Cette fois, entière latitude lui était laissée. Aussi s'affranchit-il résolument de toute influence et divisa-t-il son sujet en dix panneaux où il traitait les principaux épisodes de l'Ancien Testament. Mais, comme cette donnée était trop considérable, il se résolut à réunir dans chaque panneau plusieurs actions différentes n'ayant aucun rapport entre elles. Il encadra chacun de ses tableaux d'une large bordure ornée de figurines placées dans des niches alternant avec des médaillons d'où sortent des têtes en ronde bosse et il décora les chambranles de guirlandes compliquées.
Il fallut seize ans à Ghiberti pour mener à bien son œuvre, mise en place seulement en 1452, et, dans le principe, entièrement dorée, comme les autres portes.
Les trois portes de San Giovanni sont surmontées de groupes de grandeur naturelle en bronze et en marbre.
Au Sud: Décollation de saint Jean par VICENTE DONI (1571), d'un mauvais style.
Au Nord: Prédication de saint Jean par GIOVANNI RUSTICA (1500); élève de Verrocchio, supérieur au groupe précédent.
A l'Est: Le Baptême de Jésus-Christ par ANDREA SANSOVINO, de beaucoup le meilleur des trois morceaux (1500). L'ange qui seul le dépare, est de Spinazzo (XVIIIe siècle).
Intérieur: A l'intérieur de l'édifice on retrouve la disposition des trois étages extérieurs, décorés d'après le même principe de marbres alternés blancs et verts.
Les colonnes rondes en granit de la rotonde soutiennent, sur leurs chapiteaux corinthiens dorés, l'entablement portant la tribune circulaire du deuxième étage éclairée par les fenêtres extérieures et dont le balcon est décoré de mosaïques exécutées en 1225 par un moine nommé Jacobus. Le troisième étage enfin, également orné de mosaïques dues à Jacobus, sert de base à la coupole terminale, couverte de mosaïques du XIIIe au XVIe siècle.
L'abside carrée, destinée à contenir l'autel, est construite en dehors du monument. Décorée de mosaïques, elle renferme actuellement un groupe détestable de TICCIATI exécuté en 1732, dans ce que le «rococo» a pu offrir de plus flamboyant. Un autel mural, à gauche de la porte de l'est, est surmonté de la célèbre statue en bois de la Madeleine par DONATELLO, d'un réalisme désagréable, à force d'être violent. En face, près du maître-autel, sont les fonts baptismaux, ouvrage d'une recherche déplaisante, fondu en 1371 par un des nombreux élèves d'Andrea Pisano. Enfin, à droite, adossé au mur, est le tombeau du pape Jean XXIII (1419), déposé par le concile de Constance. Sa belle statue couchée est l'œuvre de DONATELLO et de MICHELOZZO (1420-1425), mais le dais qui l'abrite et le monument qui l'accompagne, par leur mauvaise ordonnance et leur lourdeur, ne sont pas dignes de Donatello.