En même temps, Louis XI, poussé secrètement par son allié, Laurent de Médicis, provoque une agitation anti-romaine et parle de la prochaine tenue d'un concile général pour la réforme de l'Église et l'élection régulière d'un pape à la place du pontife, dont la nomination était entachée de simonie. Il cherche à gagner à sa cause l'empereur Frédéric [436].
La bulle pontificale du 21 novembre 1474 était sans contredit un acte d'indépendance de la curie romaine et attentatoire aux libertés de l'Église gallicane, en ce sens qu'elle portait modification des circonscriptions ecclésiastiques du royaume de France, sans l'avis préalable du roi. En effet, de ce chef, la province ecclésiastique d'Avignon devenait indépendante de Vienne et d'Arles [437], et le rattachement de l'évêché de Vaison au diocèse de l'archevêché d'Avignon était une diminution de l'autorité de l'archevêque de Vienne et de Lyon «primat de France». Bien que plus incliné aux idées romaines que son père Charles VII, qui professait plutôt les idées gallicanes, Louis XI ne pouvait décemment rester indifférent en présence des prétentions de Sixte IV dont la faiblesse expliquait cet acte de népotisme. Si on ajoute à cette extension d'attributions l'autorité que le nouvel archevêque tenait de ses prédécesseurs, on conviendra que l'archevêque d'Avignon était, sinon le supérieur, du moins l'égal du légat, qui devait désormais compter avec lui. En effet, depuis 1178, par privilège de Frédéric II, empereur d'Allemagne, l'évêque d'Avignon était coseigneur de Barbentane, et avait juridiction temporelle sur ce port, une des principales escales de la navigation du Rhône [438]. En outre, depuis le Xe siècle, ledit évêque possédait, comme fiefs temporels sur la rive droite du Rhône, les localités ci-après avec leurs annexes: Roquemaure, Trueil (de Torcularibus), Montfaucon, Saint-Giniès de Comolas, Saint-Laurent-des-Arbres, Lirac, Tavel, Rochefort, Sazes, Pujaut (Podium altum), Sauveterre, Villeneuve, Les Angles et Saint-Étienne-de-Candals [439]. «De tout temps et d'ancienneté les prédécesseurs arcevesques du dit lieu ont tout droit de justice et juridiction ecclésiastique sur plusieurs nos subgectz, mananz et habitanz de plusieurs villes, villaiges et places nous appartenanz dedans nostre royaume estans du dit diocèse et arcevesché, et ont accoustumé selon droit commun les dits arcevesques du dit lieu d'Avignon, davoir toute juridiction cohercion et contrainte non seulement sur iceulx habitanz des villes de nostre royaume mais aussi de Provence, du conte de Venisse et dailleurs ou le dit droict se estant [440].» Ces lettres patentes de Louis XI ne peuvent laisser aucun doute sur la légitimité des pouvoirs de l'archevêque d'Avignon, en tant que juge temporel desdits fiefs enclavés dans le royaume de France. Or, dans de pareilles conditions, ou l'évêque devait se contenter d'une juridiction temporelle nominale, comme l'avaient fait la plupart des prédécesseurs de Jules de la Rovère, ou, s'il voulait prendre au pied de la lettre les droits qu'il tenait de ses fonctions, il devait se préparer à vivre en état de guerre avec les officiers royaux, sénéchaux de Beaucaire, maîtres des ports de Villeneuve ou leurs lieutenants, et le Parlement de Toulouse dont la rigueur était proverbiale. On comprend, en effet, que les sujets du roi, placés sous la juridiction temporelle des évêques d'Avignon et poursuivis pour crimes ou délits de droit commun, récusassent la juridiction temporelle de leur suzerain spirituel, pour chercher aide et protection auprès des agents royaux et échapper ainsi à toute pénalité. De là des conflits incessants, des protestations, et comme conclusion, des lettres de représailles qui empêchaient l'évêque d'exercer en toute liberté son droit de juridiction.
