Mystères, sotties, moralités, tous ces amusements, où se délectaient la foi grossière et la malice naïve de nos aïeux, allaient être oubliés: le moine de Wittemberg avait jeté dans le monde le démon de l'examen; l'Europe féodale était remuée jusque dans ses entrailles; Paris allait sortir de son repos et se lancer de nouveau dans les révolutions avec ses passions, ses vertus, ses fureurs. La ville de sainte Geneviève et de saint Louis, la ville de la Sorbonne et de l'Université, la ville aux mille cloches, aux quatre-vingts églises, aux soixante couvents, était fondamentalement catholique: institutions municipales, corporations de métiers, cérémonies populaires, existence publique, foyer domestique, tout était imprégné de catholicisme; le catholicisme était l'âme de la cité, la source de toutes les jouissances, le bonheur, la gloire, la vie entière du peuple. Aussi, quand les Parisiens virent les calvinistes attaquer tout ce qu'ils aimaient, se railler de tout ce qu'ils vénéraient, insulter leurs pompeuses fêtes, détruire églises, croix, tombeaux, statues, ils les regardèrent comme des infidèles, des Sarrasins, des sauvages, ils ne songèrent qu'à les exterminer. Ils applaudirent aux arrêts barbares du Parlement, de la chambre ardente, de l'inquisition, aux bûchers allumés par François Ier et Henri II aux halles, à la Grève, sur toutes les places, aux supplices d'Étienne Dolet, le savant imprimeur, de Louis de Berquin, l'intrépide gentilhomme, d'Anne Dubourg, le vertueux magistrat; ils virent avec indignation, sous Catherine de Médicis, le gouvernement faire des édits en faveur des rebelles, et ils se préparèrent dès lors à sauver la foi malgré la royauté. La tranquillité de la capitale, depuis plus d'un siècle, n'avait abusé personne sur son naturel tumultueux; chacun savait le goût des Parisiens pour les émeutes: «A ce ils sont tant faciles, disait Rabelais, que les nations estranges s'ébahissent de la patience des rois de France, lesquels autrement par bonne justice ne les refrènent, vu les inconvénients qui en sortent de jour en jour.»
Paris avait alors une population de trois cent mille habitants, dans laquelle on comptait à peine sept à huit mille huguenots, presque tous de la noblesse et de la haute bourgeoisie: «C'était, dit Lanoue, une mouche contre un éléphant.» Mais ceux-ci n'en étaient pas moins pleins d'orgueil et de confiance dans leur cause, pleins de mépris pour cette masse de catholiques qu'ils appelaient «pauvres idiots populaires;» ils croyaient dominer la grande ville par la supériorité de leur bravoure et de leurs lumières, et ils comptaient pour cela sur l'appui des provinces, où la nouvelle religion avait de nombreux sectateurs. Les provinces n'étaient pas alors soumises à l'ascendant de la capitale; elles ne recevaient pas d'elle leur histoire et leurs révolutions toutes faites; elles n'étaient pas réduites à cette existence glacée et subalterne que la centralisation leur a donnée: aussi étaient-elles jalouses de la puissance toujours croissante et envahissante de Paris; elles ne cédaient que malgré elles à son impulsion; elles se montraient même pleines de préjugés sur ses habitants, dont elles raillaient les défauts avec amertume, envie et colère. «Le peuple parisien, dit Rabelais (né en Touraine, moine en Poitou, médecin à Montpellier), est tant sot, tant badault, et tant inepte de nature, qu'un basteleur, un porteur de rogatons, un mulet avec ses cymbales, un vieilleux au milieu d'un carrefour, assemblera plus de gens que ne feroit un bon prescheur évangélique[22].» Et néanmoins ce fut pendant les guerres de religion, guerres de la noblesse contre la royauté, des provinces contre la capitale, que Paris, en sauvant l'unité monarchique et nationale, commença à exercer une influence prépondérante sur tout le royaume.
