Cependant les six années expirées de ces deux triennaux, il fallut penser nécessairement à une nouvelle élection. Le révérend père Gibieuf, connoissant l'utilité de la conduite de cette digne prieure, ne la pressa pas, il la différa neuf mois par des raisons qui ne nous sont pas parvenues; il y procéda enfin, et les suffrages de la communauté se réunirent sur la mère Marie de la Passion (Mlle du Thil). La mère Madeleine de Jésus; car c'est, selon les apparences, dans cette conjoncture qu'elle prit ce dernier nom, pour la distinguer de sa respectable amie la mère Marie de Jésus, la mère Marie Madeleine, dis-je, au comble de ses vœux de se trouver dans son centre, qui étoit la solitude, crut pouvoir se livrer tout entière à son attrait pour la prière et le silence; mais la nouvelle élue avoit trop de discernement pour ne pas faire usage des lumières de celle dont elle prenoit la place et ne s'en pas prévaloir; aussi remarqua-t-on qu'elle se fit une espèce de loi de se conformer en tout à sa conduite, comme elle-même avoit pris pour modèle les deux respectables mères qui l'avoient précédée.
Sous ce gouvernement, le monastère fit une perte réelle en la personne de Marie de Médicis. Le malheureux exil de cette princesse n'avoit point ralenti la tendre affection dont elle avoit toujours honoré cette maison, et surtout la mère Marie Madeleine, son ancienne dame d'honneur. Dès sa jeunesse, comme il a été dit, elle lui avoit donné les plus précieuses marques de sa bonté royale, et depuis sa consécration à Dieu elle ne cessa jamais de lui en donner de son estime. Même après sa mort, elle combla ce monastère de ses faveurs, lui léguant par son testament toutes les saintes reliques qu'elle avoit laissées dans la maison du Luxembourg. La mère Marie Madeleine, née reconnoissante, n'oublia pas ce qu'elle devoit à son illustre bienfaitrice dans ce fatal événement, et ne négligea ni prières ni pénitences pour assurer son bonheur éternel.
Les trois années écoulées du triennal de la mère Marie de la Passion, la communauté remit à sa tête celle dont le gouvernement lui avoit attiré tant de bénédictions, le 25 mars 1645. Si elle retrouva dans elle ce qu'elle y avoit admiré pendant les six ans de sa première administration, la sainte prieure, de son côté, n'eut qu'à louer Dieu du progrès de ses saintes filles dans le chemin de la perfection. Elle travailla avec un nouveau zèle à les y faire avancer de plus en plus; ses avis particuliers et les touchantes exhortations de ses chapitres étoient autant de flèches ardentes qui enflammoient leurs cœurs. A l'exemple du grand apôtre, se regardant redevable à toutes, elle assembloit quelquefois le noviciat et les sœurs du voile blanc pour les instruire de leurs obligations, insistant surtout sur les vertus d'humilité et de charité comme les plus propres à les rendre dignes épouses de Jésus-Christ.
Tandis que la mère Marie Madeleine de Jésus recueilloit dans la plus douce paix le fruit de ses constants travaux, la guerre civile allumée dans la France l'obligea de quitter son monastère pour éviter les périls où il étoit exposé; elle partagea sa nombreuse communauté en deux bandes, une partie se réfugia aux Carmélites de Pontoise, et cette révérende mère, avec l'autre et deux novices (Mlles d'Épernon et Du Vigean), à celle de la rue Chapon. L'on peut voir le détail de ce triste événement au tome Ier de nos fondations.
