Invece delle catacombe la religione abitò nei boschi. Le case ebbero altari; all'eroiche superbie dell'ateismo si contrapposero le miti ma inflessibili resistenze della fede.
Poi Napoleone, disciplinando la rivoluzione nell'impero per portarla in tutto il mondo, sospese la persecuzione religiosa. Al rombo dei suoi cannoni vittoriosi le campane risposero con squilli di trionfo e le chiese si aprirono al culto, mentre tutta l'Europa vinta da una apparente conquista si schiudeva alla libertà. Chateaubriand, che avendo invano cercato giovinetto il passaggio del polo era tornato esule della rivoluzione a Londra per seguir poi tutta la vita il fantasma della regalità, scioglieva nel Genio del Cristanesimo, libro futile e meraviglioso, l'inno della nuova religione pacificata colla nuova libertà.
Le coscienze respirarono. La religione si rialzò avendo perduto nella breve persecuzione gran parte dei falsi ornamenti procacciati nei lunghi secoli della sua tirannide. Roma oscillando sotto la protezione violenta di Napoleone, fra una repubblica fugace e una fuga del Pontefice, trovò alcuni accenti tragici de' suoi primi secoli: la libertà rivoluzionaria alleandosi istintivamente alla libertà religiosa nel nome della libertà di pensiero resistette al nuovo impero. Si potè essere orgogliosamente cattolici come dianzi si era stati superbamente giacobini. Dio confessato da Robespierre all'ultima ora, quasi nel presentimento della morte, sfolgorò nelle chiese fra i Tedeum della vittoria: Cristo prima odiato come tiranno ritornò a capo dei nuovi martiri, martire più antico e più bello di loro. Un vasto sentimento patetico prodotto dai massacri della rivoluzione, alimentato dalle carneficine dell'impero, poetizzato dai sacrifici di quanti erano morti e morivano ancora su rovine fumanti, sostenuto dalle energie della nuova vita creò nella politica, nell'arte, nella religione un mondo nuovo di figure e di realtà.
La religione, ritornando di moda nei costumi, imperò nei libri.
Un moto di reazione la sospinse così in alto amplificandola che un'altra reazione scoppiò, e la scienza, prima complice, poi vergognosa degli eccessi della rivoluzione, e quindi ritiratasi in faccia alla nuova ovazione cristiana, si ripresentò austera per contraddirla.
Da Chateaubriand a Victor Hugo rimasto cristiano attraverso le meravigliose metempsicosi della sua poesia, tutta una legione di scrittori e di artisti agitò il problema religioso: l'ateismo cedette al pessimismo, che fu ancora una contropprova della religione. Le imprecazioni di Lord Byron, le maledizioni di Leopardi espressero il dolore di non potere più credere pur conoscendo le bellezze della fede, mentre l'ateismo vero del secolo antecedente, vissuto nella calma della propria sicurezza, non aveva nè bestemmiato nè sofferto. Lamartine e Manzoni rinnovando la lirica della Chiesa superarono forse gl'inni più belli dei suoi primi tempi: De Maistre e De Bonald sentendo la necessità del nuovo impero religioso vollero mantenerlo colle ragioni dell'antico, e quegli reclamò il dispotismo del papa, questi l'assolutismo del re; Ballanche conservò nel nuovo ardore religioso la vecchia placidezza platonica, mentre madama Staël, fondando con Chateaubriand il romanticismo francese, preparava la più grossa falange di scrittori cristiani apparsa nella storia. Le nuove generazioni arrivavano tumultuando, raggiando.
La Germania quasi sconosciuta nel commercio letterario compiva nella calma di una fecondazione così enorme che oggi appena, dopo cinquant'anni, si è potuto calcolarne le opere e i risultati, la rinnovazione della filosofia e della scienza, dell'arte e della politica. Se la Francia aveva agito, la Germania aveva pensato: pensiero ed azione parvero combattersi un momento nella forma conquistatrice della rivoluzione francese, ma stavano già per fare la pace. Il soffio religioso seguitava a purificare l'aria dalle impurità rivoluzionarie sconvolgendo molte teste. Alessandro di Russia ne ammalò a Pietroburgo; il pontefice ammalò in Roma del vecchio morbo vaticano. Roma che avrebbe potuto conquistare il mondo col nuovo sentimento religioso largo e puro, pretese riprenderlo colle vecchie armi del governo papale. L'avarizia del potere temporale e l'affetazione della tradizione divina la fecero contraddire al recente moto, e poeti, apostoli, scrittori, credenti, tutti furono violentemente assoggettati alla interpretazione vaticana.
Ma generati dalle persecuzioni e nati nella libertà, la loro maggioranza resistette. Roma, che doveva rappresentare la verità della libertà eterna contro la tirannia della libertà rivoluzionaria, divenne l'ultima cittadella del dispotismo, piena più di preti che di soldati, immensa officina di idoli e di catene governative. Per conservare le proprie provincie avversò ogni fortuna d'Italia, costretta ad invocare soccorso da cattolici e da eretici benedisse tutte le violenze e anatemizzò tutti gli eroismi; più vile che nella decadenza dell'impero romano smarrì il senso della sua eterna universalità per non conservare nella coscienza decrepita che il dolore delle ultime ferite e il terrore delle nuove libertà.
Allora, nell'urto del sentimento religioso colla religione, scoppiò la guerra fra il cristanesimo e il vaticanismo.
Da un lato una grande sincerità di idee, tratto tratto turbata da passioni individuali, e una istintiva sicurezza nella equazione della religione colla civiltà; dall'altro la forza di una organizzazione sviluppata in tutto il mondo, mantenuta dalla certezza della tradizione, stabilita sulla verità dei dogmi, raddoppiata dalla potenza della gerarchia, ma il tutto guasto dalla politica di un regno che avarizia e vanità tentarono sempre d'insinuare dogma fra i dogmi, paralizzato dalle antitesi fra il dato umano e il divino favorevoli alla corruzione dei costumi e alla confusione dei precetti. La nuova guerra religiosa arse pressochè in tutti i paesi.