La guerre civile commença: dès l'entrée, les Parisiens prirent les armes, chassèrent les huguenots de leurs murs, mirent à leur tête le duc de Guise, «comme défenseur de la foi.» Trois fois les protestants furent vaincus, trois fois ils obtinrent de la couronne des pacifications avantageuses: à la dernière, la cour sembla complétement avoir répudié la cause catholique et s'être décidée à livrer l'État aux protestants. L'irritation de la grande ville fut extrême quand elle se vit traversée par ces gentilshommes du Midi, ces ministres au visage sombre et austère, tous ces méchants huguenots qui avaient, depuis dix ans, tant tué de moines et pillé d'églises: elle se crut envahie par des étrangers; elle se crut trahie par le roi; elle résolut de tout exterminer. Halles, métiers, confréries, se mirent en mouvement: la cour, débordée par la fureur populaire, se hâta de prendre l'initiative du massacre. Quel spectacle présenta Paris dans cette nuit de la Saint-Barthélémy (24 août 1572)! Les chaînes tendues, les portes fermées, les compagnies bourgeoises en armes, des canons dans l'Hôtel-de-Ville, le tocsin sonnant à toutes les églises, des bandes de meurtriers parcourant les rues, enfonçant les portes, égorgeant les protestants! «Le bruit continuel des arquebuses et des pistolets, dit un témoin, les cris lamentables de ceux qu'on massacrait, les hurlements des meurtriers, les corps détranchés tombant des fenêtres ou traînés, à la rivière, le pillage de plus de six cents maisons, faisaient ressembler Paris à une ville prise d'assaut. Les rues regorgeaient tellement de sang qu'il s'en formait des torrents surtout dans la cour et le voisinage du Louvre. La rivière était toute rouge et couverte de cadavres...» C'est de la tour de Saint-Germain-l'Auxerrois que partit le signal du massacre. L'amiral de Coligny fut tué dans la maison n. 14 de la rue des Fossés-Saint-Germain, alors appelée rue Béthisy; Ramus, dans le collége de Presles, où il demeurait; Jean Goujon, sur l'échafaud où il sculptait les bas-reliefs du vieux Louvre. On dit que le roi tira des coups d'arquebuse, à travers la rivière, sur les huguenots qui se sauvaient dans le faubourg Saint-Germain. Le lendemain, il alla voir le cadavre de Coligny, qu'on avait pendu à Montfaucon, et à la Grève le supplice de deux seigneurs protestants échappés au massacre.
Malgré la Saint-Barthélémy, le parti huguenot ne fut pas abattu. La royauté recommença sous Henri III sa politique vacillante et tomba, par ses vices, dans le plus profond mépris; Paris reprit ses défiances et ses haines; la sainte Ligue naquit! Elle naquit, dit-on, dans une assemblée de bourgeois, de docteurs, de moines, qui se tint au collége Fortet, rue des Sept-Voies, n. 27; et, de cette maison obscure, elle enlaça toute la France. Alors se forma à Paris le conseil secret des Seize, qui devait propager la Ligue dans les seize quartiers de la ville, et qui finit par dominer les métiers, les confréries, les milices, même la municipalité. La capitale prit cet aspect animé, inquiet, menaçant, tumultueux, qui est le présage des révolutions. D'un côté étaient les fêtes luxurieuses de la cour, les meurtres et les adultères du Louvre, les duels des mignons du roi contre les mignons du duc de Guise, les mascarades, les pénitences, les orgies, les processions, «les lascivetés et vilenies» de Henri III; d'un autre côté étaient les conciliabules des Seize, des échevins, des quarteniers, les serments, les projets, les amas d'armes au fond des sacristies ou des boutiques, enfin et surtout les prédications furibondes des curés et des moines. Henri veut arrêter cette licence de la chaire par laquelle, chaque jour et sans relâche, il était déchiré, calomnié, voué à l'exécration populaire; son Parlement menace du bannissement, même de mort, les prédicateurs séditieux, et il ordonne de saisir les deux plus hardis, les curés de Saint-Benoît et de Saint-Séverin; mais c'était s'attaquer à la plus précieuse des libertés populaires, à celle qui tenait lieu de la liberté d'écrire, à une époque où les livres étaient si rares, où si peu de gens savaient lire. Les Parisiens, dans aucun temps, n'avaient souffert l'oppression sans protester contre elle, et c'était ordinairement la chaire qui exprimait l'opinion publique; c'était par les sermons que le peuple conservait la notion de ses droits et pouvait dire la vérité aux grands: aussi portait-il aux prédicateurs une affection enthousiaste, et il gardait la mémoire de ceux qui avaient bravé la tyrannie pour le défendre, de frère Legrand sous Charles VI, de frère Richard sous la domination anglaise, de frère Fradin sous Louis XI. L'entreprise de Henri III fit donc soulever tout le quartier de l'Université: Aux armes! criait-on, on enlève nos prédicateurs! Et l'émeute gagnant les autres parties de la ville, le roi fut contraint de relâcher les deux curés.
Cependant une grande conspiration avait été faite pour mettre le gouvernement entre les mains de la Ligue. Le roi en prend alarme et fait venir des troupes dans les faubourgs. Les Seize appellent le duc de Guise: il arrive. Quelle fête que son entrée dans Paris! on baisait ses habits, on le couvrait de fleurs, on faisait toucher des chapelets à ses vêtements. Il va visiter la reine Catherine en son hôtel d'Orléans; puis il ose braver le roi dans son Louvre, ce Louvre fatal à tant de seigneurs rebelles! enfin il se retire dans sa maison, l'ancien hôtel de Clisson. Le lendemain, les troupes royales, gardes suisses et gardes françaises, entrent dans la ville par la porte Saint-Honoré, occupent les places et les ponts, menacent et raillent les Parisiens, disant «qu'aujourd'hui le roi serait le maître et qu'il n'était femme ou fille de bourgeois qui ne passât par la discrétion d'un Suisse.» Le peuple se soulève; alors la grande ville prit cette figure qu'on lui a vue tant de fois, qui tant de fois a fait trembler le trône: l'œil en feu, les bras nus, échevelée, déguenillée, pâle de fureur, s'armant de tout, remuant les pavés, élevant des barricades, sonnant le tocsin, s'enivrant de ses cris, de l'odeur de la poudre, du bruit du combat, et plus encore de la passion qui la transporte, que cette passion soit la foi, la gloire ou la liberté! La révolte éclata à la place Maubert, dirigée par les prédicateurs et les écoliers; elle descendit par les ponts, s'empara de l'Arsenal, du Châtelet et de l'Hôtel-de-Ville, et vint planter sa dernière barricade devant le Louvre. De toutes ces rues fangeuses, de toutes ces profondes maisons, de toutes ces boutiques obscures, de toutes ces églises, chapelles et couvents, sortaient des hallebardes, des arquebuses, des bourgeois, des artisans, des clameurs, des prières, des moines, des enfants; de toutes les fenêtres pleuvaient balles, pierres, exhortations, imprécations. Les Suisses, poussés, battus, égorgés surtout au Marché-Neuf, demandèrent grâce, se laissèrent prendre ou s'enfuirent. Le lendemain, les Parisiens, enivrés de leur victoire, avaient résolu d'aller «quérir frère Henri de Valois dans son Louvre;» mais celui-ci, épouvanté, en sortit comme pour aller aux Tuileries, qu'on commençait à bâtir; arrivé à la porte Neuve (située près de la tour du Bois, entre les ponts des Tuileries et du Carrousel), il monta à cheval et se sauva. Les bourgeois, qui gardaient la porte de Nesle, de l'autre côté de la rivière, tirèrent à lui et à son escorte des coups d'arquebuse: «Il se retourna vers la ville, dit le bonhomme l'Estoile, jeta contre son ingratitude, perfidie et lâcheté, quelques propos d'indignation, et jura de n'y rentrer que par la brèche.»