Après deux mois de séparation, le fort des troubles de Paris étant apaisé, le chef et les membres se réunirent avec une consolation égale à la douleur qui les avoit séparés; mais le plaisir de se revoir ne tarda pas à se changer en nouveau deuil. Cette respectable mère fut atteinte d'une dangereuse maladie qui jeta l'effroi dans tous les cœurs; les médecins appelés furent si surpris des étranges accidents qu'ils y remarquèrent, qu'ils ne savoient à quoi en attribuer la cause, et la malade elle-même parut persuadée que l'enfer en étoit l'auteur. Outre une fièvre ardente accompagnée de plusieurs redoublements le jour et la nuit, elle se trouva encore attaquée d'une inflammation d'entrailles. Sa tête, dans un état terrible, ne pouvoit souffrir aucun appui, en sorte qu'elle étoit forcée de se tenir simplement assise dans son lit ou sur une chaise. A cela se joignit un assoupissement que tous ses efforts ne pouvoient vaincre, et dont elle ne sortoit qu'avec des convulsions et une agitation si extraordinaire, que le médecin de la Reine, M. Vautier, qui la traitoit, disoit n'avoir jamais rien vu de semblable. Ces tourments extérieurs n'étoient cependant rien à comparer aux angoisses de son âme: son esprit étoit offusqué par les plus épaisses ténèbres, et son cœur crucifié par les plus sensibles peines. Cet état violent dura trois semaines, et dans tout ce temps la malade, ne pouvant prendre que du bouillon entre le jour et la nuit, tomba dans une foiblesse extrême. Le courage incomparable dont Dieu l'avoit douée ne l'abandonna pas dans cette extrémité. Voyant la consternation de la vénérable mère Marie de Jésus et de toute la communauté, elle demanda à recevoir Notre-Seigneur; mais elle voulut que ce fût à jeun et sans la cérémonie du Saint-Viatique, crainte d'augmenter la douleur générale; et, pour ne pas se priver de la grâce qui y est attachée, elle pria M. l'abbé Le Camus, lorsqu'il la communieroit, d'en dire tout bas les paroles; il l'exécuta si exactement que nulle autre qu'elle ne les entendit. Nourrie du pain des forts, cette sainte malade demanda d'être transportée dans une autre chambre; et lorsqu'elle y fut elle parla pendant quatre heures à ses sœurs, en général et en particulier, leur recommandant la conservation de la régularité après sa mort, et les priant par leurs attentions et leurs respects envers la vénérable mère Marie de Jésus de prendre sa place auprès d'elle. Dès qu'elle eut fini de parler, elle tomba dans son premier état. Les excessives douleurs que lui causoient les vésicatoires appliqués aux jambes pour empêcher le transport au cerveau, n'arrachèrent pas une seule plainte de sa bouche, quoiqu'elles fussent si cruelles, qu'elle ne cessoit de demander à Dieu la patience. Cependant leur excès ne diminuant rien de la soif dont elle étoit dévorée pour la souffrance, ne lui permit pas de consentir qu'ils fussent levés un moment plus tôt que le médecin ne l'avoit prescrit. Les prières qu'elle offroit à Dieu dans cette espèce de martyre étoient si tendres et si touchantes, qu'en l'entendant on croyoit ressentir en soi les mêmes douleurs. Toutes celles qui l'approchoient étoient dans une continuelle admiration de sa patience, de sa douceur, de son humilité et de la reconnoissance qu'elle témoignoit des plus petits services qui lui étoient rendus; en sorte qu'on tenoit à grâce de pouvoir la servir en quelque chose. Mais ce qui tenoit toutes les sœurs dans une espèce de ravissement, étoit que dans ce douloureux état, dès qu'il se présentoit une occasion de parler pour la gloire de Dieu ou l'utilité des âmes, elle le faisoit avec tant de lumière, d'onction et de force, qu'il sembloit que tous ses maux étoient suspendus par l'impétuosité de l'Esprit-Saint qui résidoit en elle. A peine avoit-elle achevé de parler qu'elle retomboit aussitôt dans ses premiers accidents. Enfin celui qui la réservoit pour d'autres genres de travaux, daigna la rendre aux vœux de ses filles, lui laissant cependant la plus amère portion du calice par les peines intérieures dont elle continua d'être exercée pendant plusieurs années. Parlant un jour en confiance de ce pénible état à quelques-unes de ses sœurs, elle avouoit que depuis cette maladie son esprit étoit tellement offusqué de ténèbres et d'angoisses qu'elle ne se connoissoit plus elle-même, et qu'elle ne doutoit point que les étranges tourments qu'elle avoit éprouvés ne fussent un effet de la rage de l'enfer qui se vengeoit des deux conquêtes qu'elle avoit enlevées au monde, aidant de ses conseils Mlles d'Épernon et Du Vigean pour répondre à la grâce de leur vocation.
