I trionfatori disarmavano i soldati toscani, s'impadronivano delle fortezze, del corpo di guardia, del palazzo vecchio e delle porte. Al tempo medesimo Miollis, assaltata ed occupata Pisa, se ne andava a Livorno, e quivi, disarmate le truppe del granduca, poneva presidio nei forti, guardie sul porto, mano sui magazzini inglesi e napolitani. Un Reinhard, commissario del direttorio, recava in sua potestà la somma delle cose, ed ordinava che i magistrati continuassero a fare gli ufficii in nome della repubblica franzese. Disfatto dai repubblicani il governo di Toscana, partiva per Vienna con tutta la sua famiglia il granduca, e gli fu dato facoltà dagli occupatori del suo Stato di portar con sè parte del mobile del palazzo Pitti, e alcuni capi di pittura e scultura notabili. Il caso strano mosse, non tutti, ma parte dei Toscani: piantarono i soliti alberi sulle piazze, fecero discorsi, gridarono libertà; pure non si fecero tanti schiamazzi come altrove.
Il dominio dei Franzesi in Toscana cominciò da opere spietate. Gli esuli Franzesi, o preti o laici che fossero, che sotto il placido dominio di Ferdinando si erano ricoverati, furono senza remissione cacciati. Restava papa Pio che, vecchio, infermo ed ormai vicino all'ultimo termine della vita, se ne stava assai riposatamente nella Certosa di Firenze. Quest'ultima quiete gli turbarono i repubblicani, sforzandolo a partire alla volta di Parma, e poi fin oltre in Francia al tempo stesso della partenza di Ferdinando. Partiva il canuto e cadente pontefice, poco conscio di sè per l'infermità e per la disgrazia, molto salutato dalle pietose e meste popolazioni. Strada facendo, era chiuso nelle fortezze, poi venne serrato in Brianzone, finalmente trasportato in Valenza del Delfinato: quivi condusse nell'esilio una vita, che con tanto apparato di maestà e di potenza aveva incominciato. L'accompagnò sempre lo Spina, che fu poi cardinale, dolce e pietoso ufficio.
Ad uno spettacolo compassionevole succedeva uno spettacolo orrendo. I Franzesi, partiti in tre schiere, affrontavano vigorosamente, il dì 26 di marzo, i Tedeschi sulle sponde dell'Adige. Ad un punto preso, tutte tre schiere andavano alla fazione loro, e già la battaglia ardeva con molta uccisione per ambe le parti da Legnago fin oltre Bussolengo. Al primo romore delle armi era corso il presidio di Legnago governato dal colonnello Skal ad occupare le mura e la strada coperta; le guardie esteriori già si urtavano coi Franzesi, ai quali davano favore i fossi, le siepi, e gli alberi che ingombravano il terreno. Si combatteva con grandissimo valore dai Franzesi e dai Tedeschi sotto le mura di Legnago, presso Anghiari, ed a San Pietro per la strada di Mantova. Combatterono i repubblicani felicemente a San Pietro, infelicemente ad Anghiari, con fortuna pari a Legnago; ma la fortezza del luogo sosteneva gli avversarii. Urtarono genti fresche i Franzesi in parecchi luoghi, ma principalmente a San Pietro, dov'erano più forti e già vittoriosi, e superata finalmente la forte ed ostinata resistenza loro, li costrinsero a piegare ed a ritirarsi oltre Anghiari e Cerea verso il Tartaro. Vinto Montrichard a Legnago con perdita di circa due mila soldati, gli Alemanni si mettevano al punto di seguitarlo. Ma sopraggiunte a Kray erano le novelle che Victor e Hatry, battute aspramente le terre di Santa Lucia e di San Massimo, si erano impadroniti della prima e si sforzavano di occupare fermamente la seconda, dalla quale, entrati a viva forza già sette volte, altrettante erano stati risospinti. Così in questa parte stava la battaglia in pendente per l'acquisto di Santa Lucia dall'un de' lati e per la conservazione di San Massimo dall'altro. Tuttavia si continuava a combattere; un terrore profondo occupava Verona, non sapendo i Veronesi qual fine fosse per avere quel lungo ed aspro combattimento e molto temendo dei Franzesi per le ingiurie antiche e nuove. A questo stato dubbio sotto le mura di Verona, s'aggiunse la rotta toccata dalle genti Alemanne sull'ala loro destra, governata dai generali Gottersheim ed Esnitz; il che fece fare nuovi pensieri a Kray, distogliendolo del tutto dal seguitare i repubblicani oltre l'Adige verso Mantova. Era il sito di Pastrengo e Bussolengo munitissimo per molte fortificazioni, che consistevano in due ridotti, in frecce, trincee di campagna e teste di ponti. Urtarono i Franzesi con tanto impeto tutte queste opere, che, sebbene gli Austriaci vi si difendessero virilmente, le sforzarono. Il caso fu tanto subito che questi ultimi non poterono rompere i ponti di Pastrengo e di Polo, per modo che i repubblicani acquistarono facoltà di passar l'Adige e di correre per la sinistra sua sponda contro Verona e quella parte degl'imperiali che aveva le stanze sulla strada verso Vicenza.