La capitale se trouva dès lors affranchie de l'autorité royale; et sous un gouvernement municipal tout démocratique, avec un prévôt des marchands qui descendait, dit-on, d'Étienne Marcel, avec des échevins, des quarteniers, des colonels de métiers tout dévoués à la Ligue, elle devint, pendant six ans, le centre de la république catholique. Aussi montra-t-elle pour la défense de sa foi une exaltation qui touchait à la fois à l'héroïsme et à la folie. La nouvelle de la mort des Guises, assassinés à Blois, lui arriva pendant les fêtes de Noël, à l'heure où le peuple encombrait les églises: l'explosion de sa douleur fut presque incroyable. Famille, affaires privées, intérêts mondains, tout fut oublié; plus de commerce, plus de plaisirs; on faisait des jeûnes, des deuils, des cérémonies funèbres en l'honneur des martyrs; on vivait dans les rues, dans les églises, dans l'Hôtel-de-Ville; on ne s'occupait que d'apprêts de guerre, de prédications et de processions. «Le peuple étoit si enragé, dit un contemporain, qu'il se levoit souvent de nuit et faisoit lever les curés et prêtres des paroisses pour le mener en procession. Les bouchers, les tailleurs, les bateliers, les cousteliers et autres menues gens avoient la première voix aux conseils et assemblées d'État et donnoient la loy à tous ceux qui, auparavant, estoient grands de race, de biens et de qualité, qui n'osoient tousser ni grommeler devant eux.»
Les Seize entrèrent dans le conseil municipal; la Sorbonne déclara le roi déchu du trône; le peuple abattit ses armoiries, fit disparaître partout les insignes de la royauté, détruisit les mausolées magnifiques que Henri avait fait élever par Germain Pilon dans l'église Saint-Paul à trois de ses mignons. Le Parlement, les Cours des comptes et des aides, furent purgés de leurs membres royalistes, que l'on mena du Palais à la Bastille, au milieu des huées de la populace en armes. Trois cents bourgeois royalistes furent emprisonnés comme otages, et les autres durent chaque jour donner deux mille hommes pour la défense des remparts. Enfin, un gouvernement provisoire, sous le nom de conseil de l'Union, fut créé pour toute la France: il siégea à Paris, fut principalement composé d'hommes du peuple et eut pour chef le duc de Mayenne. Celui-ci vint habiter l'hôtel du Petit-Musc, ancienne maison de l'hôtel Saint-Paul, qui prit alors le nom de son nouveau maître.
Henri III s'unit aux protestants et vint assiéger Paris. «Ce serait grand dommage, disait-il des hauteurs de Saint-Cloud, où il avait placé son quartier, ce serait grand dommage de ruiner une si belle ville; toutefois, il faut que j'aie raison des rebelles qui sont dedans. C'est le cœur de la Ligue; c'est au cœur qu'il faut la frapper.--Paris, disait-il encore, chef du royaume, mais chef trop gros et trop capricieux, tu as besoin d'une saignée pour te guérir, ainsi que toute la France, de la frénésie que tu lui communiques. Encore quelques jours, et l'on ne verra ni tes maisons ni tes murailles, mais seulement la place où tu auras été!» Les Parisiens répondirent à ces menaces par un coup de poignard: un dominicain, Jacques Clément, assassina Henri III. Quelles acclamations furibondes accueillirent la mort du tyran! que de feux de joie, de Te Deum, de caricatures grossières, de danses sauvages, de chansons sanglantes! Toute la ville se porta à l'hôtel de la duchesse de Montpensier, rue du Petit-Bourbon, pour y bénir une malheureuse paysanne, mère du meurtrier!