Pendant les quinze ans qu’il fut simple prêtre, il parcourut ces régions, soit en canot, soit en raquettes, fondant coup sur coup les missions de la Nativité, de Saint-Joseph, du Fort Vermillon, de Dunvégan, et visitant dans les bois les divers camps indiens.

Sa résidence, durant cette période,—résidence, en langage de missionnaire du Nord, prêtre ou évêque, veut dire: pied-à-terre, base de voyages, lieu où l’on est censé demeurer; mais où l’on demeure moins, parfois, que partout au dehors, à cent lieues à la ronde—la résidence principale du Père Faraud, avant son élévation à l’épiscopat, fut le lac Athabaska. Il écrivait, en 1859:

Depuis dix ans que je suis à Athabaska, j’ai vu mon rêve de progrès matériel presque réalisé. La première année, je construisis une maison et une chapelle. La deuxième, je transformai les marais en champs et jardins. La troisième, je bâtis une nouvelle église, une nouvelle maison, une cuisine, une étable, une autre maison pour les engagés de la mission. J’entrepris enfin une grande église, qui, sur cette plage, peut passer pour un véritable monument, et que j’avais terminée après quatre ans de travail.

Mais ces années de voyages, travaux et misères avaient eu raison de la santé du Père Faraud. Lui, si indomptable jadis, le voici réduit à ne plus se soutenir que par la résignation chrétienne. Les peines de l’âme, s’ajoutant aux souffrances du corps, le portent à reprendre le projet, qu’il avait autrefois conçu, de ne s’occuper que de sa propre sanctification dans quelque solitude. Du fort Vermillon, rivière la Paix, 15 mai 1860, il ouvre son âme à Mgr Taché:

Le moment n’est-il pas venu aujourd’hui de dire adieu au Nord? Ce n’est plus seulement une jambe qui me fait mal (il avait contracté une sciatique dont il devait souffrir toujours); mais les deux jambes, les deux bras, la poitrine, les reins et la tête. A planta pedis usque ad verticem capilis, je ne suis plus que rhumatisme. Ces douleurs ont augmenté progressivement, et tendent à s’aggraver davantage.

...Je vous dirai maintenant un secret qui vous expliquera bien des singularités apparentes de ma conduite. Un dégoût universel naquit chez moi, il y a longtemps, pour tout ce qui n’est pas Dieu, et ne tend directement à sa gloire. J’avais pris la résolution de m’enfermer à tout jamais dans un cloître, et de me retirer dans un désert, où je n’aurais qu’à m’entretenir avec Dieu et où il serait le témoin unique de mes actions. Je me préparai par la prière, par le jeûne, par la mortification, à cet acte d’où devait dépendre mon éternité. Or, un jour, en lisant les psaumes, je fus frappé de ces paroles: zelus domus tuæ comedit me—le zèle de votre maison me dévore.—J’en tirai incontinent la conclusion qu’il serait peut-être plus dans les desseins de Dieu que je consacre les premières années de ma vie religieuse à un ministère public, pour y travailler au salut des autres, et que je me retire plus tard dans un monastère. Ce fut la résolution que je pris dès le moment, me proposant de travailler au salut de mon prochain, sans négliger ma propre perfection. Mais je me connaissais moi-même. Je savais que je n’étais pas homme à faire deux choses à la fois. Jusqu’à mon arrivée à Athabaska, j’avais tenu bon. Mais là, occupé de mille choses extérieures, n’ayant jamais assez de temps pour me recueillir, je me trouvai, malgré moi, de plus en plus éloigné de la piété; mon cœur devint sec et aride; j’étais si étranger à moi-même, j’avais si peu de goût pour les choses de Dieu que j’en tirai la conclusion que je devais être bien éloigné de Dieu, et comme je faisais de vains efforts pour m’en rapprocher, de là naquit une profonde tristesse qui a duré pendant huit ans consécutifs. Pour vous dire le tout, j’avais entretenu, jusqu’à il y a quelques semaines, le dessein de retourner en France pour me faire trappiste ou chartreux, comme c’est notre droit. Or, il arriva qu’un soir, tandis que je renouvelais mes vœux d’Oblat de Marie Immaculée, une bonne petite Mère que j’avais là, sur la table de ma pauvre maisonnette, sembla me reprocher de vouloir quitter la société qui lui était spécialement dévouée, après avoir promis, tous les jours, pendant dix-neuf ans, d’y persévérer jusqu’à la mort. Je fus si frappé de cette réflexion, qu’après avoir pleuré abondamment, aux pieds de ma petite statue, je renonçai franchement au projet que je nourrissais dans mon esprit depuis si longtemps...

Pendant que le Père Faraud se désolait ainsi, à la manière des saints, de ses infirmités et aridités, soupirant après le repos de son âme en Dieu, un projet bien différent s’ourdissait entre Mgr Taché et Mgr Grandin, son coadjuteur, réunis à l’Ile à la Crosse, en 1860.