Se si consultano gli storici delle università minori troviamo che poche eran quelle dove si compiva interamente l'anno scolastico senza discordie o avvenimenti imprevisti che ne imponessero la chiusura o per lo meno la sospensione delle lezioni.
Il soverchio numero delle università che ebbero origine in Italia nel medio evo fu un'altra causa della loro decadenza. Infatti non era possibile che lo stuolo dei dotti e degli scolari, per quanto diffuso fosse allora l'amore per la scienza, bastasse a riempire tutti i centri di attività intellettuale che sorgevano in quasi tutte le città italiane. Quindi le università minori erano scarse di buoni insegnanti e di uditori non potendo sostenere per lungo tempo la concorrenza delle più potenti e ricche università quali erano Bologna, Padova, Pisa, Napoli, che oltre ad essere provviste di mezzi propri, trovavano, nel governo dal quale dipendevano, ampia sorgente di entrate e una valida protezione. È vero che le città minori supplivano alla scarsezza dei mezzi propri, largheggiando nella concessione dei privilegi ai dottori e agli scolari come ne accerta la famosa Carta Vercellese; ma ciò non bastava a dar loro tanta importanza agli occhi degli studiosi da abbandonare i maggiori studi per recarsi alle loro scuole. Taluno dei più famosi dottori insegnò per lungo tempo anche nelle minori università come si narra dal giureconsulto Baldo che dimorò per trentatrè anni a Perugia; ma questo avveniva raramente e per ragioni speciali come l'amor di patria, e il desiderio di primeggiare e di non avere concorrenti nell'insegnamento. In generale chi aveva acquistato un nome illustre, ambiva di occupare una cattedra nelle maggiori università dove erano più grandi gli onori e più cospicui gli stipendi.
Per tutte queste ragioni, le università secondarie non potevano sostenere a lungo la concorrenza delle altre che fornite di grandi entrate e favorite di larga protezione dalle città in cui risiedevano, erano le più popolate di scolari e le meglio provviste di buoni insegnanti.
Assai prima che i Principati concentrassero per fine politico la vita scientifica della nazione nelle principali città dell'Italia, era cominciata a manifestarsi la decadenza delle università minori, e la lenta opera di assorbimento che su queste esercitavano le più famose.
Un'altra causa di decadenza comune a tutte le nostre università fu quello spirito di discordia che regnava nelle scuole ed eccitava continuamente l'odio fra gl'insegnanti e i tumulti fra gli scolari. Nel medio evo la società era turbata da profondi rancori e dalle ire partigiane, le quali pur troppo si comunicavano anche ai cultori della scienza, talchè le scuole si mutavano in veri centri di turbolenze, e in campi di battaglia dove non era lecito manifestare la propria opinione e primeggiare sugli altri, senza essere esposto ad oltraggi e a giornaliere persecuzioni. La convivenza con questi uomini irrequieti, e nei costumi riprovevoli, non poteva tornare molto gradita a chi voleva dedicarsi allo studio con animo tranquillo e pacato e rifuggiva dal contrasto di passioni violente che allora mettevano lo scompiglio nelle università ed eccitavano le discordie fra i dotti. Uno degli uomini che disprezzava la vita scolastica dei suoi tempi e che non volle mai prender posto nelle scuole universitarie alle quali fu più volte chiamato con larghe promesse di onori e di ricompense pecuniarie[485] fu il Petrarca, che amando di vivere indipendente e volendo coltivare i suoi studi in pace, rispose sempre a quei che lo invitavano all'insegnamento che tale ufficio non era conforme alle sue abitudini e al suo modo di pensare e perciò vi rinunziava, essendosi procacciato sufficiente fama nel mondo senza imbrancarsi collo stuolo iracondo dei dotti suoi contemporanei. Quando ebbero origine col progresso della civiltà altri centri di vita scientifica oltre le università, molti seguirono l'esempio del Petrarca e si astennero dall'insegnare.
Oltre le cause di decadenza intrinseche all'ordinamento universitario del medio evo, abbiamo accennato che altre ancora, inerenti alle condizioni sociali del tempo cooperarono alla lenta trasformazione delle università italiane.
