Adrien VI, qui succéda à Léon X, était un Allemand rigide, un savant morose, quelque peu iconoclaste dans l'âme. Il fut bien pour quelque chose dans le tribut d'immenses regrets que le monde des arts paya à la mort de Léon X. Une seule de ses fantaisies suffit à le peindre: il eut l'idée farouche de faire gratter les peintures de la Sixtine, parce qu'il y trouvait trop de nudités, et que le plafond, plein de vivantes figures, ressemblait, selon lui, moins à la voûte d'un temple qu'à une salle de bain. Qu'on juge des sublimes fureurs de Michel-Ange. Si sa piété respectait le pontife, son juste orgueil devait avoir grand'peine à ne pas vouer aux gémonies le barbare.
D'autres soucis vinrent encore, en ce temps, l'assaillir. Les héritiers de Jules II exigeaient que le tombeau de leur glorieux oncle s'achevât, mais ils ne voulaient pas donner d'argent, prétendant que, de son vivant, le pontife avait payé bien plus de travail que n'en avait fait Michel-Ange. Ils passaient déjà des injonctions à la menace, et le grand artiste éprouvait encore plus d'indignation que de crainte; heureusement un nouveau Médicis, le cardinal Jules, allait monter à son tour sur le trône pontifical sous le nom de Clément VII. Clément VII avait hâte de posséder tout à lui le temps et le génie de Michel-Ange. Aussi se fit-il intermédiaire et arbitre entre l'artiste et le duc d'Urbin, le plus intraitable des héritiers de Jules II. Sous de tels auspices, une nouvelle convention fut arrêtée. Le projet primitif du grand tombeau fut amoindri, et, sur le plan nouveau, Michel-Ange dut l'achever dans un délai raisonnable.
Le pape, en attendant, l'envoya immédiatement à Florence pour y construire la bibliothèque de Saint-Laurent et la nouvelle sacristie de l'église du même nom. Michel-Ange se mit à l'œuvre; il acheva ce monument, qui passe pour une de ses plus belles créations architecturales, et où plus tard il devait se surpasser encore en édifiant les magnifiques tombeaux de Julien et de Laurent de Médicis.
Pour se rappeler au souvenir de Rome, pour donner satisfaction aux impatiences de Clément VII, au milieu de ses travaux d'architecture, il exécuta un Christ embrassant sa croix, l'un des plus admirables chefs-d'œuvre de son ciseau. Cet ouvrage, envoyé au pape, fut placé dans l'église de la Minerve, où l'admiration ne se lassa jamais devant lui.
Cependant le jour des grandes calamités était proche.
En 1512, avec l'aide puissante de Jules II, le gonfalonier Soderini, représentant de la forme républicaine, avait été renversé, et l'autorité des Médicis rétablie à Florence. C'était là que la tiare était allée chercher le cardinal Jean, fils de Laurent le Magnifique, pour en faire Léon X, et plus tard le cardinal Jules, fils de Julien Ier, pour en faire Clément VII.
En ce temps, en 1527, le jeune Hippolyte, fils de Julien II, et Alexandre, bâtard d'un Médicis quelconque, on ne sait trop lequel, représentaient le nom des Médicis au pouvoir. Les cardinaux Cibo et de Cortone gouvernaient pour eux Florence. Les vieux républicains supportaient impatiemment le joug; une explosion était toujours imminente; aussi, lorsque l'armée du connétable de Bourbon, avide de sang et de dépouilles, se précipita sur la ville éternelle, Florence s'arma contre ses maîtres, tout en préparant contre l'étranger sa défense. À la nouvelle de la prise de Rome, les deux vieux cardinaux et les jeunes Médicis fuyaient en hâte; le gouvernement républicain se réorganisait presque sans lutte, et le peuple exalté offrait le serment de la mort à la liberté reconquise.
Michel-Ange ne pouvait pas soustraire son grand cœur à la contagion du patriotique enthousiasme. Lorsque Clément VII, plus oublieux de son affront que de sa haine, s'empressa de détourner sur Florence l'avalanche de barbarie qui s'était abattue sur Rome, l'architecte des monuments superbes, transformé en stratégiste, et nommé commissaire général des fortifications, avait déjà fourni au génie militaire des plans de défense, restauré les remparts, entouré San Miniato de travaux de guerre, habilement garanti tous les points d'attaque les plus exposés.
Ses travaux furent cependant critiqués; on lui refusa les moyens de les poursuivre en insinuant qu'il s'exagérait le danger. Les chroniqueurs remarquent ici que le plus vif de ses agresseurs dans la querelle expia cruellement cette injustice passionnée. Au retour des Médicis, celui-là fut le premier dont on trancha la tête.
Quoi qu'il en fût, Michel-Ange qui sentait venir la trahison et qui avait osé le dire; Michel-Ange, indigné qu'on l'accusât de pusillanimité parce qu'il voyait clair dans les hommes et regardait résolument dans les choses, sortit une nuit par une des portes que son titre lui pouvait faire ouvrir, et fut cacher à Venise son ressentiment et sa douleur. Mais quand le danger fut devenu visible, même pour les moins clairvoyants, la Seigneurie commença à regretter son ingénieur. Tout le monde comprit et approuva les projets qu'on avait honnis d'abord, et plusieurs envoyés durent aller, de la part du gouvernement, faire amende honorable auprès du boudeur sublime. Il résista longtemps. Il répondit, avec une humilité superbe, qu'il y avait sans doute au pouvoir des hommes bien plus capables que lui de décider toutes ces grandes questions sur lesquelles son avis n'avait pu prévaloir; mais lorsque, cessant de lui parler au nom de tel ou tel magistrat, au nom d'un conseil ou d'un homme, on lui dit que c'était la patrie qui avait besoin de lui, la patrie qui réclamait son génie, il pensa sans doute que la patrie ne doit pas supplier, qu'elle veut être obéie des plus tiers, qu'elle peut commander aux plus grands: il revint à Florence.