justifiaient que trop ces représailles.
L'armée campe le 10 à Él-Majdal et arrive le 11 à Ghazah. Cette ville s'était bien conduite; les personnes et les propriétés y sont respectées. On fait sauter le fort, et l'armée part le lendemain pour Kan-Jounes où elle arrive le même jour. Le 13, elle entre dans le désert, suivie d'une quantité considérable de bestiaux enlevés à l'ennemi et destinés à l'approvisionnement de El-A'rych. Le désert entre cette place et Kan-Jounes a onze lieues d'étendue. Il est habité par quelques Arabes, du brigandage desquels Bonaparte avait à se plaindre. On brûle leur camp, on enlève leurs bestiaux, leurs chameaux, et on incendie le peu de récoltes qui se trouvent dans certaines parties du désert.
L'armée séjourne le 14 à El-A'rych. Cette place devenait de la plus grande importance. Bonaparte y ordonne de nouveaux travaux et de nouvelles fortifications, la fait approvisionner de vivres et de munitions, et y laisse garnison.
L'armée continue sa marche sur Cathiëh, où elle arrive le 16, après avoir horriblement souffert de la soif. Les divisions marchaient successivement; mais les puits étaient beaucoup moins abondans, et l'eau plus saumâtre qu'au premier passage de l'armée.
Les magasins de Cathiëh étaient parfaitement approvisionnés; l'armée séjourne dans cette place. Bonaparte va reconnaître Tinëh, Peluse et la bouche d'Omm-Faredje. Il ordonne la construction d'un fort à Tinëh, pour se rendre maître de la bouche d'Omm-Faredje. Il laisse à Cathiëh une garnison considérable; il réunit au commandement de cette place celui de El-A'rych, et le confie à un général de brigade.
Le 18, l'armée continue sa marche. Le quartier-général part le 19 pour Salêhiëh. La division Kléber se rend à Tinëh, où elle s'embarque pour Damiette. Les autres divisions de l'armée prennent la route du Caire, où elles arrivent le 26 prairial.
Les grands du Caire, le peuple et la garnison viennent au-devant de l'armée, qui se déploie dans l'ordre de parade. On est étonné de voir cette armée sortant du désert, et après quatre mois d'une campagne pénible et sanglante, se présenter dans le meilleur ordre et avoir la plus belle tenue.