Les deux chaires de l'église ou, pour parler plus exactement, les deux ambons, puis qu'elles ont la forme traditionnelle de sarcophages élevés sur des colonnes et isolés de toute part, sont une des dernières œuvres de la vieillesse de DONATELLO, terminée même par son élève BERTOLDO. La Crucifixion, la Mise au tombeau, la Descente aux Limbes, la Résurrection et l'Ascension, tels sont les sujets représentés dans les chaires par des bas-reliefs en bronze. Si la Crucifixion et la Mise au tombeau, malgré leurs lacunes, présentent encore des beautés de premier ordre, on ne saurait en dire autant des trois bas-reliefs opposés qui trahissent une défaillance et une espèce d'agitation fébrile. Leur groupement factice produit presque une impression de malaise, tant le maniérisme en est excessif et exagéré.
Dans l'unique chapelle du transept gauche, l'Annonciation de FRA FILIPPO LIPPI est une des meilleures œuvres tardives du Frate, elle est d'un charmant et délicat sentiment; sous un portique ouvert sur un délicieux fond de paysage, l'Archange, accompagné de deux anges, se prosterne devant la Vierge.
Au mur de la Chapelle du Saint-Sacrement, au fond du transept droit, est appuyé un tabernacle de marbre blanc, chef-d'œuvre de DESIDERIO DA SETTIGNANO.
L'Enfant Jésus, les deux anges en adoration devant lui, ainsi que les deux figures d'enfants de chœur agenouillés de chaque côté, sont des études d'enfants qu'on ne saurait désirer plus parfaites.
Sur le bas-côté gauche, au-dessus de la porte d'accès au cloître, s'ouvre la tribune des Médicis, joli balcon, soutenu par des consoles et formé de niches séparées par des colonnes; c'est un ouvrage de DONATELLO.
L'ancienne sacristie construite par BRUNELLESCHI est une salle carrée de belles proportions, couronnée par une coupole polygonale. DONATELLO fut chargé par Cosme l'Ancien de sa décoration, travail dont il s'acquitta en respectant si bien l'architecture de Brunelleschi que l'ensemble forme le tout le plus homogène.
Au-dessous de la coupole, huit médaillons contiennent alternés un épisode de la vie du Christ et un Évangéliste assis, auquel son attribut présente son évangile. Sous cette première décoration court une étroite frise en stuccato composée de têtes de chérubins.
Les deux portes à double battant de la sacristie sont divisées en cinq panneaux de bronze où sont représentés en bas-relief des Apôtres et des saints. Chacune est surmontée d'un saint grandeur nature, bas-relief en marbre. Toute cette composition est d'une rare beauté et DONATELLO l'a traitée avec une remarquable perfection.
Au milieu de la sacristie est une vaste table rectangulaire soutenue par des colonnes au-dessus du sarcophage, œuvre de Donatello, où reposent les parents de Cosme l'Ancien, Jean Averado de Médicis et Piccarda Bueri, sa femme.
A gauche de l'entrée est un admirable sarcophage en porphyre décoré de bronzes, ouvrage de VERROCCHIO. Il contient les restes de Pierre de Médicis et de son frère Jean, les deux fils de Cosme. Les cendres de Laurent le Magnifique y furent également transférées par la suite.