A cette rébellion, le pape répondit par un bref déclarant à la Seigneurie que, si les prédications de Savonarole ne cessaient pas, il lancerait cette fois une excommunication générale contre Florence et que tous les biens des Florentins situés sur le territoire pontifical seraient saisis et confisqués au profit de l'Église. La Seigneurie, qui sentait César Borgia aux portes de la ville, n'osa résister et enjoignit à Savonarole d'avoir à suspendre ses sermons. Mais, loin de se tenir pour averti, il répondit par un nouveau défi et, du haut de la chaire, parla en ces termes: «Le temps d'ouvrir la cassette approche; nous donnerons un tour de clef et tant d'infections et d'ordures sortiront de la cité de Rome que l'odeur se répandra dans toute la chrétienté, que chacun en sera empuanti.»

De telles paroles n'étaient pas faites pour calmer les esprits. Aussi la fermentation était-elle terrible; il semble qu'un vent de folie ait à ce moment soufflé sur Florence et le fanatisme inspiré par Savonarole devint tel qu'il se trouva débordé. Quand l'exaltation arrive à cet excès, elle dépasse la mesure et constitue un danger véritable pour celui qui l'a provoquée. La tempête fut déchaînée par un de ses dominicains de San Marco, Dominique Buonvicini qui, sans l'aveu du prieur, alla porter «le défi du feu» au franciscain François de Pouille, prédicateur à Santa Croce et ennemi acharné de Savonarole dont il déniait la mission. Cette épreuve consistait à traverser un bûcher enflammé où Dieu se déclarait lui-même pour celui qui en sortait indemne. La Seigneurie et Savonarole eurent un déplaisir extrême de voir qu'on se fût ainsi aventuré, mais il était trop tard pour reculer, car le peuple comptait sur un spectacle inattendu, inouï, terrible, et il n'y avait pas moyen de l'en frustrer sans exposer la ville à un soulèvement de la populace.

Le jour arrivé, les franciscains, épouvantés par la sérénité confiante de leurs adversaires, engagèrent d'interminables discussions théologiques, lorsqu'un violent orage éclata à point nommé, dispersant les partis; mais le peuple, furieux de voir son miracle lui échapper et se croyant joué, faillit mettre dominicains et franciscains en pièces. Savonarole n'échappa qu'à grand'peine à la colère de la foule, mais de ce jour son prestige était détruit; il ne fut plus qu'un moine fanatique et un faux prophète et, dès le lendemain, toute la tourbe florentine mettait le siège devant le couvent de San Marco et, les portes enfoncées, se ruait à la recherche du prieur en vociférant des cris de mort. Les dominicains se défendirent comme des forcenés, mais Savonarole, voyant l'émeute tourner à la guerre civile, pour mettre fin à la lutte, se livra lui-même à la Seigneurie, et il ne fallut pas moins que des gens armés pour l'escorter et le défendre contre une foule ameutée pour l'écharper.

Le procès de Savonarole fut une pitoyable chose! Pressés par le pape, les juges eurent beau le mettre à la torture, ils ne lui arrachèrent aucun aveu, et trouvèrent si peu matière à condamnation qu'Alexandre VI, pour en finir, dut adjoindre à la Seigneurie deux commissaires apostoliques!

Le 22 mai 1498, la sentence enfin rendue condamnait pour cause d'hérésie Savonarole à être brûlé vif en place publique, après avoir fait amende honorable. Il expira comme il avait vécu, les yeux au ciel, et si fort détaché de la terre que la douleur ne lui fit pas exhaler une plainte; déjà il était enveloppé de flammes qu'on l'entendait encore bénir le peuple et chanter l'hymne saint qu'il allait continuer dans l'éternité. A peine fut-il mort, que le souvenir de toute sa vie et le spectacle de ses derniers moments, en si complète harmonie avec elle, ouvrirent les yeux aux plus aveugles, et ceux qui avaient été les premiers instigateurs de sa mort furent les premiers à le considérer comme un martyr et un saint. Florence ne tarda pas à porter le poids de l'iniquité commise, car la mort de Savonarole la livrait aux pires incertitudes. Les quatre années suivantes, fertiles en terribles crises, intérieures et extérieures, la virent perdre Pise et tomber par deux fois aux mains de César Borgia, à l'affreuse tyrannie duquel l'intervention de Louis XII la fit seule échapper. Devant l'imminence du péril public et en l'absence de toute autorité, une réforme gouvernementale s'imposait d'urgence. On décréta, au lieu du Gonfalonat temporaire, le Gonfalonat à vie, et, en 1502, Pierre Soderini fut nommé à ce pouvoir presque souverain.

