Le 12, la division se trouve réunie à Al-Fieldi; arrivée le 13 à Bené, elle prend position en avant de la ville, appuyant sa gauche et sa droite au Nil, de manière à ce qu'elles soient protégées par les bâtimens de guerre; elle conserve cette position les 14, 15, 16 et 17 fructidor; et le 18, le général Desaix ayant pourvu à ses moyens de subsistance, elle part pour se rendre à Aba-Girgé, où elle arrive à sept heures du soir. Le général Desaix est informé que cent cinquante mameloucks, et beaucoup de djermes chargées de bagages, vivres et munitions, sont à Richnesé. Il se met en marche le 20 à la pointe du jour, avec le 1er bataillon de la 21e légère pour reconnaître leur position. L'inondation du Nil était déjà très étendue: les troupes éprouvaient les plus grandes difficultés. Elles traversent huit canaux et parviennent au lac Barthin, qu'elles passent à gué ayant de l'eau jusque sous les bras. Après avoir marché pendant quatre heures continuellement dans l'eau, elles arrivent au village de Chéboubié. Mourâd-Bey était descendu jusqu'au Faïoum; il avait laissé trois beys à Behnésé, avec cent cinquante mameloucks et beaucoup d'Arabes. Le général Desaix s'avance sur ce village; malgré les difficultés que lui oppose dans sa marche une digue qu'il est obligé de suivre, il fait tant de diligence, qu'il arrive au moment où les équipages de l'ennemi passaient le canal de Joseph. Les mameloucks et les Arabes étaient sur la rive gauche, et protégeaient douze djermes qui s'échappaient en remontant le Nil.
Les carabiniers de la 21e s'élancent sur la rive; ils font un feu très vif qui éloigne les mameloucks et disperse les Arabes. Les douze djermes sont arrêtées; onze étaient chargées de munitions, de vivres, et surtout d'une grande quantité de blé: la 12e portait sept pièces de canon.
Le général Desaix rentre le 21 à Aba-Girgé où il rejoint sa division; il appareille et arrive le 26 à la hauteur de Tarout'-Elcheriff; le 27, il prend position à l'entrée du canal de Joseph. Informé que l'ennemi occupait Siout avec le reste de ses bâtimens de guerre, il part dans l'après-midi avec deux demi-galères, deux bataillons de la 61e et deux de la 88e. Il marche vers Siout, après avoir ordonné à un aviso d'escorter la 21e qui doit le suivre; il laisse un détachement de cette demi-brigade et une chaloupe canonnière pour occuper Tarout'-Elcheriff et protéger la navigation avec le Caire.
Le 28, il arrive à Siout; mais l'ennemi s'était enfui à son approche, et avait remonté jusqu'à Girgé ses djermes et ses bâtimens de guerre.
Trois kiachefs de Soliman-Bey, et environ trois cents mameloucks et quelques Arabes, étaient à Benhadi, à six lieues de Siout, avec leurs femmes et beaucoup d'équipages. Le général Desaix, dans l'espoir de les atteindre, part le premier jour complémentaire. Il longe les montagnes et arrive le lendemain au jour naissant, après une marche pénible à travers le désert. L'ennemi avait déjà disparu. Desaix rentre à Siout le troisième jour complémentaire; il y laisse une demi-brigade et un aviso, pour escorter un convoi considérable de grains dont il avait ordonné le chargement pour le Caire; et le soir même, il part avec sa division et sa flottille, dans le dessein de rejoindre Mourâd-Bey qui avait regagné le Faïoum.
Le cinquième jour complémentaire, il arrive à l'entrée du canal de Joseph, et reçoit du Caire un convoi qui lui apporte cinquante quintaux de biscuit et trois mille cartouches.
Il se met en marche le 2 vendémiaire et entre dans le bahr Joseph, laissant sur le Nil six bâtimens de guerre pour garder l'entrée du canal, et croiser à la hauteur de Tarout'-Elcheriff; deux de ces bâtimens ont ordre de descendre jusqu'à Benesneff, en suivant le mouvement de la division.
Après une longue et pénible navigation dans le canal, où les djermes échouaient souvent par la difficulté de suivre la division à travers des plaines inondées, l'avant-garde aperçoit, le 12, un poste de Mourâd-Bey à la hauteur du village de Menekia. Desaix ordonne le débarquement, et se porte avec un détachement sur des espèces de dunes qui dominent le canal de distance en distance jusqu'à Illahon. Il s'engage une fusillade d'avant-garde; l'ennemi se retire, la division se rembarque et continue de suivre le canal.
Le 13 au matin, on aperçoit l'ennemi embusqué dans un endroit où le canal s'approche du désert; des forces considérables se montrent tout à coup dans le village de Manzoura. Il eût été dangereux de débarquer sous le feu de l'ennemi; le général Desaix ordonne de revirer de bord, regagne la position près de Menekia, et fait débarquer sa division qui se forme successivement.
Des compagnies de carabiniers chassent et dispersent les mameloucks qui harcelaient les barques.