Ed eccoci al terzo periodo, sul quale ci fermeremo più lungamente, perchè in esso si manifesta il graduale intervento dello Stato nelle università e la mutazione dei dottori da liberi docenti in pubblici ufficiali; carattere che tuttora vien loro conservato in molti paesi d'Europa.
Il primo ed il più antico esempio di stipendio pubblico si trova ricordato in Padova nel 1279[338]. In seguito Bologna concesse ad Altigrado, lettore di diritto canonico, un assegno di lire 150, ed a Dino, giureconsulto, di lire 100[339].
Lo stipendio dei dottori ordinari era in questi primi tempi assai tenue e farebbe maraviglia il vedere come fossero scarsamente ricompensati gl'insegnanti in quell'epoca, se non sapessimo che potevano supplire colle offerte degli scolari che ricevevano facendo lezioni straordinarie. Stando alle parole di Odofredo, pare che non sempre allo zelo dei dottori corrispondesse negli scolari la buona volontà di pagare.
Alla fine delle sue lezioni straordinarie questo giureconsulto trovandosi poco soddisfatto della generosità dei suoi uditori, fece il seguente avvertimento, che è anche un arguto rimprovero per l'avarizia degli scolari di quel tempo: «Et dico vobis quod in anno sequenti intendo docere, ordinarie bene et legaliter sicut umquam feci; extraordinarie non credo legere, quia scholares non sunt boni pagatores, quia volunt scire sed nolunt solvere nemo. Non habeo vobis plura dicere, eatis cum benedictione Domini.»
Ben presto però le università volendo che i professori ordinari attendessero con diligenza alle lezioni, vietarono loro, sotto minaccia di gravi pene, di riscuotere cosa alcuna e per qualunque titolo dagli scolari[340].
Erano eccettuati da questo divieto soltanto quei dottori che insegnavano privatamente, i quali, non riscuotendo uno stipendio, erano autorizzati a farsi pagare dagli scolari. Quando però anche questi dottori furono stipendiati, fu estesa ad essi pure la proibizione.
Leggendo gli statuti e i contratti fra i dottori e le università si incontrano frequentemente ricordati stipendi rilevanti[341]. Per non cadere in errore, bisogna avvertire che certe retribuzioni cospicue assegnate ai dottori, non rappresentavano già il salario, ma un compenso straordinario adeguato al tempo in cui insegnavano o alla difficoltà della scienza da loro professata.
Molte università, sperando di vincolare alcuni dottori a rimanere per lungo tempo in uno stesso luogo, anticipavano loro un capitale o in denaro o in beni stabili. Il giureconsulto Suzzara in un trattato fatto colla città di Modena si obbligò d'insegnare per tutta la vita in quello Studio col compenso del diritto di cittadinanza, e colla corresponsione di un capitale di lire 2250, di cui doveva impiegare una parte nell'acquisto di beni del territorio modenese.
Il canonista Galvano fu nel 1384 richiamato all'università di Bologna da Padova, dove insegnava con grandissimo concorso di scolari e gli venne assegnato oltre lo stipendio una certa somma per mantenere allo Studio i suoi due figliuoli[342].
I dottori più insigni venivano investiti dagli imperatori e dai papi anche di vasti feudi e se ne trovano ricordati alcuni esempi nelle storie. Così il canonista Giovanni Andrea ottenne da papa Giovanni XII un feudo nel territorio di Ferrara[343].