La destinée des Florentins les remettait entre les mains d'un homme d'une valeur et d'une intégrité rares; il craignait Dieu, aimait sa patrie avec passion; fort jaloux de son honneur, il était d'une grande circonspection; son impartialité devait même plus tard lui susciter bien des inimitiés.

Dans le gouvernement de Florence, Soderini fit preuve d'une discrétion, d'une sagesse, d'un tact remarquables, et cela, même dans l'enivrement des premiers jours, alors qu'une foule de courtisans pouvaient lui donner l'illusion du pouvoir absolu. D'une extrême prudence dans sa politique extérieure, il trouva à l'intérieur le moyen de libérer en peu d'années Florence de la terrible dette accumulée par ses prédécesseurs. Dès le début, il fut puissamment servi par les événements: la mort d'Alexandre VI qui délivra Florence du spectre de César Borgia, l'avènement du cardinal de la Rovère destiné à être le fameux pape Jules II, et enfin la mort de Pierre de Médicis, survenue en 1503, mettaient les Florentins au comble de leurs vœux. Ils avaient la conviction d'en avoir fini avec les Médicis et de n'avoir plus rien à craindre d'eux; malheureusement leur erreur était grande, car la mort de Pierre faisait de son frère, le cardinal Jean, le chef de la famille, chef d'autant plus dangereux qu'installé à Rome, il voyait venir les événements, sans perdre une occasion de monter l'esprit du pape contre Florence.

L'année 1509 vit, grâce à l'heureuse négociation de Machiavel envoyé par Soderini en ambassade auprès de Louis XII, Florence enfin rentrée en possession de Pise. La joie de cet événement fut immense, et ce succès si longtemps attendu ne parut pas acheté trop chèrement au prix des sacrifices qu'il avait coûtés depuis tant d'années. A la même époque, Florence obtenait aussi de Louis XII un traité d'alliance vivement désiré.

Après de si heureuses négociations, il semble que Soderini aurait eu tous les droits à la reconnaissance de ses concitoyens; malheureusement il n'en fut rien et ses ennemis se coalisèrent avec les adversaires de son gouvernement large et démocratique sur le terrain d'une haine commune contre le gonfalonier et la France. Ne redoutant plus rien de celle-ci, on força Soderini à se rapprocher de l'Empire et à traiter avec Maximilien de l'abandon des droits, très platoniques, que l'Empereur pouvait avoir sur Pise. Déjà la politique qui portera le nom de Machiavel affirme ses tendances, et cette alliance avec l'Empereur n'empêchera pas Florence de ménager assez la France pour se la conserver comme alliée et de manœuvrer de façon à pouvoir s'appuyer alternativement sur l'un et sur l'autre. Cette duplicité ne tarda pas à porter ses fruits et Soderini, empêché de prendre parti entre Louis XII et Jules II, se trouva mécontenter tout le monde par sa politique timorée et hésitante.

Jules II poussait jusqu'au fanatisme la haine des Français et des Allemands, mais il ne professait pas les mêmes sentiments à l'égard des Espagnols, dont on vit à cette époque la première immixtion directe dans les affaires de l'Italie. Mû par ces sentiments, le pape nomma alors le roi Ferdinand d'Aragon chef de la sainte ligue pour l'expulsion des «barbares» et son lieutenant Ramon de Cardoña passait à l'état de bras droit du souverain pontife.