Quant à la question de conflit à propos de certains territoires riverains du Rhône, dont la délimitation et les droits «de pâturage et de bûcherage» étaient contestés entre les officiers royaux et le représentant du Saint-Siège [441], Jules de la Rovère ne pouvait en avoir la responsabilité, attendu que depuis longtemps des dissentiments existaient entre le sénéchal de Beaucaire et de Nîmes et les officiers pontificaux. Des attaques à main armée avaient été dirigées par les sénéchaux de Beaucaire et de Nîmes contre le terroir d'Avignon, sous forme de représailles et de droits de marque, sous prétexte d'une dette que les papalins auraient refusé de solder à Gabriel de Bernes, alors qu'il était constant que la cité d'Avignon n'avait jamais refusé de se libérer [442]. Enfin, la ville se plaignait avec quelque apparence de raison que les officiers du roi s'opposassent, par vexation, à la construction de «pallières et taudis» sur la rive gauche du Rhône dont le courant impétueux ne cessait de menacer les remparts et fortifications qui garantissaient la sécurité de la ville et de son territoire.
Les conflits entre riverains prirent même, au cours de l'année 1475, un caractère tel de violence que le conseil de ville décida d'en référer au pape, avec menace des censures ecclésiastiques [443]. De leur côté les officiers du Languedoc, défenseurs des droits du roi, maintenaient énergiquement leurs revendications et le juge-mage de Beaucaire écrivait à Jean Bourré, président des États du Languedoc, «touchant l'occupation que ceulx d'Avignon veullent faire du Rosne et des isles d'icelluy [444]». Il montrait pour le roi l'importance qu'il y avait à conserver la possession des terrains limitrophes du fleuve et des îles voisines, «et le bon droit que le roy a». Le 9 juillet 1475 [445], Sixte IV adressait à Louis XI une nouvelle lettre plus pressante, dans laquelle il l'engageait à donner des ordres immédiats pour que ses officiers du Languedoc cessassent d'inquiéter et de molester les vassaux du Saint-Siège. Le roi de France n'ayant pris aucune mesure pour donner satisfaction au souverain pontife, celui-ci fulmina contre les officiers royaux une sentence d'excommunication (9 décembre 1475) [446].
Ces explications étaient indispensables pour montrer l'origine du conflit à propos des limites du Rhône, au moment où Sixte IV allait appeler son neveu à la légation d'Avignon, et permettent de démêler ce qu'il y a de fondé dans les accusations portées par les historiens contre Jules de la Rovère sur ce point. Lorsque donc, quelques mois plus tard, le cardinal de Saint-Pierre aux Liens se rendit à Lyon pour porter ses doléances à Louis XI, il ne faisait que lui exposer des griefs déjà anciens et qu'il n'avait en rien contribué à susciter. Enfin, s'il se plaignait au roi de la sévérité outrée du Parlement de Toulouse à l'égard des sujets pontificaux, lorsque quelque atteinte était portée par eux aux prérogatives royales, ces plaintes étaient de tout point fondées [447].
En réalité, toutes les explications données jusqu'ici, pour justifier le mécontentement du roi du retrait de la légation à Charles de Bourbon, ne sont que de peu de poids et ne suffiraient pas pour rendre plausible l'hostilité de la Cour de France et le parti pris de recourir aux voies de fait contre le Saint-Siège dans la personne de son légat et dans son propre domaine. Ce que Louis XI ne pouvait pardonner à Sixte IV, c'était d'avoir manqué à ses engagements vis-à-vis du roi et d'avoir porté une grave atteinte à l'influence française dans les terres qui confinaient à la Provence, au moment où Louis XI espérait mettre la main sur l'héritage du roi René. Désormais, au lieu d'avoir à Avignon un représentant dévoué à ses intérêts, la France allait se heurter à un ennemi habile, implacable, que l'on accusait encore sans preuves d'entretenir avec le Téméraire des intelligences secrètes, et de favoriser la cession des domaines de la maison d'Anjou au duc de Bourgogne [448]. Tous les calculs politiques de Louis XI se trouvaient ainsi déjoués, par suite de la mauvaise volonté du pape, et on comprend qu'il en conçut une vive