La liberté était donc proclamée à Gênes. Il fallait maintenant en régler l'exercice. Les vingt-deux membres du gouvernement provisoire avaient été choisis avec soin par Bonaparte parmi les hommes les plus connus pour leurs opinions modérées, et les plus estimés pour leurs talents. Serra, Cambiaso, Pareto, Corvetto, Maglione et Ruzzo en étaient les membres les plus influents. Ils publièrent un manifeste adroit, où, tout en remerciant Bonaparte de sa bienveillance et les nobles génois de leurs généreux sacrifices, ils exhortaient les citoyens à la concorde, et leur annonçaient d'importantes améliorations.
Les principales villes du littoral s'associèrent volontiers au mouvement démocratique, et envoyèrent des adresses de félicitations. Les anciens fiefs impériaux renoncèrent même à leur précaire indépendance[125], et demandèrent à faire partie intégrante de la république. Peu à peu les esprits s'apaisaient. Tout semblait indiquer, après cette première effervescence populaire, une ère de paix et de liberté sous le patronage de la France. Les conseils municipaux s'organisèrent et on travailla à rédiger la Constitution; mais la bonne union ne dura pas longtemps, et de nouveaux troubles éclatèrent à propos de cette Constitution.
Un des vingt-deux membres du gouvernement provisoire, l'évêque de Noli, Solari, était un des plus ardents disciples du fameux réformateur toscan, Ricci. Il fit décider que l'autorisation du gouvernement serait nécessaire pour conférer les ordres sacrés, et pour recevoir, dans les couvents, des moines ou des religieuses: mesures très sages assurément, mais qui portaient un coup à la domination du clergé. De plus, Serra fit décréter que des missionnaires, envoyés par le gouvernement, prêcheraient, pendant ou après le service divin, la démocratie au peuple. Or, le clergé génois tenait à ses privilèges et son influence. Menacé par les réformes de l'évêque Solari, choqué par les innovations à tout le moins étranges de Serra, il se prononça résolument contre la nouvelle République, et, comme il était encore très puissant, surtout dans les campagnes, le nombre des ennemis de la démocratie s'accrut encore dans de fortes proportions.
Quant aux nobles, ils n'avaient pas attendu les réformes de la Commission des vingt-deux pour se prononcer énergiquement. Contenus, il est vrai, par le voisinage de l'armée française, ils n'osaient entrer en lutte ouverte, mais les principaux d'entre eux, les Spinola, Durazzo, Doria et Grimaldi, n'attendaient qu'une occasion favorable pour recouvrer leurs privilèges. Comme ils conservaient encore une nombreuse clientèle, ils entretenaient l'incertitude dans les esprits et la haine contre le nouvel ordre de choses.
À cette opposition latente, mais sérieuse, du clergé et de la noblesse, se joignait le mécontentement des gros négociants, inquiétés dans leur commerce par les rapines des Barbaresques, rapines d'autant plus fâcheuses que la France avait garanti la marine génoise contre leurs attaques. Enfin et surtout, la présence des troupes et des généraux français contribuait à aigrir les esprits, car elle démontrait ou bien que l'indépendance génoise n'était qu'un vain mot, ou bien que Bonaparte se défiait des Génois. Aussi les ennemis du nouveau régime se prévalaient-ils de la présence d'une armée française pour proclamer la ruine et la servitude de la patrie. Ils annonçaient que les forteresses de Savone et de San Remo, les seuls remparts de l'indépendance génoise du côté de la France, allaient être détruites. Ils faisaient remarquer qu'on dégarnissait l'arsenal. La noblesse, le clergé et leurs nombreux partisans fomentaient ces dispositions ennemies. Tout semblait indiquer un prochain soulèvement.
En effet la révolte éclata le 4 septembre, à la nouvelle de l'arrestation, par ordre du gouvernement provisoire, de quelques nobles, notoirement connus par leur opposition. Les paysans s'armèrent, et, pleins de fureur, marchèrent contre Gênes. Le général Duphot[126], à la tête d'une division française et des démocrates génois, se présenta au-devant des insurgés. Une bataille sanglante s'engagea dans le faubourg d'Albaro. Les paysans, fanatisés par le moine Pezzuolo et un certain Marc Antoine, résistèrent avec énergie; mais la discipline et la science militaire triomphèrent du nombre et du fanatisme. Les révoltés s'enfuirent à la débandade.
À peine la sédition du Bisagno était-elle apaisée, que de nouveaux bruits de guerre se firent entendre dans la Polcevera. Une multitude armée, beaucoup plus nombreuse que dans le Bisagno, s'empara par surprise du fort de l'Éperon qui domine Gênes, et occupa la seconde enceinte de murailles, à l'exception de la batterie de San Benigno. L'effroi s'empara du gouvernement. La garnison était faible, des signes de rébellion commençaient à se manifester à l'intérieur, et la reddition de la ville semblait inévitable.
Duphot, qui revenait du Bisagno, ranima tous les courages, et conduisit ses soldats à une nouvelle bataille. Le combat dura quatre heures et fut vivement disputé. Chassés de leurs positions, les paysans de la Polcevera prirent la fuite, poursuivis par les démocrates, qui leur tuèrent beaucoup de monde et entassèrent dans les prisons de Gênes plusieurs centaines de captifs.
La double victoire d'Albaro et de San Benigno suffit pour arrêter toute explosion nouvelle. Tout rentra dans le repos, mais c'était un calme menaçant, celui de la terreur et nullement celui de la fidélité. La vengeance en effet suivit de près la victoire. Un conseil de guerre condamna à mort une douzaine de paysans, d'autres furent envoyés aux galères. Quant à Bonaparte, comme ces troubles, sans l'inquiéter, l'irritaient, il résolut de sévir, et envoya le général Lannes à Gênes pour l'occuper militairement. «J'ai été très étonné, écrivait-il à Faypoult[127], d'apprendre le soulèvement des paysans de la montagne. J'ai bien reconnu là le caractère italien, dont il faut toujours se méfier. Le gouvernement provisoire est un peu jeune. Il est trop confiant. J'ai envoyé hier des ordres pour que le général Lannes, avec une colonne mobile, se rendît à Tortone, où il sera à votre disposition. J'ai envoyé également le général Casabianca avec des sous-officiers d'artillerie et ce que demandait le général de Gênes. Qu'on punisse sévèrement les auteurs de cette insurrection, sans quoi on recommencera toujours, et vous sentez combien, surtout pour une ville de commerce, cela fait mauvais effet. Au reste, j'espère qu'au moyen de précautions[128] qu'on prendra, et de l'esprit de défiance qu'on montrera, de pareils événements ne se renouvelleront plus.»
Lannes exécuta strictement les ordres qu'il avait reçus. La ville et les forts furent occupés par de fortes garnisons françaises, et on attendit les événements, l'arme au pied. Les Génois étaient alors dans l'épouvante. Ils venaient d'apprendre la chute et le partage de Venise, et redoutaient pour eux un sort semblable. En face de la France menaçante, de Bonaparte impénétrable, de ses lieutenants gardant un silence de commande, les anciens partis tremblaient de peur. Ils oublièrent momentanément leurs divisions intestines pour ne songer qu'au salut commun, et supplièrent Bonaparte de les tirer d'incertitude en leur faisant connaître ses volontés et surtout en arrêtant la rédaction définitive de la Constitution.