Non ostante tanti spogli e tante rapine, se ne viveva l'esercito bisognoso di ogni cosa, e mentre le cassette piene di cose preziose che appartenevano agli agenti del direttorio, s'incamminavano alla volta di Francia, o segretamente od anche apertamente, perchè a tale di sfrontatezza si era venuti, i soldati non avevano le paghe corse da molti mesi, e laceri e scalzi, e privi di ogni bene, accusavano l'ingordigia di coloro che, preposti al vitto ed al vestimento loro, credevano dover convertire in benefizio proprio le ricchezze dei paesi conquistati con le fatiche e col sangue loro. Ciò produsse una gran lite degli uffiziali subalterni, ai quali stava a cuore l'onore di Francia, ed infinitamente cuocevano i raccontati disordini contro Massena, surrogato a Berthier, e cui imputavano di molte estorsioni fatte, come dicevano, in tutti i paesi italiani venuti sotto il di lui governo, massimamente nel Padovano, e contro Huller, cui principalmente accusavano delle italiane espilazioni e della franzese miseria.
Massena intanto era uscito di Roma ordinando, lasciato solamente un presidio di tre mila soldati in Castel Santo Angelo ed in altri luoghi forti, che tutto l'esercito il seguitasse, così sperando di scioglier quel nodo degli ufficiali contro di lui. Ma quelli insistevano; scrivevano a Berthier, ripigliasse il freno delle genti; protestavano a Massena, non volergli più obbedire. Pensò dunque a ritirarsi, e, lasciato il governo a Saint-Cyr e a Dallemagne, se ne andava in Ancona.
I Romani, osservato lo scompiglio delle genti franzesi ed essendo sdegnati per tante vessazioni, nè potendo più oltre portare sì dura servitù, perchè oramai un popolo di quasi due milioni d'anime era ridotto alla fame, tentavano un movimento più temerario che considerato. I primi a romoreggiare furono i Trasteverini, gridando: Viva Maria. Avviatisi verso San Pietro in grosso numero, uccidevano una guardia franzese, s'impadronivano di Ponte Sisto e delle strade che mettono capo in esso. Al tempo medesimo le campagne tumultuavano; Velletri, Albano, Marino, Cività di Castello si muovevano; la mossa era grave. Già i Franzesi erano uccisi alla spicciolata, e già le più grosse squadre si trovavano in pericolo. Ma essendo gente valorosa, usa all'armi ed ai tumulti improvvisi, poste dall'un de' lati le dissensioni loro, muovendoli il pericolo comune si ordinavano tostamente alle battaglie contro quei popoli spinti piuttosto da furore che da disegno bene ordinato. Vial muovevasi contro la gente tumultuaria di Roma, Murat contro quella del contado. Fu fatto in queste battaglie molto sangue, perchè i Franzesi coi loro squadroni agguerriti combattevano virilmente, ed i Romani, mossi da furore e da zelo religioso, menavano ancor essi le mani aspramente. Infine, prevalendo la disciplina e l'opera delle artiglierie bene governate dai repubblicani, di cui mancavano i Romani, acquistarono i primi con molta preponderanza il vantaggio. Dispergevansi gli avversarii e si nascondevano chi per le case e chi per le campagne. Fecero i contadini, ritiratisi ai monti, una testa grossa, ma Murat, penetrando coi soldati armati alla leggiera in quei riposti ricoveri, gli sperperava. Di centocinquanta prigioni, parte furono mandati al remo, parte giustiziati con le palle soldatesche. Roma, piena di terrore, d'orrore e di sangue, lagrimosamente si querelava. Si toglievano con diligente cura le armi ai popoli. Accagionaronsi, come fautori di questo moto, i cardinali ed altri prelati sospetti di affezione verso il papa. S'intimò ai primi, o rinunziassero alla dignità cardinalizia o andassero carcerati. Rinunziarono Antici ed Altieri; ricusarono Antonelli, Giuseppe Doria, Borgia, Rovenella, la Somaglia, Carandini, Archetti, Mauri, Mattei; fu dato bando ai due ultimi dalle terre della repubblica romani. Gli altri, prima posti in carcere, poi condotti a Cività Vecchia ed imbarcati su navi sdruscite, furono mandati a cercar ricovero in paesi stranieri. Il cardinal Rezzonico, come infermo di mal di morte, fu lasciato stare: Albani che più d'ogni altro desideravano di avere in poter loro, fu fatto correre dai cavalli leggieri, che il seguitavano, ma giunse a salvamento nel regno. In questo modo quanto avea la Chiesa cattolica di venerando per età, per dignità, per dottrina, era disperso e calpestato.
Gli accidenti romani fin qui narrati sapevano di tumulto e di confusione, siccome quelli che succedevano sulle prime alla militare conquista. Restava che la oppressione e la servitù si ordinassero sotto ingannevole forma di governo regolare, come se fosse intento dei conquistatori di fare scherno alla libertà e di metterla in odio a tutti coloro che l'amavano. A questo fine aveva il direttorio mandato a Roma quattro suoi commissarii, che furono Faipoult, Florent, Daunon e Monge, uomini che facevano professione di amore la libertà. Deliberarono fra di loro di dar una costituzione alla repubblica Romana. Ed ecco pubblicarsi un corpo di costituzione, il quale altro non era che sotto nomi romani la costituzione franzese; imperciocchè sotto nome di consolato, di senato, di tribunato, di tribunale di alta pretura e di alta questura, vi era un direttorio, un consiglio degli anziani, un consiglio dei giovani, un tribunal di cassazione, e commissarii dei conti. A questi si aggiungevano gli altri fastidii servili delle amministrazioni centrali per ciascun dipartimento della repubblica, e di una amministrazione centrale per ogni cantone. Si noveravano otto dipartimenti, del Tevere, del Cimino, del Circeo, del Clitunno, del Metauro, del Musone, del Trasimeno, e del Tronto: avevano per capitali Roma, Anagni, Viterbo, Spoleto, Macerata, Sinigaglia, Perugia e Fermo. Erano questi i magistrati; le leggi come quelle di Francia. Dalle leggi passava l'imitazione insino agli abiti; perchè i magistrati furono ordinati vestirsi alla franzese, mutato solo pei consoli, senatori e tribuni il color rosso in nero; la forma simile a quella dei quinqueviri, degli anziani, dei cinquecento di Francia.
Si crearono consoli per la prima volta Liborio Angelucci ed Ennio Quirino Visconti da Roma, Giacomo Dematteis da Frosinone, Panazzi e Reppi da Ancona. Ma variarono molto nella breve vita della repubblica Romana i consoli, perchè si scambiavano ad un primo capriccio del generale o del commissario di Francia. Fu instituito segretario del consolato un Bassal, il quale già mandato da Buonaparte a fomentare la rivoluzione di Venezia, se n'era venuto a fomentar quella di Roma. Chiamaronsi ministri un Torriglioni, un Camillo Corona, un Mariatti, un Bremond franzese.
I quattro commissarii inserirono però nella costituzione romana questo capitolo, che si avesse a fare al più presto un trattato d'alleanza tra la repubblica Romana e la Franzese, il quale sino a che fosse ratificato, tutte le leggi fatte dai due corpi legislativi romani non potessero essere nè pubblicate nè eseguite senza l'approvazione del generale franzese che stava al governo di Roma; e che il generale medesimo potesse di sua propria autorità fare tutte quelle leggi che a lui paressero necessarie, conformandosi non ostante alle instruzioni del direttorio. E questa, oltre gli spogli, le tasse violenti, ed il rimanente, era la libertà di Roma.
Era nella costituzione un capitolo che ordinava di giurar odio alla monarchia, fedeltà ed attaccamento alla repubblica. Papa Pio aveva udito dal suo ritiro della Certosa di Firenze che il governo della repubblica esigeva questo giuramento da tutto il clero e dai parrochi di Roma. Volendo per regola delle coscienze definire questa materia, e parendogli che non si convenisse ai ministri della religione il giurar odio ad alcuna forma di governo, scrisse un breve a monsignor Passeri, vicegerente di Roma, ammonendolo, non esser lecito prestar puramente e semplicemente il giuramento suddetto, ed ordinandogli di notificare agl'intimati questa sua decisione pontificia e di avvertire che la eseguissero. Ma siccome, continuava a discorrere, interessava anche moltissimo che la repubblica fosse persuasa della rettitudine delle massime del clero di Roma relativamente al repubblicano governo, conformi in tutto agl'insegnamenti della cattolica religione, così statuiva che ciascuno potesse con sicura coscienza giurar fedeltà e soggezione alla repubblica che attualmente comandava, essendo stato unanime insegnamento dei santi Padri e della Chiesa che sia dovuta fedeltà e subordinazione a chi, secondo la varietà dei tempi, ha in mano le redini del governo, o sia a chi attualmente comanda. Definì inoltre che ciascuno potesse giurare di non prendere parte in qualsivoglia congiura, trama o sedizione pel ristabilimento della monarchia e contro la repubblica: e potesse altresì giurare odio all'anarchia, essendo questa uno stato di disordine. Finalmente deliberò che si potesse giurare fedeltà ed attaccamento alta costituzione, salva per altro la cattolica religione. Pensava papa Pio che i magistrati della repubblica non avrebbero rigettato questa formola, giacchè era in tutto conforme, come si esprimeva, all'atto del popolo sovrano del 15 febbraio del presente anno, con cui il popolo riunito innanzi a Dio ed al mondo tutto, con un sol animo ed una sola voce aveva dichiarato, voler salva la religione quale di presente venerava ed osservava, cioè la religione cattolica. Ma partito da Roma monsignor Passeri e succedutogli nella carica di vicegerente l'arcivescovo di Nassanzio, quest'ultimo di propria autorità e contro le intenzioni del papa, diede una seconda instruzione per cui i professori del collegio Romano e della Sapienza si credettero autorizzati a prestare, come fecero, il giuramento tale quale era prescritto dalla costituzione, solo facendo qualche protestazione a voce. Udì gravemente il papa quest'accidente, e rescrivendo all'arcivescovo, lo ammonì di nuovo delle sue intenzioni, gli comandò richiamasse la seconda instruzione, e si lamentò che per essa e per l'esempio dei professori soprannominati sembrasse che Roma, già maestra di verità, si fosse fatta maestra dell'errore. Savie, prudenti e conducenti alla quiete dello Stato erano queste sentenze di Pio. Intanto questa faccenda dei giuramenti, per l'ordinario tanto gelosa, si rammorbidì facilmente, sì per la prudenza del papa come per la sopportazione dei magistrati della repubblica, nè produsse, come si temeva, o movimenti o persecuzioni d'importanza.
Creata la repubblica Romana, si spegneva l'Anconitana, la quale non era stata mai altro che un appicco contro il papa. I suoi territorii, salvo San Leo, si incorporarono alla Romana.
Il dì 20 marzo, si celebrava nella vastissima piazza del Vaticano la confederazione della repubblica Romana a guisa di quella che fu da noi già descritta della Cisalpina. Furonvi archi trionfali, sinfonie, illuminazioni, canti, balli; magnifica festa, ma con molto schiamazzo e molte satire alla Romanesca. Saliva con grande apparato sul Campidoglio Dallemagne, chiamava i senatori, apriva il senato, spiegava al vento la romana bandiera. Poi instituiva il tribunato, quindi i consoli sulla piazza del Vaticano; bandiva la costituzione, dichiarava Roma libera; i consoli dall'alto della scalea giuravano. Si coniava, poscia, pure romanescamente al solito, la medaglia adulatoria, bella assai e con questi motti: Berthier restitutor urbis; e Gallia salus generis humani.
Qui sarebbero da descrivere alcune maggiori cose per cui mutossi inopinatamente lo Stato d'Europa, quel d'Africa turbossi, le ottomane spade chiamaronsi ad insanguinar l'Italia, ed il dominio di questa combattuta parte d'Europa passò da Francia a quello che di nuovo lo combatterono: ma non ci è dato che toccar di volo i principali fatti. Concluso il trattato di Campoformio, si riposava la Francia in pace con tutte le potenze del continente, ed, oltre a ciò, aveva per alleate la Spagna, il Piemonte, le Cisalpina, l'Olanda. Le vittorie conseguite, il nome de' suoi generali, il valore e la costanza de' suoi soldati, avevano dato timore a tutti. Per la qual cosa, quantunque tutti vedessero mal volentieri confermarsi in Francia, cioè nel centro dell'Europa, principii contrarii alla natura dei governi loro, contenuti dal timore, nissuno ardiva di muoversi ed aspettavano tempi migliori. Perciò la Francia, non avendo nissun sospetto vicino al continente, poteva voltar tutte le sue forze verso l'Inghilterra. A ciò fare ella si trovava molto ben provveduta d'armi, di navi, di capitani, d'alleanze, e di quanto potea condurre a prospero fine una spedizione.