Cette respectable mère avoit en effet donné l'entrée de ce monastère à ces deux généreuses victimes, et reçu leurs vœux entre ses mains, ainsi que ceux de treize autres novices dans les quatre années qu'elle fut en charge; car l'état de danger où l'avoient réduit tant de maux compliqués obligea la communauté, pour se conserver une tête si chère, de supplier le supérieur de lui donner trois ans de repos; en conséquence, la mère Agnès de Jésus-Maria, alors sous prieure, fut élue le 12 octobre 1649.
Au milieu de l'année suivante l'ordre fit une des plus grandes pertes qu'il pût faire en la personne du révérend père Gibieuf, l'un des plus dignes supérieurs. La mère Marie Madeleine, qui connoissoit plus que toute autre l'étendue de ses lumières et l'éminence de sa grâce, ressentit le coup d'autant plus vivement, qu'elle en prévit dès lors les suites affligeantes; mais toujours supérieure aux événements par sa parfaite soumission aux ordres de Dieu, elle oublia pour ainsi dire sa douleur pour éterniser en quelque sorte la mémoire de celui qui en étoit l'objet. Elle fit les plus exactes recherches de ses écrits, de ses lettres, et fit faire une planche pour tirer son portrait. C'étoit à sa prière qu'il avoit composé, pour les Carmélites, le livre de la Vie parfaite, et dans le dessein de les prémunir contre les fausses spiritualités que l'on travailloit dans le temps à inspirer aux personnes de piété.
Si cette perte fut si sensible à la mère Marie Madeleine, quelle plaie dut faire à son cœur celle de la vénérable mère Marie de Jésus (Mme de Bréauté)! Pleine de jours et de mérites, le ciel la ravit à la terre le 29 novembre 1652. Elle restoit seule de ces âmes éminentes que Dieu avoit choisies pour être le fondement de notre saint ordre en France, et il sembloit que son exil n'y fût prolongé que pour en affermir l'esprit primitif par ses exemples. La mère Marie Madeleine avoit été reçue par cette vénérable mère et formée par elle aux vertus religieuses; elle en reçut toujours les marques les plus constantes de tendresse, d'estime et de confiance. Se voyant au moment de sa délivrance et prête à se séparer de cette âme chérie, elle lui en donna encore de plus touchantes; car se trouvant seule un jour avec elle, quelque temps avant son bienheureux trépas, elle lui dit, avec un visage plein de douceur et d'amitié: «Ma mère, soyez persuadée que si Dieu me fait miséricorde, je vous assisterai devant lui selon que l'exigent de moi les qualités de mère, de fille, de sœur et d'intime amie, afin qu'en tout ce que vous ferez, vous agissiez dans une liaison particulière avec Dieu, ne vous regardant sur la terre que comme l'instrument dont il veut se servir pour être le soutien de son œuvre. O ma mère, que j'ai eu aujourd'hui une grande joie en pensant ce que nous sommes l'une à l'autre! je ressentois vivement la peine qu'alloit vous causer notre séparation; mais j'ai vu cette belle volonté de Dieu qui fait tout sûrement: j'espère qu'elle vous consolera. Un autre sujet de ma joie, c'est que notre union ne finira pas par ma mort et qu'elle sera stable pour l'éternité, c'est Dieu qui l'a faite; je l'emporte, elle ne s'évanouira pas. Oh! que c'est une grande chose que cette volonté de Dieu, elle conserve elle-même tout ce qui vient d'elle!» Il est aisé de juger des impressions que dut faire sur le cœur de la mère Marie Madeleine un adieu si saint et si tendre; mais la grandeur de sa foi lui faisant envisager le bonheur d'une mère à qui elle avoit été si saintement unie, lui en fit soutenir la séparation avec un courage et une fermeté qui parurent l'effet des promesses que lui avoit faites la sainte défunte. A quoi ne contribua pas peu la connoissance que Dieu lui donna de la gloire dont jouissoit sa respectable et sainte amie, dont elle voulut éterniser la mémoire dans l'Ordre en priant la mère prieure d'ordonner aux sœurs de faire des mémoires de tout ce dont elles pourroient se souvenir lui avoir vu faire ou dire d'édifiant ou d'utile, afin d'en composer sa vie et se régler dans la suite sur ses exemples et ses maximes. Ce qui fut exécuté avec beaucoup d'exactitude et de zèle; on en peut voir le recueil dans plusieurs manuscrits gardés dans ce monastère.
