Le nouveau vice-roi, plein de zèle pour les intérêts de la colonie et pour l'avancement des missions, voulut d'abord que Champlain demeurât cette année auprès de lui pour l'instruire plus particulièrement des besoins du pays dorénavant soumis à sa juridiction, puis il encouragea de toutes ses forces le projet qui venait de se former, d'envoyer des missionnaires jésuites au Canada, pour venir en aide aux premiers missionnaires, les Récollets.
M. de Caen fut chargé du voyage de 1625. A son retour, il y eut contre lui des récriminations graves, qui entraînèrent un procès. Il sut néanmoins se tirer d'affaire assez bien, l'arrêt du conseil lui alloua «trente-six pour cent d'intérêt sur un fonds de soixante mille livres, mais à condition qu'il exécuterait tous les articles auxquels la société s'était obligée envers le roi; qu'il donnerait caution dans trois jours, et nommerait un catholique au commandement de la flotte du Canada.»
Le printemps venu, M. de Caen ne s'étant pas conformé aux décisions de la cour, les anciens associés le protestèrent. Il les appelle une seconde fois devant le conseil, et un nouvel arrêt lui accorde encore gain de cause, à condition toutefois qu'il donnera caution dans Paris, et qu'il nommera, en l'absence du vice-roi, un amiral catholique, lui-même ne devant point faire le voyage.
livLes vaisseaux appareillèrent à Dieppe. Champlain s'y embarqua, avec le sieur Destouches et son beau-frère, nommé son lieutenant, à bord de la Catherine, vaisseau de cent cinquante tonneaux. Émeric de Caen était vice-amiral, et commandait la Flèque.
Champlain n'arriva à Québec que le 5 de juillet. Tous les hivernants se portaient bien, même Pont-Gravé, qui avait pensé mourir de la goutte pendant l'hiver.
Quoiqu'il eût, avant son départ, laissé «nombre de matériaux prêts,» il ne trouva pas les logements si avancés qu'il se l'était promis. Le fort était encore au point où il l'avait quitté en 1624; le château, qui renfermait quelques ménages, n'avait pas été terminé, quoiqu'il y eût du bois d'assemblé depuis deux ans.
Une des raisons qui retardaient les travaux du fort et de l'habitation, c'est que les ouvriers étaient employés, «aux plus beaux et longs jours de l'année,» à l'entretien du bétail. Il fallait aller faire les foins à près de dix lieues de Québec, aux prairies naturelles du cap Tourmente, ce qui prenait quelquefois jusqu'à deux mois et demi. Pour obvier à cet inconvénient, Champlain établit une habitation auprès du Petit-Cap, au lieu même où sont aujourd'hui les bâtisses de la Petite-Ferme. Comme on était déjà au mois de juillet, il employa tous les ouvriers à y construire deux logis et une étable de soixante pieds de long. A partir de ce moment, le soin des bestiaux ne demandait plus que quelques personnes. Au mois de septembre,lv Champlain y envoya le sieur Foucher avec cinq ou six hommes, une femme et une petite fille.
Considérant, d'un autre côté, que le fort de Québec «était bien petit, pour y retirer, dans un besoin, tous les habitants de la place, il résolut de l'abattre et de l'agrandir; ce que je fis, dit-il, jusqu'au pied, pour suivre mieux le dessein que j'avais; auquel j'employai quelques hommes qui y mirent toute sorte de soin.» Il y ménagea, «selon l'assiette du lieu, deux petits demi-bastions bien flanqués. La ruine du petit fort servit en partie à refaire le plus grand.» Il se composait de fascines, et de terrassements, en attendant un jour qu'on le fît revêtir de murailles.
Après les travaux du fort, les logements de l'habitation et le magasin réclamaient la plus large part de son attention. Il fit couvrir la moitié du grand corps de logis, commencé depuis si longtemps, et faire quelques menues réparations.
L'hiver de 1626 à 1627 fut un des plus longs que l'auteur eût passés dans le pays, et il fut marqué par la perte du premier habitant de Québec, Louis Hébert, qui mourut des suites d'une chute.