Après cette nuit donnée à ses devoirs de juge, Clément VIII ordonna que les accusés fussent reconduits en prison, et mis au secret. Cette circonstance donna de grandes espérances à Rome, qui dans toute cette cause ne voyait que Béatrix. Il était avéré qu'elle avait aimé monsignor Guerra, mais n'avait jamais transgressé les règles de la vertu la plus sévère: on ne pouvait donc, en véritable justice, lui imputer les crimes d'un monstre, et on la punirait parce qu'elle avait usé du droit de se défendre! qu'eût-on fait si elle eût consenti? Fallait-il que la justice humaine vînt augmenter l'infortune d'une créature si aimable, si digne de pitié et déjà si malheureuse? Après une vie si triste qui avait accumulé sur elle tous les genres de malheurs avant qu'elle eût seize ans, n'avait-elle pas droit enfin à quelques jours moins affreux? Chacun dans Rome semblait chargé de sa défense. N'eût-elle pas été pardonnée si, la première fois que François Cenci tenta le crime, elle l'eût poignardé?
Le pape Clément VIII était doux et miséricordieux. Nous commencions à espérer qu'un peu honteux de la boutade qui lui avait fait interrompre le plaidoyer des avocats, il pardonnerait à qui avait repoussé la force par la force, non pas, à la vérité, au moment du premier crime, mais lorsqu'on tentait de le commettre de nouveau. Rome tout entière était dans l'anxiété, lorsque le pape reçut la nouvelle de la mort violente de la marquise Constance Santa Croce. Son fils Paul Santa Croce venait de tuer à coups de poignard cette dame, âgée de soixante ans, parce qu'elle ne voulait pas s'engager à le laisser héritier de tous ses biens. Le rapport ajoutait que Santa Croce avait pris la fuite, et que l'on pouvait conserver l'espoir de l'arrêter. Le pape se rappela le fratricide des Massini, commis peu de temps auparavant. Désolée de la fréquence de ces assassinats commis sur de proches parents, Sa Sainteté ne crut pas qu'il lui fût permis de pardonner. En recevant ce fatal rapport sur Santa Croce, le pape se trouvait au palais Monte Cavallo, où il était le 6 septembre, pour être plus voisin, la matinée suivante, de l'église de Sainte-Marie-des-Anges, où il devait consacrer comme évêque un cardinal allemand.
Le vendredi à 22 heures (4 heures du soir), il fit appeler Ferrante
Taverna, gouverneur de Rome, et lui dit ces propres paroles:
—Nous vous remettons l'affaire des Cenci, afin que justice soit faite par vos soins et sans nul délai.
Le gouverneur revint à son palais fort touché de l'ordre qu'il venait de recevoir; il expédia aussitôt la sentence de mort, et rassembla une congrégation pour délibérer sur le mode d'exécution.
Samedi matin, 11 septembre 1599, les premiers seigneurs de Rome, membres de la confrérie des confortatori, se rendirent aux deux prisons, à Corte Savella, où étaient Béatrix et sa belle-mère, et à Tordinona, où se trouvaient Jacques et Bernard Cenci. Pendant toute la nuit du vendredi au samedi, les seigneurs romains qui avaient su ce qui se passait ne firent autre chose que de courir du palais de Monte Cavallo à ceux des principaux cardinaux, afin d'obtenir au moins que les femmes fussent mises à mort dans l'intérieur de la prison, et non sur un infâme échafaud; et que l'on fît grâce au jeune Bernard Cenci, qui, à peine âgé de quinze ans, n'avait pu être admis à aucune confidence. Le noble cardinal Sforza s'est surtout distingué par son zèle dans le cours de cette nuit fatale, mais quoique prince si puissant, il n'a pu rien obtenir. Le crime de Santa Croce était un crime vil, commis pour l'avoir de l'argent, et le crime de Béatrix fut commis pour sauver l'honneur.
Pendant que les cardinaux les plus puissants faisaient tant de pas inutiles, Farinacci, notre grand jurisconsulte, a bien eu l'audace de pénétrer jusqu'au pape; arrivé devant Sa Sainteté, cet homme étonnant a eu l'adresse d'intéresser sa conscience, et enfin il a arraché à force d'importunités la vie de Bernard Cenci.
Lorsque le pape prononça ce grand mot, il pouvait être quatre heures du matin (du samedi 11 septembre). Toute la nuit on avait travaillé sur la place du pont Saint-Ange aux préparatifs de cette cruelle tragédie. Cependant toutes les copies nécessaires de la sentence de mort ne purent être terminées qu'à cinq heures du matin, de façon que ce ne fut qu'à six heures du matin que l'on put aller annoncer la fatale nouvelle à ces pauvres malheureux, qui dormaient tranquillement.
La jeune fille, dans les premiers moments, ne pouvait même trouver des forces pour s'habiller. Elle jetait des cris perçants et continuels, et se livrait sans retenue au plus affreux désespoir.
—Comment est-ce possible, ah! Dieu! s'écriait-elle, qu'ainsi à l'improviste je doive mourir?