En novembre 2000, entre la maison-mère et les quatre filiales, la société compte 7.500 salariés, 28 millions d’articles et 23 millions de clients.
À la même date, Amazon débute l'embauche de personnel francophone connaissant le marché canadien, dans le but de lancer une antenne canadienne française avec vente de livres, musique et films (VHS et DVD). Amazon Canada, cinquième filiale de la société, verra le jour en juin 2002, avec un site bilingue anglais-français.
Toujours en novembre 2000, Amazon ouvre sa librairie numérique, avec 1.000 titres disponibles au départ, et une augmentation rapide des collections prévue les mois suivants.
Même pour le marketing d'une grande librairie en ligne, le papier n'est pas mort, loin s'en faut. Pour la deuxième année consécutive, en prévision des fêtes de l'année 2000, Amazon envoie un catalogue imprimé à 10 millions de clients.
L'année 2001 marque un tournant dans les activités d'Amazon, qui doit faire face aux secousses de la «nouvelle» économie affectant les entreprises internet.
Suite à un quatrième trimestre déficitaire en 2000, un plan de réduction de 15% des effectifs entraîne 1.300 licenciements aux États- Unis et 270 licenciements en Europe fin janvier 2001.
Amazon opte aussi pour une plus grande diversification de ses produits et décide de vendre non seulement des livres, des vidéos, des CD et des logiciels, mais aussi des produits de santé, des jouets, des appareils électroniques, des ustensiles de cuisine et des outils de jardinage. En novembre 2001, la vente des livres, disques et vidéos ne représente plus que 58% du chiffre d’affaires global, qui est de 4 milliards de dollars US, avec 29 millions de clients.
La société devient bénéficiaire au troisième trimestre 2003, pour la première fois depuis sa création.
En octobre de la même année, Amazon lance un service de recherche plein texte (Search Inside the Book) après avoir scanné le texte intégral de 120.000 titres, un nombre promis à une croissance rapide. Amazon lance aussi son propre moteur de recherche A9.com.
Une sixième filiale est ouverte en Chine sous le nom de Joyo en septembre 2004.