Après la sédition de 1306, Paris resta pendant quelque temps soumis et paisible; mais quand il vit la dynastie des Valois exposer le salut du royaume dans les honteuses journées de Crécy et de Poitiers, il se sentit appelé à suppléer le gouvernement, à se charger des fonctions de la royauté et de la noblesse, à prendre en main les destinées de la France. Son génie révolutionnaire allait pour la première fois se manifester.
La ville commença par se transformer en une vaste forteresse, aussi apte à se défendre contre les mauvais desseins des ennemis de la bourgeoisie que contre les attaques des étrangers. Pour cela, on scella, à l'entrée de chaque rue, une grosse chaîne de fer qui, tous les soirs et au moindre signal de danger, était tendue et bouclait chacun des trois cents défilés étroits, profonds dont se composait la ville, lesquels se croisaient, se tordaient, s'entortillaient les uns dans les autres et étaient hérissés de tourelles, de portes et d'autres défenses. A l'approche de l'ennemi, on renforçait cette chaîne avec des poutres, des pierres, des tonneaux, et la barricade devenait imprenable, surtout pour les barons, avec leurs grands chevaux et leurs lourdes armures. De plus, on reconstruisit la muraille extérieure en l'appuyant de fortes tours; on l'enveloppa de larges fossés; on la garnit de sept cent cinquante guérites et même de canons. Enfin, l'enceinte septentrionale fut agrandie (1356): elle partit alors de la tour de Billy (près de l'Arsenal), et alla jusqu'à la tour du Bois (près du Louvres, entre les ponts des Tuileries et du Carrousel), en passant non loin de la ligne actuelle des boulevards, depuis la Bastille jusqu'à la porte Saint-Denis, et de là en suivant l'emplacement des rues Bourbon-Villeneuve, Neuve-Saint-Eustache, Fossés-Montmartre, de la place des Victoires, de l'hôtel de la Banque, du jardin du Palais-Royal, des anciennes rues du Rempart, Saint-Nicaise, etc. Tout cela fut fait en quatre ans, coûta 182,500 livres tournois ou 742,000 francs de notre monnaie, et fut l'œuvre du prévôt des marchands, Étienne Marcel, homme aussi énergique qu'éclairé dont on a fait tantôt un défenseur des libertés populaires, tantôt un traître ou un factieux. «Ce fut grand fait, dit Froissard, que environner de toute défense une telle cité comme Paris, et vous dis que ce fust le plus grand bien qu'oncques prévost des marchands fist.»
Grâce à l'attitude énergique de Paris, les États généraux, que dirigeaient Marcel et ses amis, firent la loi au gouvernement et imposèrent au dauphin Charles, régent du royaume pendant la captivité du roi Jean, des conditions qui avaient pour but immédiat le renvoi de ministres impopulaires, mais qui, dans l'avenir, auraient changé la face de l'État. Toutes leurs résolutions étaient appuyées de la présence des bourgeois, qui, au signal du prévôt, suspendaient les métiers, fermaient les boutiques et prenaient les armes. On vit alors les princes s'abaisser devant le peuple et mendier sa faveur par des discours à la multitude assemblée. Le régent allait haranguer à la place de Grève, sur les degrés de la grande croix élevée au bord de l'eau, ou bien sous les piliers des halles, ou bien au Pré-aux-Clercs; le roi de Navarre, Charles le Mauvais, lui répondait, et le populaire, qui s'amusait de ces joutes d'éloquence, huait ou applaudissait les comédiens qui devaient lui faire payer le spectacle. Paris était devenu une sorte de république, dont la municipalité gouvernait les États et la France. Le parloir aux bourgeois avait été transféré dans une maison de la place de Grève, dite Maison aux Piliers, dont la grande salle, ornée de belles peintures, fut, pendant deux siècles, le théâtre d'événements de tous genres. Les amis de la liberté s'étaient donné pour insigne un chaperon mi-parti bleu et rouge, couleurs de la ville, qui restèrent dans l'obscurité jusqu'en 1789, avec une agrafe d'argent et la devise: A bonne fin!