Al tempo stesso in cui Delmas e Grenier vincevano a Bossolengo, Serrurier, più oltre e più su distendendosi a stanca aveva cacciato i Tedeschi dai monti di Lazise, in ciò aiutato efficacemente dal capitano di fregata Sibilla e dal luogotenente Pons colle navi sottili, con le quali custodivano il lago di Garda. Mentre si combatteva sull'Adige, i Franzesi assaltavano Wukassovich sulle frontiere del Tirolo sopra il lago di Garda. Già si erano fatti padroni di Lodrone, ed avevano guadagnato molto spazio oltre i laghi di Iseo e d'Idro. Ma infine vennero in ogni parte respinti. Non così tosto ebbe Kray inteso la rotta della sua ala destra, che, lasciato un presidio sufficiente in Legnago, s'incamminava a presti passi a Verona, per preservarla dal gravissimo pericolo che le sovrastava. Vi arrivava il 27 e 28, e l'assicurava.
I due eserciti, stanchi dal lungo combattere, pieni di morti e di feriti, convennero di sospendere le offese un giorno per dar sepoltura ai primi e cura ai secondi. Continuavano i Franzesi in possessione della riva sinistra dell'Adige, ed era forza o che i Tedeschi ne li cacciassero, o ch'essi cacciassero i Tedeschi di Verona. Se cadeva Verona, era vinta la guerra pei primi, e Suwarow avrebbe potuto arrivare senza frutto. Se i Franzesi erano cacciati dalla riva sinistra era vinta la guerra per gli Austriaci. Sovrastava adunque agli uni e agli altri la necessità del combattere. Adunque alle dieci della mattina del 30 marzo, i Franzesi condotti da Serrurier, passato sugli acquistati ponti il fiume in grosso numero, assaltarono Esnitz e Gottesheim, ai quali già si era congiunto Froelich. Un'altra parte di repubblicani condotta da Victor s'innoltrava verso i luoghi superiori della valle ed in Montebaldo verso la Chiusa e Rivole, coll'intento di occupare i monti, ai quali si appoggiavano i Tedeschi e di guadagnare la strada di Vicenza. Avevano i Franzesi del Serrurier, assaltando con un impeto grandissimo, guadagnato molto campo, e già insistevano sopra Parona, luogo distante ad un miglio e mezzo da Verona. In questo pericoloso momento, Kray mandava fuori otto mila soldati, e, partitigli in tre colonne, li sospingeva ad urtare i Franzesi. Ne sorse un combattimento molto fiero, in fin del quale prevalsero gli Austriaci, ed i Franzesi pensarono al ritirarsi non senza qualche dissoluzione nelle ordinanze. In questo fatto, per frenare l'impeto del vincitore e dar campo ai vinti di ritirarsi, prestò opera egregia la cavalleria piemontese. Restava che si potesse ripassare a salvamento il fiume; una parte passò; ma Kray, avendo occupato i ponti con la cavalleria e rottili per mezzo dei granatieri di Korber, Fiquelmont e Weber, tagliò la strada ai superstiti che, deposte le armi, vennero in suo potere. Quasi tutta la parte che era salita ai monti fu in questa guisa superata e presa.
Risultava dalle due battaglie di Verona che gli Austriaci passarono l'Adige a portar guerra sulla sua destra sponda. Dal canto suo Scherer si era accampato dietro il Tartaro, tra Villafranca e l'Isola della Scala, attendendo a fortificarsi ed a riordinare i suoi; aveva fermato il suo campo principale a Magnano. Ma le sue condizioni divenivano ogni ora peggiori; perchè il nemico incominciava a romoreggiargli sui fianchi ed alle spalle con truppe armate alla leggera. Wukassowich, sceso dal Tirolo tra il lago di Garda e l'Iseo, minacciava Brescia, oltrechè il colonnello San Giuliano mandato da Wukassowich aveva spazzato tutto il campo tra la destra dell'Adige ed il lago di Garda, per modo che il navilio, che i Franzesi avevano sul lago, era stato costretto a cercar ricovero sotto le mura di Peschiera. Da un'altra parte Klenau, partitosi dall'ala sinistra austriaca con soldati corridori era comparso sul Po, aveva messo a rumore le due sponde, precipitato in fondo le navi franzesi e costretto i repubblicani a rifuggirsi o in Ferrara o in Ostiglia.
