| L | A | M | B | N | C |
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6, |
ou bien, enfin (car ces arrangements sont susceptibles de modifications presque infinies), assigner à chaque lettre un chiffre de convention.
| a | 15 |
| b | 9 |
| c | 11 |
| d | 20 |
| e | 3 |
| f | 18 |
| g | 24 |
| h | 19 |
| i | 16 |
| k | 7 |
| l | 9 |
| m | 13 |
| n | 1 |
| o | 23 |
| p | 5 |
| q | 12 |
| r | 8 |
| s | 22 |
| t | 4 |
| u | 10 |
| v | 2 |
| x | 14 |
| y | 17 |
| z | 6 |
De cette manière, Lyon est pris, s'exprimerait par: 917 231, 3224, 581622.
Et certes, quelqu'un qui n'aurait pas le secret du chiffre attribué arbitrairement à chaque lettre, se trouverait dans l'impossibilité presque absolue de deviner le sens de ces nombres mystérieux.
Vigenère n'oublie point «un bel artifice de se réserver un second sens caché parmy le premier, si l'on estoit surpris et contraint d'exhiber son chiffre;» mais les explications qu'il donne à cet égard sont confuses et d'une longueur telles, que, si nous avions la patience de les transcrire, peu de personnes sans doute auraient celle de les lire.
Le défaut de la plupart des procédés qu'indique le Traité des chiffres, c'est une extrême complication: l'auteur fait un usage immodéré de lettres de diverses couleurs, et il expose, d'une façon souvent très-peu claire, des systèmes de chiffres tellement mystérieux, que celui qui voudrait en faire usage se trouverait peut-être lui-même dans un embarras inextricable pour déchiffrer ce qu'il aurait écrit.
Vigenère fait observer que la Cryptographie se retrouve dans la plupart des professions:
«Les hommes de tout temps ont esté curieux de se tracer chacun pour soy quelques notes secrètes pour se receler de la cognoissance des autres, comme les marchands en leurs marques et papiers de compte; les médecins, en leurs pieds de mouche; les jurisconsultes, en leurs paragraphes.»
Il expose avec complaisance un moyen de transmettre un avis, sans avoir recours à l'écriture, mais en employant des grains de diverses matières, accouplés deux a deux et arrangés comme des chapelets.