La voûte du vestibule, à la hauteur de la grande arcade médiane, est une coupole à cassettes émaillées de diverses couleurs. Une seconde frise avec des têtes de chérubins règne également sous le portique et s'étend sur le mur de la chapelle; les médaillons en terre cuite qui la composent sont dus à DESIDERIO DA SETTIGNANO.
L'intérieur de la chapelle, en forme de croix grecque, est orné de pilastres corinthiens en granit; malgré sa petitesse, l'harmonie de ses proportions en fait une œuvre parfaite. Elle est surmontée d'une coupole dont les pendentifs sont ornés de quatre médaillons en terre émaillée polychrome des DELLA ROBBIA, représentant les quatre Évangélistes accompagnés de leurs attributs. Enfin, sa partie supérieure est décorée de douze superbes médaillons de LUCA DELLA ROBBIA, représentant les douze Apôtres assis.
L'ancien réfectoire se trouve sur le côté droit du cloître; le mur du fond a conservé les fresques qui décoraient entièrement la salle. Dans le bas est un très curieux et très beau Cenacolo de TADDEO GADDI, où le Christ et les Apôtres sont simplement figurés assis derrière la table, sans qu'aucun détail d'architecture ou aucune fantaisie imaginative atténue la grandeur de la scène. Judas, très laid, isolé en avant, est seul à ne pas avoir la tête entourée du nimbe doré en relief dont sont encadrées celles de Jésus et des autres Apôtres.
Au-dessus de cette belle composition est une grande fresque de FRANCESCO DE VOLTERRA (fin du XIVe siècle) dont le sujet, des plus intéressants, montre le Christ en croix entouré du groupe des Saintes Femmes; saint François à genoux devant la croix l'embrasse. La croix forme la souche de l'arbre généalogique des Franciscains, entre les rameaux duquel sont représentés tous les membres célèbres de l'ordre. Sur les côtés sont quatre scènes de la Légende de saint François d'Assise. Enfin à gauche du réfectoire s'ouvre une petite salle où une fresque de Giovanni représente la Multiplication des pains, miracle opéré par saint François.
Le second cloître, construit par BRUNELLESCHI, s'étend à droite du premier et appartient aujourd'hui à la caserne établie dans l'ancien couvent des Franciscains.
SAN AMBROGIO.—A gauche de l'entrée on a découvert un fragment de fresque de l'école de GIOTTO, représentant le Martyre de Saint Sébastien. Le Saint est attaché à un pilastre, les pieds reposant sur une console placée à une certaine hauteur, de sorte que les archers qui lui décochent des flèches tirent en l'air, tandis qu'un ange lui apporte la palme du martyre. Sur le côté gauche de la nef est une petite niche sculptée, dont les montants sont couverts d'arabesques; elle contient une charmante statuette de Saint Sébastien, œuvre de LEONARDO DEL TASSO (XVe siècle); les deux anges en grisaille, peints dans la partie supérieure, et la petite Annonciation qui est placée dessous dans un médaillon sont de FILIPPINO LIPPI.
La chapelle à gauche du chœur est décorée d'une fresque de COSIMO ROSSELLI, représentant le Miracle de l'Enfant Jésus apparaissant dans le ciboire pendant la communion. La scène se passe au seuil d'une église, devant un palais, et présente une foule de personnages à costumes florentins du XVe siècle, très habilement groupés (1486).
Au fond de la chapelle, un tabernacle en marbre blanc, de MINO DA FIESOLE, reproduit le même miracle.