Si trovava adunque il generalissimo di Francia in grave pericolo, ed aveva tanto più forte cagione di temere, quanto il suo esercito, scemato per le perdite fatte nelle giornate precedenti, era divenuto di numero inferiore a quello d'Austria. Oltre a tutto questo non isfuggiva a Scherer che Suwarow, ritardato solamente dalle pioggie insolite che avevano fatto gonfiare oltremodo i fiumi ed i torrenti, si accostava; il che avrebbe del tutto fatto prevalere il nemico, se prima dell'arrivare del Russo non ristorava la fortuna cadente. Per tutto questo, nè mancando anche d'animo per sè medesimo, si risolveva a cimentarsi di nuovo col nemico, sperando che Magnano avrebbe restituito le cose perdute a Verona.
Dall'altro canto il generale austriaco, non fuggendo di tentar la fortuna da sè solo, agognava ancor esso la battaglia, perchè non voleva dar tempo al nemico di riordinarsi e riaversi dall'impressione delle rotte precedenti, nè lasciar raffreddare l'impeto de' suoi, tanto più imbaldanziti delle vittorie recenti, quanto più le avevano acquistate mentr'era ancor fresca la memoria delle sconfitte. Forse ancora Kray nel più interno dei suo animo desiderava una nuova battaglia per operare che per suo mezzo la guerra fosse del tutto vinta innanzi che arrivassero il generalissimo Melas ed il forte maresciallo di Paolo.
Ivano all'affronto i due nemici divisi in tre schiere, il dì 5 aprile. Sorgeva una fierissima battaglia; benchè i Franzesi fossero inferiori di numero, guadagnarono nondimeno, valorosissimamente combattendo, del campo, e facevano piegar l'inimico. Serrurier, sospinto prima ferocemente da Villafranca, fatto un nuovo sforzo e riordinati i suoi, se ne impadroniva. Delmas si spingeva ancor esso avanti; Moreau il seguitava con uguale prudenza e valore, Victor e Grenier sforzavano San Giacomo e vi si alloggiavano.
Volle Kray rompere Moreau con aver fatto girare un grosso corpo a fine di attaccar il Franzese alle spalle, ed al tempo medesimo urtava impetuosamente Delmas. Questa mossa ottimamente pensata poteva trarre a duro passo Moreau s'ei non fosse stato quell'esperto capitano che egli era; ma risolutosi incontanente su quanto gli restava a fare in sì pericoloso accidente, invece di camminare direttamente; si voltava con grandissima audacia a destra, ed assaltava sul destro fianco coloro che disegnavano di assaltarlo alle spalle. Per questa mossa gli Austriaci furono rotti e fugati verso Verona, a cui si accostavano Delmas e Moreau con le altre due schiere compagne; già il terrore assaliva la città. Pareva in questo punto disperata la battaglia pei Tedeschi; ma Kray ordinava a nove battaglioni del retroguardo che si spingessero avanti, condotti dal generale Lattermann, ed urtassero il nemico, tre da fronte a sinistra, cinque di fianco. Fu quest'urto dato con tanto ordine ed impeto che i Franzesi, svelta loro di mano per forza la vittoria, se ne andarono rotti in fuga. A questo decisivo passo ordinarono Scherer e Moreau un po' di retroguardo che loro restava, quest'era l'ultima posta, e mandatolo contro il nemico insultante, non solamente ristoravano la fortuna della battaglia, ma ancora rompevano del tutto la mezzana schiera degl'imperiali e fugivano Keim fin quasi sotto alle mura di Verona. Restava un ultimo rimedio a Kray; quest'erano i restanti battaglioni del retroguardo. Serraronsi i freschi battaglioni alemanni, adoprandosi virilmente Lusignano sui Franzesi con un incredibile furore. Non piegarono i repubblicani, ma s'arrestarono: nasceva un urtare, un riurtare tale che pareva che più che uomini tra di loro combattessero. Stette lungo spazio dubbia la vittoria e già, checchè la fortuna apparecchiasse ad una delle parti, era per ambedue salvo l'onore. Finalmente la costanza tedesca prevalse all'impeto franzese: i repubblicani furono piuttosto che cacciati, svelti dal campo di battaglia. Rotto l'argine, precipitaronsi impetuosamente contro i vinti i vincitori e ne fecero una strage grandissima. La schiera di Serrurier, che si era conservata intera e tuttavia teneva Villafranca, fu costretta a mostrar le spalle al nemico non senza scompiglio nelle ordinanze pel caso improvviso, lasciando il fardaggio, le artiglierie ed i feriti in poter del vincitore. Non fu fatto fine al perseguitare se non quando sopraggiunse la notte. Durò la battaglia dalle ore sei della mattina sino alle sei della sera. Il valore vi fu uguale da ambe le parti; la vittoria utilissima alle armi imperiali. Spianò Kray col suo valore la strada alle vittorie di Melas e di Suwarow.