Dressez un tableau composé de huit colonnes et disposé de la manière qui suit:
| AA | BB | CC | AB | AC | BC | CB | |
| A | a | d | g | l | o | r | u |
| B | b | e | h | m | p | s | x |
| C | c | f | i | n | q | t | z |
On cherche, parmi les petites lettres, celle que l'on veut écrire, et, à sa place, on pose les deux capitales qui sont dans la case supérieure correspondante à cette lettre; on y joint la capitale de la ligne horizontale placée à gauche, et on transcrit ces capitales ou petites lettres; ainsi, pour écrire le roi, on voit que la lettre l correspond par en haut à AB, et à gauche à la lettre A: on pose aba; l'e sera bbb; le mot roi s'exprimera par: bca, aca, ccc.
Vigenère n'oublie pas l'usage qu'on peut faire de deux exemplaires d'un même livre: on convient de recourir à une page, la première venue; on se met d'accord sur une ou deux lignes de cette page, et on indique les diverses lettres de l'alphabet par des chiffres correspondant à l'ordre dans lequel ces lettres se présentent. En prenant pour exemple la troisième ligne du feuillet 3 de l'ouvrage de Vigenère lui-même, on opérera sur la phrase suivante:
«Partie de son âme dont elle constitue la différence.»
et on dressera le tableau suivant:
| p | a | r | t | i | e | d | s | o | n | m | l | .... |
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | .... |
On aura soin de négliger les lettres répétées et de continuer ce travail sur la ligne suivante si toutes les lettres de l'alphabet ne se trouvent pas dans la ligne choisie.
De cette manière, ces deux mots, le pape, seraient représentés par les chiffres suivants: