Fidèle jusqu'au bout à son caractère officiel, Joseph avait une première fois écrit au cardinal Pamphili pour lui demander ses passeports. Il l'invitait en même temps à venir à l'hôtel de l'ambassade, pour se rendre compte de l'attentat. Le porteur de la lettre fut accueilli par des coups de fusil, mais il parvint à la transmettre à son adresse. À huit heures du soir la réponse n'était pas encore parvenue, et les troupes pontificales entouraient toujours l'hôtel dans une attitude hostile. Angiolini, envoyé de Toscane à Rome, réussit le premier à traverser les patrouilles, et vint porter à Joseph l'expression de son indignation. Azara, l'ambassadeur d'Espagne, le suivit de près. Sur leurs conseils, à onze heures du soir, Joseph se décida à écrire une seconde lettre au cardinal Pamphili, dont le silence prolongé semblait indiquer la complicité avec les assassins. Cette fois encore, il n'obtenait pas de réponse. Aussi le lendemain 29, à six heures du matin, il lui écrivit pour la troisième fois, mais en le menaçant de la vengeance de la France, et quitta Rome, après avoir recommandé au chevalier d'Azara et à Angiolini les Français, qu'il ne pouvait mener avec lui.
Les instigateurs de ces scènes odieuses avaient-ils compté sur la modération de Joseph, ou bien espéraient-ils que la force serait repoussée par la force? En ce cas une collision leur eût fourni le prétexte dont ils avaient besoin: mais Joseph avait interdit toute tentative de répression. La correction de son attitude avait été absolue, tandis que le sang de Duphot et l'insulte infligée à la France dans la personne de son ambassadeur criaient vengeance. Pie VI, il est vrai, devait être mis hors de cause dans cette déplorable affaire. Il était malade, cassé par l'âge, et ne sortait plus de son palais. Il ne fut informé que bien tard de l'attentat et en témoigna de sincères regrets. Toutes les responsabilités doivent donc retomber sur ses ministres, surtout sur le secrétaire d'État, Doria Pamphili, qui avait autorisé et peut-être tramé cette odieuse machination; mais il s'aperçut bientôt qu'il avait fait fausse route. À l'unanimité tous les ambassadeurs protestèrent contre l'indigne traitement dont leur collègue Joseph venait d'être la victime; et ils avertirent le cardinal qu'il ne devait pas compter sur eux pour essayer de détourner l'orage. Azara, d'ordinaire si bienveillant, témoigna même toute son horreur du forfait, et refusa positivement de servir de médiateur. Dans sa perplexité, Pamphili s'adressa directement à la France, et pria l'envoyé romain à Paris, Massimi, de présenter les excuses officielles du gouvernement pontifical, d'accorder toutes les satisfactions qu'on exigerait, et d'annoncer l'envoi d'un légat a latere.
Il était trop tard! La mesure était comble. Toutes les vieilles inimitiés, qu'on croyait éteintes, se rallumèrent soudain. Il y eut en France comme une explosion de fureur contre le gouvernement sénile qui ne prouvait sa vitalité que par des crimes. Le Directoire reprit avec empressement ses anciens projets, et comme alors Bonaparte n'était plus là pour les enrayer, on ne parla plus que de détruire à tout jamais la puissance temporelle des Papes. Seulement les agents du Directoire étaient divisés d'opinion. Les uns, tels que Faypoult, auraient voulu donner Rome à un prince allemand; les autres, tels que Cacault, Miot ou Belleville, parlaient de la livrer au duc de Parme, ou au roi de Piémont, ou à tout autre souverain; le plus grand nombre proposaient le rétablissement de la République Romaine: de la sorte on punirait un ennemi acharné et on étendrait l'influence française par la création d'une nouvelle république vassale. Les ouvertures de Massimi furent donc écartées, les excuses de Pamphili repoussées avec dédain, et la guerre votée par le conseil des Cinq-Cents et le conseil des Anciens à la presque unanimité.
