«Replicate mie lettere degli anni passati agli Svizzeri e ai Tedeschi (dic'egli in questa press'a poco) palesarono le mie speranze e i sentimenti e disegni miei. Dio, padre di Nostro Signor Gesù Cristo, m'è testimonio ch'io desiderai da molto tempo che i principi cristiani presedessero a radunanza di persone di gran pietà e dottrina, innanzi alle quali potessi render la mia santa testimonianza, pronto anche a spargere il sangue per Gesù Cristo. Ma vedevo essi principi occupati in altro: e sentendo avvicinarsi la fine mia, scrissi la mia testimonianza e l'atto d'accusa contro i papi, affinchè, se la morte mi sopraggiunge, potesse giovar a' miei fratelli. Depongo questo scritto nelle mani d'uomini santi e fedeli, che lo conservino finchè si raduni un Concilio veramente generale, libero, sacro, solenne, pel quale io supplico il padre del Nostro Signor Gesù Cristo. Ma finchè ciò non s'avveri non venga pubblicato.
«Se quel giorno sospirato risplenderà, che per la pubblica pace e per la concordia della Chiesa, i popoli obbedienti al vangelo possano unirsi, potranno ottener dall'imperatore, dai re e principi cristiani di obbligar seriamente il papa ad un concilio, ove possano tenersi pubblici e liberi convegni di persone d'ogni nazione cristiana, e tutte possano parlare liberamente per mezzo dei loro oratori, in presenza dei grandi e dei legati delle città. Se in quelle adunanze sarà stabilita equità di giudizj, e colla sola parola di Dio si toglieranno gli abusi, rimarranno levate le controversie religiose, sanate le chiese in modo che tutte formino un solo corpo: allora, ma solo allora, o miei depositarj, consegnerete questo scritto tal quale ai rappresentanti delle chiese di Svizzera e di Germania, che sono i difensori del santo vangelo; lo presenterete al Concilio generale libero, sacro, solenne, qual testimonianza d'un uomo pio, il quale morendo non avea ragione di mentire a Cristo. Questa testimonianza e l'atto d'accusa saran da voi lanciati colà come un fulmine, che abbatterà l'anticristo. Fratelli, ve ne supplico, non gli lasciate lungo tempo a rispondere: quell'iniquo dev'essere confuso di botto, in mezzo al Concilio, in presenza de' grandi principi. Allora leggete e rileggete la mia testimonianza coll'atto d'accusa; fate sia diligentemente discussa ed esaminata, e così la Chiesa di Dio sarà purgata».
Segue esponendo venti testimonianze, ognuna delle quali è la professione d'un dogma protestante, e l'ultima un'invettiva contro i traviamenti dei prelati.
Comincia la requisitoria dal descrivere i patimenti a cui va incontro chi si stacca dalla patria, dalla famiglia, dalle care consuetudini per voler professare il vangelo. Poi svolge i punti d'accusa suddetti. Quel che maggiore impaccio gli reca è l'antichità della tradizione di molte verità cattoliche. Ma egli pretende che già al tempo degli apostoli coi veri credenti ne vivessero de' falsi, che oscuravano la luce portata da Cristo, e da quelli vennero i dogmi repugnanti al vangelo, e le cerimonie, che poco a poco ci allontanano da Cristo, e gli innumerevoli precetti contro cui aveano tonato Pietro e Paolo, il purgatorio, le preghiere ai santi. Il lavoro è ben lontano dallo stile artificiosamente colto, che il Paleario adopera altrove, ed egli stesso ne fa professione[483].
Altre lettere scrisse agli eresiarchi d'allora; e nel 1566 erano portate e riportate da Bartolomeo Orello. In una «a Lutero, Melancton, Calvino, Butzer, e a tutti gli Svizzeri e Germani, che invocano Gesù Cristo», dissuade dall'accettare la convocazione del Concilio, qual era fatta, ma che la riformassero; e li mette in sospetto della gran premura che n'ha il papa. Pontifex qui, id ætatis, non satis firma est valetudine, ne nocturnum quidem tempus sibi ad quietem relinquit; magnam copiam consultorum habet, quibuscum ad multam noctem sermonem producit; interdum autem jurisperitos, aut usu rerum probatos, aut astutos homines, addite autem si vultis improbos, consulit... advocat, orat atque obsecrat ut in communem curam incumbant[484]. Udito l'arresto del Carnesecchi, pensò garantire dall'Inquisizione la sua Accusa contro i papi, e col mezzo dell'Orello ne informò Teodoro Zuinger medico di Basilea; questi lo ringrazia della confidenza, loda la sua volontà di giovar alla causa di Dio, ma dice sarebbe meglio affidata l'opera a qualche maestro in divinità, come Sulcer o Coccejo, nelle cui mani starebbe sicurissima.
L'Aonio scrisse poi al senato di Milano come fosse accusato dal padre inquisitore a titolo d'un'orazione latina, scritta trentacinque anni fa; per questa vedeasi molestato, e costretto separarsi dai giovani, ad istruir i quali era stato chiamato di Toscana. Ora pressato dall'inquisitore con nuove lettere, di presentarsi a Roma, risponde trovarsi sotto gli ordini del senato, nè poter di sè disporre senza consenso di quello. Benchè vecchio e di debole salute, non ricusa il lungo viaggio, ma non ha denari da farlo e da spegnere prima i debiti contratti, nè da viver a Roma tanto, che abbia dissipata l'ingiusta accusa.
Non sappiamo se il senato milanese gli concedesse la domanda; fatto è che egli dimorò a Faenza, la qual pure era città papale. Ma nel 1566, pontificando Pio V, frate Angelo di Cremona inquisitore andò arrestar il Paleario, e lo trasse a Roma e nel carcere di Tordinona. Le accuse riduceansi a quattro: che negasse il purgatorio; che disapprovasse il seppellir nelle chiese, preferendo si facesse fuor delle mura; che ponesse in baja il vivere e le foggie monastiche; che attribuisse la giustificazione alla sola fede nella misericordia di Dio, il quale perdona pei meriti di Cristo.
Il Laderchi dà come sua principale incolpazione l'aver pubblicato un libro, dove avea finamente stillato il veleno ereticale: veleno in lui talmente connaturato, che l'avea ripetuto in un'arringa scritta ai padri della senese repubblica; e soggiunge dicesse ai cardinali del Santo Uffizio: «Poichè le vostre eminenze han contro di me tante buone ragioni, non fa mestieri che prendano, o che diano a me più lungo fastidio. Io son fermo di operar secondo vuole san Paolo: Cristo ha sofferto per noi, lasciandoci un esempio da seguire: non avea fatto male, non si trovò frode nelle sue labbra; ingiuriato non rispose, soffrendo non minacciò, ma affidò se stesso a Colui che giudica giustamente. Procedete dunque nel giudizio, proferite la sentenza contro di Aonio, e date così soddisfazione a' suoi avversarj, e adempimento al vostro incarico».
Dopo lungo carcere fu condannato ad essere strozzato ed arso.
È vero che in morte si pentì? Dai ricordi spettanti alla Compagnia della Misericordia di san Giovanni Decollato de' Fiorentini di Roma si trasse un'annotazione di quelli che assistettero a' suoi estremi momenti, e che ne narrano il pentimento, e come «confesso e pentito chiedesse perdono al Signore, alla sua gloriosa madre, e a tutta la corte del cielo, volendo morire da buon cristiano, e credendo tutto quel che crede la santa Romana Chiesa, e così fu morto e bruciato l'8 luglio 1570»[485].