L'armée part de Birket dans la nuit du 5; une division prend position à Kafr-Finn, et l'autre à Beddâh. Le quartier-général se rend à Alexandrie. Le général en chef passe la nuit à prendre connaissance des rapports de l'ennemi à Aboukir. Il fait partir les trois bataillons de la garnison d'Alexandrie, aux ordres du général Destaing, pour aller reconnaître l'ennemi, prendre position, et faire nettoyer les puits. À moitié chemin d'Alexandrie à Aboukir, il apprend que le général Kléber, avec une partie de sa division, est à Foua, et suit les mouvemens de l'armée, ainsi qu'il en avait reçu l'ordre.
Bonaparte avait employé la matinée du 6 à voir les fortifications d'Alexandrie, et à tout disposer pour attaquer l'ennemi. D'après les rapports des espions et ceux faits par les reconnaissances, Mustapha-Pacha, commandant l'armée turque, avait débarqué avec environ quinze mille hommes, beaucoup d'artillerie et une centaine de chevaux, et s'occupait à se retrancher.
Dans l'après-midi, Bonaparte part d'Alexandrie avec le quartier-général, et prend position au puits entre Alexandrie et Aboukir. La cavalerie du général Murat, les divisions Lannes et Rampon, ont ordre de se rendre à cette même position; elles y arrivent dans la nuit du 6 au 7, à minuit, ainsi que quatre cents hommes de cavalerie venant de la Haute-Égypte.
Le 7 thermidor, à la pointe du jour, l'armée se met en mouvement; l'avant-garde est commandée par le général Murat, qui a sous ses ordres quatre cents hommes de cavalerie, et le général de brigade Destaing, avec trois bataillons et deux pièces de canon.
La division Lannes formait l'aile droite, et la division Lanusse l'aile gauche. La division Kléber, qui devait arriver dans la journée, formait la réserve. Le parc, couvert d'un escadron de cavalerie, venait ensuite.
Le général de brigade Davoust, avec deux escadrons et cent dromadaires, a ordre de prendre position entre Alexandrie et l'armée, autant pour faire face aux Arabes et à Mourâd-Bey, qui pouvaient arriver d'un moment à l'autre, que pour assurer la communication avec Alexandrie.
Le général Menou, qui s'était porté à Rosette, avait eu l'ordre de se trouver à la pointe du jour à l'extrémité de la barre de Rosette à Aboukir, et au passage du lac Madié, pour canonner tout ce que l'ennemi aurait dans le lac, et lui donner de l'inquiétude sur sa gauche.
Mustapha-Pacha avait sa première ligne à une demi-lieue en avant du fort d'Aboukir, environ mille hommes occupaient un mamelon de sable retranché à sa droite sur le bord de la mer, soutenu par un village à trois cents toises, occupé par douze cents hommes et quatre pièces de canon. Sa gauche était sur une montagne de sable, à gauche de la presqu'île, isolée, à six cents toises en avant de la première ligne; l'ennemi occupait cette position qui était mal retranchée, pour couvrir le puits le plus abondant d'Aboukir. Quelques chaloupes canonnières paraissaient placées pour défendre l'espace de cette position à la seconde ligne; il y avait deux mille hommes environ et six pièces de canon.
L'ennemi avait sa seconde position en arrière du village, à trois cents toises; son centre était établi à la redoute qu'il avait enlevée; sa droite était placée derrière un retranchement prolongé depuis la redoute jusqu'à la mer, pendant l'espace de cent cinquante toises; sa gauche, en partant de la redoute vers la mer, occupait des mamelons et la plage qui se trouvait à la fois sous les feux de la redoute et sous ceux des chaloupes canonnières; il avait dans cette seconde position, à peu près sept mille hommes et douze pièces de canon. À cent cinquante toises derrière la redoute, se trouvait le village d'Aboukir et le fort occupés ensemble par environ quinze cents hommes; quatre-vingts hommes à cheval formaient la suite du pacha, commandant en chef.