Les jansénistes s’affermirent par la persécution. Quatre prélats, Arnauld, évêque d’Angers, frère du docteur; Buzanval, de Beauvais; Pavillon, d’Aleth; et Caulet, de Pamiers, le même qui depuis résista à Louis XIV sur la régale, se déclarèrent contre le formulaire. C’était un nouveau formulaire composé par le pape Alexandre VII lui-même, semblable en tout pour le fond au premier, reçu en France par les évêques, et même par le parlement. Alexandre VII, indigné, nomma neuf évêques français pour faire le procès aux quatre prélats réfractaires. Alors les esprits s’aigrirent plus que jamais.
Mais lorsque tout était en feu pour savoir si les cinq propositions étaient ou n’étaient pas dans Jansénius, Rospigliosi, devenu pape sous le nom de Clément IX, pacifia tout pour quelque temps. Il engagea les quatre évêques à signer sincèrement le formulaire, au lieu de purement et simplement; ainsi il sembla permis de croire, en condamnant les cinq propositions, qu’elles n’étaient point extraites de Jansénius. Les quatre évêques donnèrent quelques petites explications: l’accortise italienne calma la vivacité française. Un mot substitué à un autre opéra cette paix qu’on appela la paix de Clément IX, et même la paix de l’Église, quoiqu’il ne s’agît que d’une dispute ignorée, ou méprisée dans le reste du monde. Il paraît que depuis le temps de Baïus, les papes eurent toujours pour but d’étouffer ces controverses dans lesquelles on ne s’entend point, et de réduire les deux partis à enseigner la même morale que tout le monde entend. Rien n’était plus raisonnable; mais on avait affaire à des hommes.
Le gouvernement mit en liberté les jansénistes qui étaient prisonniers à la Bastille, et entre autres Saci, auteur de la Version du Testament. On fit revenir les religieuses exilées; elles signèrent sincèrement, et crurent triompher par ce mot. Arnauld sortit de la retraite ou il s’était caché, et fut présenté au roi, accueilli du nonce, regardé par le public comme un père de l’Église; il s’engagea dès-lors à ne combattre que les calvinistes, car il fallait qu’il fît la guerre. Ce temps de tranquillité produisit son livre de la Perpétuité de la foi, dans lequel il fut aidé par Nicole; et ce fut le sujet de la grande controverse entre eux et Claude le ministre, controverse dans laquelle chaque parti se crut victorieux, selon l’usage.
La paix de Clément IX ayant été donnée à des esprits peu pacifiques, qui étaient tous en mouvement, ne fut qu’une trève passagère. Les cabales sourdes, les intrigues et les injures continuèrent des deux côtés.
La duchesse de Longueville, sœur du grand Condé, si connue par les guerres civiles et par ses amours, devenue vieille et sans occupation, se fit dévote; et comme elle haïssait la cour, et qu’il lui fallait de l’intrigue, elle se fit janséniste. Elle bâtit un corps de logis à Port-Royal des Champs, où elle se retirait quelquefois avec les solitaires. Ce fut leur temps le plus florissant: Les Arnauld, les Nicole, les Le Maistre, les Herman, les Saci, beaucoup d’hommes, qui, quoique moins célèbres, avaient pourtant beaucoup de mérite et de réputation, s’assemblaient chez elle. Ils substituaient au bel esprit que la duchesse de Longueville tenait de l’hôtel de Rambouillet, leurs conversations solides, et ce tout d’esprit mâle, vigoureux et animé, qui fesait le caractère de leurs livres et de leurs entretiens. Ils ne contribuèrent pas peu à répandre en France le bon goût et la vraie éloquence. Mais malheureusement ils étaient encore plus jaloux d’y répandre leurs opinions. Ils semblaient être eux-mêmes une preuve de ce système de la fatalité qu’on leur reprochait. On eût dit qu’ils étaient entraînés par une détermination invincible à s’attirer des persécutions sur des chimères, tandis qu’ils pouvaient jouir de la plus grande considération et de la vie la plus heureuse en renonçant à ces vaines disputes.
(1679) La faction des jésuites, toujours irritée des Lettres provinciales, remua tout contre le parti. Madame de Longueville, ne pouvant plus cabaler pour la fronde, cabala pour le jansénisme. Il se tenait des assemblées à Paris, tantôt chez elle, tantôt chez Arnauld. Le roi, qui avait déjà résolu d’extirper le calvinisme, ne voulait point d’une nouvelle secte. Il menaça; et enfin Arnauld craignant des ennemis armés de l’autorité souveraine, privé de l’appui de madame de Longueville que la mort enleva, prit le parti de quitter pour jamais la France, et d’aller vivre dans les Pays-Bas, inconnu, sans fortune, même sans domestiques; lui, dont le neveu avait été ministre d’état; lui, qui aurait pu être cardinal. Le plaisir d’écrire en liberté lui tint lieu de tout. Il vécut jusqu’en 1694, dans une retraite ignorée du monde, et connue à ses seuls amis, toujours écrivant, toujours philosophe supérieur à la mauvaise fortune, et donnant jusqu’au dernier moment l’exemple d’une ame pure, forte, et inébranlable.
Son parti fut toujours persécuté dans les Pays-Bas catholiques; pays qu’on nomme d’obédience, et où les bulles des papes sont des lois souveraines. Il le fut encore plus en France.
Ce qu’il y a d’étrange, c’est que la question, «si les cinq propositions se trouvaient en effet dans Jansénius», était toujours le seul prétexte de cette petite guerre intestine. La distinction du fait et du droit occupait les esprits. On proposa enfin, en 1701, un problème théologique, qu’on appela le cas de conscience par excellence: «Pouvait-on donner les sacrements à un homme qui aurait signé le formulaire, en croyant, dans le fond de son cœur, que le pape et même l’Église peut se tromper sur les faits?» Quarante docteurs signèrent qu’on pouvait donner l’absolution à un tel homme.
Aussitôt la guerre recommence. Le pape et les évêques voulaient qu’on les crût sur les faits. L’archevêque de Paris, Noailles, ordonna qu’on crût le droit d’une foi divine, et le fait d’une foi humaine. Les autres, et même l’archevêque de Cambrai, Fénélon, qui n’était pas content de M. de Noailles, exigèrent la foi divine pour le fait. Il eût mieux valu, peut-être, se donner la peine de citer les passages du livre; c’est ce qu’on ne fit jamais.
Le pape Clément XI donna, en 1705, la bulle Vineam Domini, par laquelle il ordonna de croire le fait, sans expliquer si c’était d’une foi divine ou d’une foi humaine.