irritation. . Cependant l'administration du cardinal de Bourbon, ou plutôt de ses représentants à Avignon et à Carpentras, n'allait pas sans quelques difficultés. Absent depuis plusieurs mois du siège de sa légation, l'archevêque de Lyon avait délégué comme lieutenant à Carpentras l'évêque de Narbonne [449]. A Avignon, il avait constitué comme son fondé de pouvoir Édouard de Messiaco, abbé de l'Isle-Barbe (13 décembre 1475). Les rapports entre le conseil de ville et les délégués du légat étaient assez tendus par suite de quelques questions d'ordre local. Le représentant du légat reprochait au conseil: 1o de n'avoir pas procédé, comme le voulait la charte municipale de 1411, au renouvellement annuel des conseillers [450]; 2o de n'avoir pas voté au légat le présent annuel de 500 florins, qui selon la tradition lui était offert la veille de la Noël [451]; 3o il se plaignait en outre de ce que des officiers avaient été créés directement par le Saint-Siège, sans autorisation du légat; 4o de ce que les Florentins avaient obtenu du Saint-Siège une exemption, au mépris du légat; 5o de ce qu'un bref apostolique avait interdit à l'évêque de Narbonne de s'immiscer dans les affaires intérieures du Gouvernement[451]. L'évêque de Cavaillon se fit, auprès du conseil, l'organe de ces plaintes. Celui-ci, qui louvoyait entre les deux influences, décida le 13 décembre de surseoir à toute décision jusqu'au retour des consuls et d'une partie des conseillers que la peste tenait pour le moment éloignés de la ville. Quelques jours après, l'assemblée municipale se réunit (le 18 décembre) [452] et la mutation des conseillers fut opérée en présence de l'abbé de l'Isle de Barbe, délégué du légat, et par son ordre. Le 10 janvier 1476, le conseil décida de prendre des informations à Rome au sujet de la bulle concernant la mutation des conseillers, qu'une rature avait rendue suspecte de fausseté, et où le mois précédent on avait délégué à cet effet Pierre Baroncelli comme ambassadeur extraordinaire [453]. Le 24 janvier, le conseil procède à la nomination des capitaines des paroisses, en vertu d'un bref que Pierre Baroncelli avait rapporté de Rome avec des lettres de Jules de la Rovère, archevêque d'Avignon. Il est probable que Baroncelli avait été chargé par Jules de la Rovère d'une mission secrète pour le conseil et les États, peut-être de leur faire pressentir la prochaine venue du cardinal en qualité de légat, car dès son arrivée, et par ordre de l'évêque de Carcassonne, Pierre Baroncelli avait été jeté en prison. La ville députa aussitôt auprès de l'évêque Pierre de Merulis, primicier de l'Université, et Jean Martini, bourgeois, pour obtenir l'élargissement de l'ambassadeur. D'autre part, le 3 février, le conseil fit de pressantes instances auprès de l'abbé de l'Isle Barbe dans le même but. Sixte IV lui-même, dans un bref menaçant, informa les consuls qu'il avait donné l'ordre de relâcher sans délai Pierre Baroncelli [454], se réservant de faire châtier l'auteur de l'emprisonnement [455]. Le conflit était désormais inévitable entre le Saint-Siège et son légat à Avignon, et forcément la Cour de France allait être amenée à soutenir ce dernier contre le pape et contre son rival et successeur désigné, Jules de la Rovère. Louis XI, toujours à l'affût des desseins secrets de la Cour de Rome, s'efforçait de provoquer une certaine agitation dans le clergé de France et parmi les cardinaux du sacré collège. Au mois de mars 1476, pendant que Jules de la Rovère se rendait à Avignon, on trouva affichée à la porte de la basilique de Saint-Pierre une proclamation du roi de France enjoignant à tous cardinaux, prélats et évêques de se trouver à Lyon, le 1er mai, afin d'y délibérer sur la tenue d'un concile [456]. Une ambassade française fut même envoyée à Rome, à ce sujet, au mois d'avril 1476 [457], mais Sixte IV refusa de la recevoir. Comme le fait justement observer Pastor, il y a une corrélation indiscutable entre ces tentatives de pression et d'intimidation que Louis XI cherchait à exercer sur les membres de l'Église et l'envoi en France de Jules de la Rovère [458]. Ce dernier avait quitté Rome le 19 février 1476.
