Aussitôt que le Saint-Jean eut mouillé l'ancre dans la rade, Champlain fit sommer le sieur Émeric de Caen de remettre le fort et l'habitation entre les mains de M. du Plessis-Bochard, en vertu du commandement qui lui était fait de la part du cardinal de Richelieu.
L'après-midi, le sieur de Caen quitta le fort avec ses hommes, et M. du Plessis-Bochard y entra avec les siens. Le jour suivant, 24 de mai, les clefslxxiv furent remises entre les mains de Champlain. M. du Plessis prit alors la charge d'amiral de la flotte.
Champlain, en possession de son nouveau gouvernement, s'occupa d'abord des affaires de la traite, qui pressaient davantage. Il venait d'arriver des Trois-Rivières dix-huit canots algonquins, et l'on savait que les Anglais avaient trois vaisseaux à Tadoussac, d'où ils étaient même monté jusqu'au Pilier.
Champlain, se doutant que les sauvages pourraient aller les trouver jusque là, tint conseil avec eux, et leur fit entendre, par la bouche de l'interprète Olivier le Tardif, qu'ils prissent bien garde à ce qu'ils avaient à faire: ces Anglais étaient des usurpateurs, qui ne faisaient que passer; tandis que les Français demeuraient au pays d'une manière permanente, et qu'il était de l'intérêt de tous que leur ancienne amitié continuât toujours.
Le chef algonquin répondit par une harangue aussi fine et délicate, que pleine d'une mâle éloquence. «Tu ne veux pas, dit-il en finissant, que nous allions à l'Anglais: je vais dire à mes gens qu'on n'y aille point; si quelqu'un y va, il n'a pas d'esprit. Tu peux tout: mets des chaloupes aux avenues, et prends les castors de ceux qui iront.»
Afin d'ôter aux sauvages d'en haut la pensée de descendre au-devant des Anglais, Champlain établit un nouveau poste, sur l'îlet de Richelieu, qui commande l'un des passages où le chenal du fleuve est le plus étroit; ce lieu avait en outre l'avantage d'être assez rapproché de Québec pour que l'on pût, au besoin, faire monter dans quelques heures les marchandises et les objets nécessaires à la traite.
lxxvNon content de veiller aux intérêts de la compagnie, Champlain, dès son arrivée, déploya toute l'ardeur de son zèle pour l'honneur du culte et le progrès des missions. Il se donna une peine infinie pour décider les Hurons à emmener avec eux quelqu'un des Pères qui avaient déjà commencé à instruire leur nation.
A peine la traite finie, il voulut accomplir un voeu qu'il avait fait depuis la prise de Québec par les Anglais. Il érigea, tout près de l'esplanade du fort, à l'endroit où est aujourd'hui le maître autel de Notre-Dame de Québec, une nouvelle chapelle, qui fut appelée Notre-Dame de Recouvrance, tant en mémoire du recouvrement du pays, que parce qu'on y plaça un tableau recouvré d'un naufrage.
Se voyant secondé de plus en plus efficacement par les bonnes dispositions de la compagnie, il entreprit une autre fondation, où l'on se promettait que les missionnaires pourraient faire un grand fruit; il envoya le sieur La Violette aux Trois-Rivières, pour y établir une habitation et un fort; ce qui fut commencé le 4 juillet 1634. Le P. le Jeune et le P. Buteux allèrent y résider aussitôt que le logement fut prêt à les recevoir.
Enfin, après avoir donné à sa chère colonie, de nombreux témoignages d'un dévouement sans bornes et d'une piété aussi ardente qu'éclairée, «Champlain, comme dit si bien le P. le Jeune, prit une nouvelle naissance au Ciel le jour même de la naissance de notre Sauveur en terre;» il mourut le jour de Noël, 25 décembre 1635, aimé et respecté de tous ceux qui l'avaient connu.