Rome était dans la consternation, car la vengeance approchait et le châtiment était mérité. On crut remédier au mal en redoublant de ferveur. Ce n'étaient que processions[346] extraordinaires, ostension de reliques fameuses et vœux solennels; mais la bourgeoisie ne cachait plus ses sentiments hostiles et dans toutes les classes de la société régnait une sourde irritation. De cruelles épigrammes circulaient: on a conservé la suivante:
Sextus Tarquinius, Sextus Nero, Sextus et iste:
Semper sub Sextis perdita Roma fuit.
Un instant la cour pontificale crut à l'intervention armée de Naples, mais il fallut bientôt renoncer à cette dernière illusion[347]. Décidément l'orage était déchaîné, et il se dirigeait avec impétuosité contre Rome. Ainsi que l'écrivait l'avocat Milizia, «il faut prendre le temps comme il vient, et, s'ils arrivent jusqu'ici, il faudra bien aller les complimenter et danser gaiement avec eux la carmagnole». Ce fut bientôt un sauve qui peut général. Les neveux du pape, les Braschi, donnèrent l'exemple, et s'enfuirent à Naples avec leurs trésors. Tous ceux qui craignaient les vengeances françaises les imitèrent. Il ne resta bientôt plus à Rome que le Pape, retenu à son poste par le sentiment de l'honneur, et deux partis en présence qui s'exaltaient par la contradiction, et passaient chaque jour par les angoisses du désespoir et les anxiétés de l'espérance.
Le 29 janvier 1798 l'armée française entra en campagne. Elle était commandée par Berthier, l'ancien chef d'état-major de Bonaparte. C'étaient les vétérans des guerres contre l'Autriche, d'incomparables soldats, fiers de leurs victoires, animés de sentiments ultra-républicains, et qui se réjouissaient à la pensée de renverser celui que, dans leurs clubs, ils nommaient, fort irrévérencieusement, la vieille idole. La résistance était impossible. Elle n'entrait même pas dans les prévisions du Directoire qui s'était contenté d'ordonner à Berthier d'occuper le territoire pontifical et d'entrer dans Rome où il vengerait l'assassinat de Duphot et l'insulte de Joseph. Il lui enjoignait en même temps de se servir de son influence pour engager les Romains à se constituer en république, et il était à l'avance tellement sûr du résultat de la campagne qu'il confia à Monge, Faypoult, Florent et Daunou le soin de donner une constitution à la nouvelle république.
En effet, dès le 10 février, Berthier paraissait aux portes de Rome sans avoir éprouvé de résistance. Il s'emparait du château Saint-Ange et envoyait un de ses aides de camp à Pie VI, pour le prévenir de l'arrivée des Français; mais fidèle à ses instructions, il refusa d'entrer en ville avant que les Romains n'eussent eux-mêmes décidé de leur sort. À l'exception de quelques cardinaux restés auprès de Pie VI, parce qu'ils conservaient le secret espoir de désarmer la France par de nouveaux sacrifices, il n'y avait plus à Rome que les partisans du système républicain et les dernières classes de la population, indifférentes aux révolutions qui n'améliorent pas leur sort, mais qui pourtant, par amour-propre national ou par respect héréditaire pour un gouvernement qui s'écroulait, voyaient avec regret l'intervention étrangère. On envoya donc une députation à Berthier, pour le prier d'entrer en ville. Il répondit qu'il ne le ferait qu'après la révolution. Pourtant, dès le 12 février, il désarmait les milices pontificales, ordonnait l'arrestation de Consalvi, prenait comme otages quatre cardinaux et quatre princes romains et mettait sous le séquestre les propriétés des Anglais, des Portugais et des Russes, avec lesquels nous étions encore en guerre. Enfin, les Romains, sous la pression de nos baïonnettes, se décidèrent à créer ou plutôt à restaurer la République Romaine. Le 15 février, ils se rassemblèrent en armes au Campo-Vaccino, dans l'ancien Forum, et firent enregistrer par plusieurs notaires l'arro del popolo sovrano constituant la république avec sept consuls, des édiles et d'autres magistrats dont les noms et les fonctions étaient renouvelés de la Rome antique. Aussitôt, ils envoyèrent une nouvelle députation à Berthier, qui se décida à entrer en ville, suivi de son état-major, monta au Capitole, salua au nom de la France la République Romaine, et prononça un discours emphatique où il était question des Gaulois arrivant avec le rameau d'olivier, pour relever les autels du premier Brutus[348].
