Crescentius maintint quelque temps l'ombre sur la République Romaine. Il chassa du siège Pontifical Grégoire IV neveu de l'Empereur Othon III. Mais enfin Rome fut encore assiégée et prise. Crescentius attiré hors du Château Saint Ange sur l'espérance d'un accommodement et sur la foi des serments de l'Empereur, eut la tête tranchée. Son corps fut pendu par les pieds, et le nouveau Pape élu par les Romains, sous le nom de Jean XV eut les yeux crevés et le nez coupé. On le jetta en cet état du haut du Château Saint Ange dans la Place.
Les Romains renouvellèrent alors à Othon III les serments faits à
Othon Ier et à Charlemagne.
Après les trois Othon, ce combat de la domination Allemande, et de la liberté Italique, resta longtemps dans les mêmes termes. Sous les Empereurs Henri II de Bavière, Conrad II le Salique, dès qu'un Empereur était occupé en Allemagne, il s'élevait un parti en Italie. Henri II y vint comme les Othons dissiper des factions, confirmer aux Papes les donations des Empereurs, et recevoir les mêmes hommages. Cependant la Papauté était à l'encan, ainsi que presque tous les autres Évêchés.
Benoît VIII Jean XIX l'achetèrent publiquement l'un après l'autre: ils étaient frères de la maison des Marquis de Toscane, toujours puissante à Rome depuis le temps de Marozie.
En 1034, après leur mort, pour perpétuer le Pontificat dans leur maison on acheta encore les suffrages pour un enfant de douze ans. C'était Benoît IX qui eut l'Évêché de Rome de la même manière, qu'on voit encore aujourd'hui tant de familles acheter, mais en secret, des Bénéfices pour des enfants.
Ce désordre n'eut point de bornes. On vit sous le Pontificat de ce Benoît IX deux autres Papes élus à prix d'argent, et trois Papes dans Rome s'excommunier réciproquement; mais par un accord heureux qui étouffa une guerre civile, ces trois Papes s'accordèrent à partager les revenus de l'Église, et à vivre en paix, chacun avec sa Maîtresse.
Ce Triumvirat pacifique et singulier ne dura qu'autant qu'ils eurent de l'argent; et enfin, quand ils n'en eurent plus, chacun vendit sa part de la Papauté au Diacre Gratien, homme de qualité, fort riche. Mais comme le jeune Benoît IX avait été élu longtemps avant les deux autres, on lui laissa par un accord solennel la jouissance du tribut que l'Angleterre payait alors à Rome, qu'on appelait le Denier de Saint Pierre, à quoi un Roi Danois d'Angleterre, nommé Etelvolft, Edelvolf ou Ethelulfe s'était soumis en 852.
En 1046, ce Gratien qui prit le nom de Grégoire VI et qui passe pour s'être conduit très-sagement, jouissait paisiblement du Pontificat, lorsque l'Empereur Henri III fils de Conrad II le Salique, vint à Rome.
Jamais Empereur n'y exerça plus d'autorité. Il déposa Grégoire VI que les Romains aimaient, et nomma Pape Suidger son Chancelier Évêque de Bamberg sans qu'on osât murmurer.
En 1048, après la mort de cet Allemand qui parmi les Papes est appelé Clément II, l'Empereur qui était en Allemagne, y créa Pape un Bavarois nommé Popon: c'est Damaze II qui avec le Brevet de l'Empereur alla se faire reconnaître à Rome. Il le fut malgré ce Benoît IX qui voulait encore rentrer dans la Chaire Pontificale après l'avoir vendue.