Réduit à la nécessité de vaincre, Bonaparte fait battre la charge. Les hurlemens redoublent avec une nouvelle fureur. Les Français s'avancent vers l'enceinte qu'ils se disposent à escalader, malgré le feu des assiégés et une grêle de pierres qu'on fait pleuvoir sur eux; généraux et soldats escaladent les murs avec la même intrépidité.
Le général Kléber est atteint d'une balle à la tête; le général Menou est renversé du haut des murailles qu'il avait gravies et est couvert de contusions. Le soldat rivalise avec les chefs. Un guide nommé Joseph Cala devance les grenadiers, et monte un des premiers sur le mur, où, malgré le feu de l'ennemi et les nuées de pierres qui fondent sur lui, il aide les grenadiers Sabathier et Labruyère à escalader le rempart. Les murs sont bientôt couverts de Français, les assiégés fuient dans la ville; la terreur devient générale. Cependant ceux qui sont dans les vieilles tours continuent leur feu et refusent obstinément de se rendre.
D'après les ordres de Bonaparte, les troupes ne doivent point entrer dans la ville, mais se former sur les hauteurs du port qui la dominent. Le général en chef se rend sur ces monticules, dans l'intention de déterminer la ville à capituler; mais le soldat furieux de la résistance de l'ennemi, s'était laissé entraîner par son ardeur. Déjà une grande partie se trouvait engagée dans les rues de la ville, où il s'établissait une fusillade meurtrière: Bonaparte fait battre à l'instant la générale. Il mande vers lui le capitaine d'une caravelle turque qui était dans le port Vieux; il le charge de porter aux habitans d'Alexandrie des paroles de paix, de les rassurer sur les intentions de la république française, de leur annoncer que leurs propriétés, leur liberté, leur religion seront respectées; que la France, jalouse de conserver leur amitié et celle de la Porte, ne prétend diriger ses forces que contre les mameloucks. Ce capitaine, suivi de quelques officiers français, se rend dans la ville, et engage les habitants à se rendre, pour éviter le pillage et la mort.
Bientôt les imans, les cheiks, les chérifs viennent se présenter à Bonaparte, qui leur renouvelle l'assurance des dispositions amicales et pacifiques de la république française. Ils se retirent pleins de confiance dans ces dispositions; les forts du Phare sont remis aux Français qui prennent en même temps possession de la ville et des deux ports.
Bonaparte ordonne que les prières et cérémonies religieuses continuent d'avoir lieu comme avant l'arrivée des Français, que chacun retourne à ses travaux et à ses habitudes. L'ordre et la sécurité commencent à renaître.
Les Arabes qui avaient attaqué le matin l'avant-garde de l'armée, envoient eux-mêmes des députés qui ramènent quelques Français tombés en leurs mains. Ils déclarent que, puisque les Français ne viennent combattre que les mameloucks, et ne veulent pas faire la guerre aux Arabes, ni enlever leurs femmes, ni renverser la religion de Mahomet, ils ne peuvent être leurs ennemis. Bonaparte mange avec eux le pain, gage de la foi des traités, et leur fait des présents. Ils acceptent ces dons qui étaient l'objet de leur visite; ils font éclater les démonstrations de leur reconnaissance, ils jurent fidélité à l'alliance.... et retournent piller les Français qu'ils rencontrent. Tel est l'Arabe.
Cette journée mémorable, qui assurait aux Français la principale entrée de l'Égypte, a coûté la vie au chef de brigade de la 3e, le citoyen Massé, et à cinq officiers de différentes divisions.
L'adjudant-général Escale a eu le bras cassé; vingt soldats se sont noyés dans le débarquement, soixante ont été blessés et quinze tués à l'attaque de la ville.
L'amiral Brueix, le citoyen Gantheaume, chef de l'état-major de l'armée navale, tous les officiers de marine ont secondé les efforts de l'armée de terre avec un dévouement qu'on ne saurait trop louer: on leur doit une partie des succès qu'on a obtenus.
Mais pour assurer ces avantages, il fallait profiter de la terreur qu'inspirait l'armée française, et marcher contre les mameloucks, avant qu'ils eussent le temps de disposer un plan de défense ou d'attaque.