Le prévôt, lassé de l'opposition du dauphin et de ses courtisans, fit armer les compagnies bourgeoises, les rassembla sur la place Saint-Éloi, les conduisit au Palais, entra dans la chambre du prince et le somma une dernière fois «de mettre fin aux troubles et de donner défense au royaume.» Sur son refus, deux de ses ministres favoris, les maréchaux de Champagne et de Normandie, furent massacrés et leurs corps jetés dans la cour, aux applaudissements de la foule. Le dauphin tomba aux genoux de Marcel, lui demandant la vie. Le terrible tribun lui donna son chaperon pour sauvegarde, le traîna à la fenêtre et, lui montrant les cadavres: «De par le peuple, dit-il, je vous requiers de ratifier la mort de ces traîtres, car c'est par la volonté du peuple que tout ceci s'est fait.» Alors Marcel fut le maître de Paris et sembla l'être aussi de toute la France: il s'empara du Louvre et prit à sa solde des compagnies de Navarrais, Brabançons et autres étrangers.
Mais le mouvement de Paris ne s'était pas communiqué aux autres villes jalouses de la domination de la capitale; les États commencèrent à résister au prévôt; les bourgeois s'inquiétèrent de ses projets; le dauphin s'enfuit, rassembla une armée, ravagea les environs de Paris et offrit une amnistie, à la condition que Marcel lui serait livré «pour en faire sa volonté.» Alors la discorde se mit dans la ville, et une partie des habitants travailla ouvertement à la restauration du pouvoir royal. Le prévôt, abandonné de tous, résolut de se jeter aux bras du roi de Navarre; mais les bourgeois royalistes furent avertis de ce projet, et au moment où il allait livrer aux soldats navarrais la porte Saint-Antoine, ils tombèrent sur lui et le tuèrent avec soixante de ses compagnons. Trois jours après, le dauphin entra dans la ville, et alors les exécutions commencèrent. La plupart des magistrats, des amis de Marcel périrent sur l'échafaud; d'autres furent proscrits ou s'exilèrent; tous, même les plus obscurs, eurent à souffrir dans leurs personnes ou dans leurs biens.
Quelque temps après, le dauphin, devenu roi sous le nom de Charles V, fit élever un édifice triomphal à la place même où Marcel avait été tué: ce fut la Bastille Saint-Antoine, premier monument de défiance de la couronne envers la capitale, prison d'État qui est restée pendant des siècles le symbole du despotisme et qui fut détruite le jour même où les couleurs de Paris, les couleurs d'Étienne Marcel, redevinrent victorieuses de la royauté. Mais pour tenir en bride les Parisiens, cette forteresse ne suffisait pas: on en trouva une deuxième à l'autre extrémité de la ville, dans le Louvre, qui fut agrandi, garni de nouvelles tours et compris dans Paris. Avec ces deux solides retraits, ou ces deux forts détachés, qui dominaient l'entrée et la sortie de la Seine, la couronne pouvait être tranquille: aussi, elle mit dans le Louvre son trésor, ses archives, sa librairie, grosse alors de neuf cents volumes; et, près de la Bastille, elle se bâtit une habitation selon ses goûts.
Le séjour royal avait été profané et ensanglanté par l'invasion de la multitude; Charles V ne voulut plus habiter le Palais, qui se trouvait étouffé par la foule des maisons populaires, et où la royauté se trouvait comme emprisonnée par tous ces pignons bourgeois qui regardaient dans sa demeure. Il se fit, hors des quartiers populeux, dans le nouveau Paris, près de la campagne, un séjour aussi vaste que sûr et pittoresque: ce fut l'hôtel Saint-Paul; assemblage sans ordre, mais non sans agrément, de maisons, de cours, de jardins, qui occupait l'espace compris entre les rues Saint-Antoine, Saint-Paul, le quai des Célestins et le fossé de la Bastille [19].
De ce beau séjour, qu'on appelait «l'hostel solemnel des grands esbattements,» Charles remit dans Paris l'ordre et une bonne police: il fit construire des égouts, des quais, le petit Châtelet, employa à ces travaux les vagabonds et les mendiants, fit des ordonnances rigoureuses contre les lieux de débauche, d'où sortaient la plupart des malfaiteurs, enfin réprima la licence des écoliers. Tout cela fut principalement exécuté par la vigilance de Hugues Aubriot, prévôt de Paris, homme intelligent et énergique, mais trop adonné aux plaisirs, qui, après la mort de Charles V, paya chèrement sa sévérité à l'endroit des clercs de l'Université et son indulgence pour les belles juives: accusé d'hérésie, il fut condamné à être enfermé toute sa vie dans la prison de l'évêché «avec pain de douleur et eau d'angoisse.»
Sous le règne de Charles V furent fondés quatre colléges et l'hôpital du Saint-Esprit.