La guerre devenait dès lors inévitable, et les partis commençaient à s'y préparer. Le 12 mars 1476, le conseil est avisé de la prochaine venue de Jules de la Rovère à Avignon, mais l'assemblée ignorait encore la nouvelle, tenue secrète, du remplacement de l'archevêque de Lyon à la légation. Celui-ci, mis au courant de ce qui se tramait à Rome contre son autorité, avait pris les devants, et le 17 avril [459] 1476, on annonçait l'arrivée à Avignon, par le Rhône, d'une grande barque chargée de douze tonneaux de vin et de vingt à vingt-cinq salmées de blé, destinés à l'approvisionnement du grand palais. Avisé aussitôt, le conseil décide que le tout sera mis en entrepôt et en lieu sûr, attendu que cette affectation de se servir d'une voie étrangère pour les denrées dont il a besoin ne fait rien augurer de bon pour la ville, d'autant plus qu'on sait qu'il donne certains signaux par des feux allumés du haut de la tour de Trolhas [460].
Le 19 avril 1476, le conseil est informé de l'approche de Jules de la Rovère, neveu du pape, archevêque d'Avignon, en qualité de légat gouverneur d'Avignon et du Comtat, et de son intention d'occuper le grand palais, et d'en faire sortir incontinent ceux qui le détiennent pour le compte de l'archevêque de Lyon. Le conseil délibère aussitôt que les consuls et douze députés des plus notables auront plein pouvoir pour établir une garnison aux portes et aux autres points de la ville où besoin sera, et que des mesures seront prises incessamment pour pourvoir à la sécurité de la ville et de ses habitants. Les députés désignés furent: Louis Merulis, primicier de l'Université; Guillaume Ricci, docteur; Antoine Ortigues, Girard de Sades, François Malépine, Baptiste de Brancas, Pierre Baroncelli, Louis Pérussis, Antoine Simonis, Veran Malhardi, Étienne de Gubernatis et Jean Martini. Le 29 avril suivant [461], le conseil décide de notifier cette décision à l'archevêque de Vienne, pro-lieutenant du cardinal de Bourbon, et députe une ambassade au seigneur de Beaujeu [462], et à l'archevêque de Narbonne, qui étaient au pont de Sorgues, pour tâcher de pacifier les choses. C'est au milieu de cette agitation que le nouveau légat pontifical arriva à Avignon, où il fut reçu avec la déférence que commandaient ses nouvelles fonctions et sa parenté avec la personne du souverain pontife.
De son côté, Louis XI n'était pas resté inactif, et son intervention, à ce moment, avait, s'il faut en croire Belleforest [463], un double but; intimider le pape et peser sur l'esprit du roi René dont les ambassadeurs étaient partis secrètement pour aller offrir au duc de Bourgogne son héritage, après avoir rejeté et divulgué audit duc toutes les propositions à lui faites par Louis XI [464]. Mais on sait comment la défaite du Téméraire à Granson détacha du duc de Bourgogne tous ses alliés, et René, dont les ambassadeurs avaient été pris et les projets dévoilés, n'avait plus qu'à solliciter son pardon. Ce fut l'épilogue du combat de Granson (1476).
Mais Louis XI n'avait pas attendu une solution que donnât à ses visées politiques le sort des armes. Au mois d'avril 1476, par ordre du roi, des troupes du Languedoc furent mises en mouvement et portées sur la rive droite du Rhône, avec ordre d'amasser une grande quantité de vivres et d'approvisionnements de toutes sortes à Villeneuve-lès-Avignon [465]. L'avant-garde de l'armée royale, commandée par le capitaine Bertrand de Codolet, se présenta au pont du Rhône pour attaquer le terroir d'Avignon. Quant au représentant du légat, l'archevêque de Lyon, il avait fait occuper le palais apostolique par une garnison de soixante hommes, archers et arbalétriers, fournis par le roi de France et à la solde de 4 livres par jour. Dans cette forteresse inexpugnable la petite garnison française entretenait des signaux avec les soldats de l'armée royale campés sur la rive droite du Rhône, et leur fournissait des renseignements utiles pour l'attaque des remparts. Vers la même date, et pour appuyer les troupes massées sur la rive droite du fleuve, Louis XI faisait diriger par voie rapide toute son artillerie disponible, traînée par plus de quarante-quatre chevaux, sur Avignon [466]. L'amiral de Bourbon, frère de l'archevêque de Lyon, avait été chargé du commandement de l'armée «laquelle nous avions envoyée ès marches de par dellà et près de la dite ville pour obvier à la mauvaise entreprinse du dit cardinal alyé à nos ennemis [467]».