Le Pape, enfermé dans son palais, ne soupçonnait même pas la gravité des évènements. Les prévenances de Berthier avaient achevé de l'égarer. Quelle ne fut pas sa surprise, quand il apprit par le général Cervoni, que ses sujets venaient de le trahir et qu'il n'avait plus qu'à quitter Rome! On aurait voulu qu'il abdiquât sa souveraineté temporelle, mais il répondit avec une fermeté que ne laissait pas prévoir sa vie passée, que sa conscience lui interdisait de renoncer à un pouvoir dont il n'était que le dépositaire. Il promettait d'ailleurs de ne pas essayer de reconquérir son autorité et demandait pour unique faveur la grâce de mourir à Rome. «Vous pouvez mourir partout», lui répondit brutalement le commissaire Haller qui, joignant le geste à l'insulte, le fouilla, enleva son bâton pastoral, lui arracha l'anneau qu'il portait au doigt et le jeta dans une chaise de poste qui l'emmena en Toscane, au couvent des Augustins de Sienne (25 février 1798). Le grand-duc de Toscane n'avait seulement pas été prévenu de l'arrivée de cet hôte illustre, mais il s'empressa de donner des ordres pour que la réception fût convenable. Le Directoire trouvait que Sienne était trop rapprochée de Rome, mais il ne voulait pas prendre sur lui l'odieux d'une nouvelle expulsion. Il aurait désiré que le grand-duc de Toscane se chargeât lui-même de cette iniquité, et, à diverses reprises, nos agents firent entendre au ministre Manfredini qu'on verrait avec plaisir le pape quitter Sienne. Manfredini répondit avec dignité qu'on n'obéirait qu'à une réquisition formelle du Directoire, mais «que l'intérêt du grand-duc répondait que le séjour du Pape dans ses États ne donnerait aucun sujet de plainte au gouvernement français». Or, le Directoire qui tenait à ménager les puissances catholiques, Espagne et Autriche, ne voulait pas donner cette réquisition, mais il ne ménagea au gouvernement toscan ni les insinuations ni même les menaces. Tantôt il lui faisait parvenir des plaintes venues de Rome, tantôt il lui demandait l'internement de Pie VI à Livourne ou à Cagliari, tantôt il se plaignait de prétendus complots ourdis à Sienne. Le grand-duc, fort embarrassé du rôle honteux qu'on voulait lui faire jouer, prit le parti de traîner en longueur les négociations. Il finit par proposer à la France de se charger directement de la surveillance du prisonnier. Le Directoire refusa, non point par délicatesse, mais uniquement parce qu'il ne voulait pas dégager le grand-duc d'une responsabilité qu'il se réservait d'exploiter contre lui. Telles furent ses exigences et ses incessantes réclamations, que le grand-duc ne tarda pas à comprendre que lui aussi était condamné. Pour éviter un détrônement brutal, il se retira de lui-même après avoir signé non pas une abdication, mais un engagement de rester en Autriche jusqu'à la paix générale.
Pie VI n'avait plus de défenseurs. Il fut obligé de prendre le chemin de l'exil, et de passer par toutes les stations de la vie douloureuse qui le conduisit à Valence où il mourut. «Ces disgrâces, disait-il avec une touchante résignation au ministre Manfredini, me prouvent que je ne suis pas un indigne vicaire de Jésus-Christ. Elles me rappellent les premières années de l'Église qui furent le commencement de son triomphe.» Aussi bien ces indignes traitements soulevèrent un dégoût général. Ce n'était pas seulement à la majesté du souverain, mais plus encore à la dignité du vieillard qu'on insultait ainsi, et plus d'un parmi nos soldats rougit de cette persécution, qui faisait d'eux comme les complices du bourreau. Il est vrai que d'autres préoccupations allaient leur faire oublier ces scènes regrettables.