Quando alle repubbliche succedettero i Principati, e il dispotismo cominciò ad esercitare i suoi perniciosi effetti nella società, quei grandi centri di coltura nazionale perdettero a poco a poco la loro autonomia, e furono incorporati alle varie istituzioni dipendenti dallo Stato. La libertà d'insegnamento sempre sospetta e invisa ai tiranni, non venne immediatamente abolita perchè troppo astuta era la politica di quei principi, ma menomata con parziali limitazioni e riserve, e ristretta dentro limiti determinati.
I primi atti d'influenza governativa sulle università furono esercitate dai principi collo scopo di sorvegliare l'andamento degli studii, di proteggere la scienza e i suoi cultori. I disordini che si manifestavano nelle scuole, e le frequenti turbolenze cui davano luogo le troppo vive emulazioni dei dotti, giustificavano in parte questa ingerenza, la quale veniva talvolta anche spontaneamente accettata dalle stesse università in cambio dell'alta protezione di un principe prodigo e liberale in favore degli studi che provvedesse al mantenimento delle scuole e allo stipendio degl'insegnanti. Così tacitamente i rispettivi principati si arrogarono il diritto di sorvegliare e dirigere le università che si trovavano nel loro territorio, di eleggervi ufficiali di propria scelta, di compilare e abrogare gli statuti, e di procedere alla nomina dei professori. E non solo lo Stato cominciò fin d'allora ad ingerirsi dell'ordinamento interno delle nostre università, ma ne limitò il numero largheggiando i principi della loro protezione colle università maggiori e con quelle specialmente che risiedevano nelle principali città del territorio. Infatti col sopraggiungere del secolo decimoquinto lo spirito di accentramento che è inerente all'indole dei governi dispotici, cominciò a manifestarsi palesemente anche nell'ordinamento degl'istituti scientifici di ogni provincia d'Italia. Nel luogo dove risiedeva il principe quasi ad ornamento della reggia, venivano fondate accademie, biblioteche ed altri centri di attività scientifica mentre nelle altre città deperivano gli studi, si chiudevano le scuole, e diminuiva il numero dei dotti che sedotti dalle lusinghe e dal fasto dei nuovi mecenati che andavano ad aumentare il numero dei loro cortigiani.
Quale fosse la vita delle corti italiane nel secolo decimoquinto si può rilevare dagli scrittori del tempo. I Medici di Firenze, i Visconti di Milano, gli Estensi di Modena, gli Scaligeri di Verona, i Malatesta della Marca, i Gonzaga di Mantova e tutti gli altri principi che dominavano in Italia, gareggiavano tra loro per proteggere le arti e le lettere, per avere ai loro stipendi gli uomini più illustri del secolo, per raccogliere i monumenti più rari e preziosi della coltura antica.
Il principe presiedeva i frequenti ritrovi dei dotti che vivevano nella sua corte, ascoltava con diletto le loro composizioni, suggeriva talvolta gli argomenti che dovevano trattare, manifestando sempre il desiderio che si perpetuassero nei poemi o nelle opere d'arte le gloriose gesta della propria famiglia, che se ne ricercassero le origini nei tempi eroici e favolosi della più remota antichità. I più grandi ingegni che per le mutate condizioni dei tempi dovevano adattarsi a vivere sotto la protezione di qualche potente, non poterono sfuggire all'influenza dei costumi corrotti delle corti e divennero anch'essi per necessità adulatori. Il Tasso e l'Ariosto posero a fondamento dei loro immortali poemi le gesta eroiche degli antenati di quei principi che li avevano stipendiati e ciò per compiacere alla vanità dei loro mecenati. La dottrina degli eruditi, la fantasia dei poeti e degli artisti erano al servizio di questi superbi e vanagloriosi, i quali mentre ostentavano un culto profondo per il sapere, facilmente confondevano colla turba degli altri cortigiani i dotti che vivevano presso di loro e amareggiavano spesso con rampogne e sarcasmi quel pane che dividevano con essi alla propria mensa.