L'année suivante, 1653, la mère Marie Madeleine entra en charge par l'élection qu'en fit de nouveau la communauté. On ne peut mieux rendre ses sentiments dans cette circonstance que par l'extrait de la lettre qu'elle écrivit dans cette occasion à une prieure de l'ordre: «Vous savez, ma mère, lui dit-elle, que, contre toute apparence, mes sœurs m'ont de nouveau engagée dans la charge; je ne puis l'attribuer qu'au bonheur de notre chère mère Agnès, et à ma très-grande confusion devant la divine Majesté qui a exaucé ses désirs de retraite et a rejeté les miens. Les âmes pécheresses comme la mienne ne peuvent fléchir le ciel; ainsi je suis livrée à l'affliction, et elle à la joie; elle a exercé la charge comme un ange, et la communauté l'a vue telle que notre bienheureuse mère l'avoit prédit; car vous vous souvenez bien, ma mère, que trois jours après son entrée cette grande servante de Dieu me dit qu'elle seroit prieure ici.» La mère Marie Madeleine ajoute: «J'ai prié Notre-Seigneur au Saint-Sacrement de daigner être prieure de ce couvent ces trois années, et qu'il me fasse la grâce que je ne tienne aucun lieu dans les âmes. J'ai dit à mes sœurs aujourd'hui, tenant mon premier chapitre, qu'elles regardassent ce siége vacant, puisqu'elles n'avoient qu'une ombre et non une prieure, que leur nécessité les obligeoit doublement à chercher à vivre en Jésus-Christ et de Jésus Christ, n'ayant nul appui en terre.»
L'année qui suivit cette élection de la mère Marie Madeleine se trouvant la cinquantième de l'établissement de ce premier monastère de l'ordre en France, elle s'occupa tout entière du soin de renouveler dans les âmes commises à sa direction la ferveur de l'esprit primitif dont avoient été animées les premières mères. A cet effet elle tint son chapitre l'avant-veille de Saint-Luc, et avec des paroles de feu elle rappela à ses filles les prodiges que Notre-Seigneur avoit faits pour opérer ce grand œuvre, l'éminente sainteté des âmes qui l'avoient commencé, l'ardeur de leur amour pour Dieu et leur oubli de tout le reste; et, après avoir élevé leur esprit par le souvenir de ces grandes âmes, elle fit naître dans leurs cœurs de si vifs sentiments de contrition de n'avoir peut-être pas répondu à toute l'étendue de la grâce de leur vocation, qu'elles fondirent en larmes, surtout lorsqu'elle leur fit remarquer qu'il y avoit peu d'ordres religieux qui eussent passé plus que les cinquante ans sans quelque affoiblissement de leur premier esprit; enfin elle les exhorta à faire tous leurs efforts pour obtenir, par la ferveur de leurs oraisons, de leurs pénitences et de tous les genres de bonnes œuvres, le pardon des fautes commises et une grâce puissante pour se renouveler dans cette seconde cinquantaine. Elle conclut ce discours en réglant que pour attirer sur la communauté ce renouvellement désirable, la semaine se passeroit en exercices de prières et de mortifications, et que le lendemain, veille de Saint-Luc, jour auquel les mères espagnoles entrèrent dans cette maison, on jeûneroit au pain et à l'eau comme le vendredi saint, que le même jour il n'y auroit pas de récréation, que chaque jour de l'octave l'on feroit diverses processions et pénitences, selon qu'il plairoit à Notre-Seigneur de l'inspirer aux unes et aux autres. Ces saintes filles s'empressèrent à l'envi d'entrer dans les édifiantes vues de leur mère qui, quoique malade, voulut absolument leur donner l'exemple de tout, et jeûna aussi austèrement que si elle eût été en parfaite santé. Le jour de Saint-Luc évangéliste, le très Saint-Sacrement fut exposé à l'oratoire, et pendant cette octave la communauté veilla jusqu'à minuit. Quelles bénédictions ne doit-on pas présumer que durent attirer sur ces âmes ferventes tant de saints exercices et des oraisons si dignes du cœur de Dieu!