Dans la nuit, l'escadre ennemie communique avec le fort. Les troupes qui y étaient restées se réorganisent; le fort se défend: on établit des batteries de mortiers et de canons pour le réduire.
En attendant la reddition du fort, Bonaparte retourne à Alexandrie, dont il examine la situation. On ne saurait donner trop d'éloges au général Marmont sur les travaux de défense de cette place; tous les services sont parfaitement organisés; et ce général a pleinement justifié la confiance que Bonaparte lui avait témoignée lorsqu'il lui donna un commandement aussi important.
Le 8 thermidor, le général en chef fait sommer le château d'Aboukir de se rendre. Le fils du pacha, son kiaya et les officiers veulent capituler; mais les soldats s'y refusent.
Le 9, on continue le bombardement.
Le 10, plusieurs batteries sont établies sur la droite et la gauche de l'isthme; quelques chaloupes canonnières sont coulées bas; une frégate est démâtée et forcée de prendre le large.
Le même jour, l'ennemi, qui commençait à manquer de vivres, s'introduit dans quelques maisons du village qui touche le fort; le général Lannes y accourt, il est blessé à la jambe; le général Menou le remplace dans le commandement du siége.
Le 12, le général Davoust était de tranchée; il s'empare de toutes les maisons où était logé l'ennemi, et le jette ensuite dans le fort, après lui avoir tué beaucoup de monde. La 22e demi-brigade d'infanterie légère, et le chef de brigade Magny, qui a été légèrement blessé, se sont parfaitement conduits; le succès de cette journée, qui a accéléré la reddition du fort, est dû aux bonnes dispositions du général Davoust.
Le 15, le général Robin était de tranchée; les batteries étaient établies sur la contrescarpe, et les mortiers faisaient un feu très vif; le château n'était plus qu'un monceau de pierres. L'ennemi n'avait point de communication avec l'escadre; il mourait de faim et de soif; il prend le parti non de capituler, ces hommes-là ne capitulent pas, mais de jeter ses armes, et de venir en foule embrasser les genoux du vainqueur. Le fils du pacha, le kiaya, et deux mille hommes, ont été faits prisonniers. On a trouvé dans le château trois cents blessés et dix-huit cents cadavres; il y a des bombes qui ont tué jusqu'à six hommes. Dans les vingt-quatre heures de la sortie de la garnison turque, il est mort plus de quatre cents prisonniers, pour avoir bu et mangé avec trop d'avidité.
Ainsi cette affaire d'Aboukir coûte à la Porte dix-huit mille hommes et une grande quantité de canons.
Les officiers du génie Bertrand et Liédot, le commandant d'artillerie Faultrier, se sont comportés avec la plus grande distinction. L'ordre et la tranquillité n'ont pas cessé de régner parmi les habitans de l'Égypte pendant les quinze jours qu'a duré cette expédition.