Così le università come tutti gli altri istituti scolastici d'Italia furono sottoposte all'assoluto dominio dei governi dispotici e della Corte romana.
Nel secolo decimosettimo peggiorarono le condizioni degli studi in Italia anche perchè molti di quei principi che si erano fatti protettori delle arti e delle lettere sentirono indebolita la loro potenza per effetto delle straniere dominazioni. Nel regno di Napoli, nella Sicilia, e nello stato di Milano dove dominavano i governatori spagnuoli, le scuole non trovarono più nessuna protezione nel governo intento solo a spogliare i cittadini con enormi balzelli per conto di quei re che avevano mandato i loro eserciti in Italia come in terra di conquista.
Estinta la casa dei duchi d'Urbino passarono i loro dominii ai papi. Gli Estensi perduta Ferrara e ristretti ai ducati di Modena e di Reggio si videro mancare i mezzi per provvedere all'incremento delle lettere e delle arti ed emulare i loro predecessori. I duchi di Parma, e i Gonzaga impoveriti per le frequenti guerre ed invasioni trascurarono le scuole e le accademie che avevano fondato. Soltanto i Medici e i duchi di Savoia seguitarono le tradizioni dei loro antenati e accrebbero nei loro stati i centri della cultura.
Le università toscane e le piemontesi furono le sole che dessero in questo periodo qualche segno di attività scientifica. Sotto il regno di Emanuele Filiberto fu trasferita in Torino la sede degli studii e a quell'università vennero chiamati gli uomini più dotti del tempo. Anche i successori di Emanuele Filiberto protessero le lettere e le scienze e conservarono per lungo tempo alla università torinese quei privilegi che aveva goduto come le altre d'Italia nel medio evo.
Ben poco rimane a dire delle università italiane nei secoli successivi. Tutta la loro importanza scientifica, già diminuita al sopraggiungere dei principati può dirsi che cessasse affatto quando a questi subentrarono nel dominio d'Italia le signorie straniere.
Finchè l'Italia fu governata da principi di origine nazionale, le nostre università sebbene andassero rapidamente decadendo per effetto del dispotismo che abolì la libertà d'insegnamento nelle scuole, e concentrò tutta l'attività scientifica nelle Corti e nelle Accademie, nondimeno conservarono qualche traccia degli antichi sistemi, e un certo uniforme andamento che ricordava in parte la loro origine e faceva sentire ancora l'influenza delle tradizioni e il vincolo comune della nazionalità.
Sopravvenute le dominazioni straniere, le università come tutti gli altri rami di pubblica amministrazione subirono una profonda modificazione nel loro intrinseco ordinamento e furono costituite sopra nuove basi e governate da diversi sistemi.
Quella stessa profonda e marcata divisione politica che rese in poco tempo straniere l'una per l'altra le provincie italiane e parve che avesse infranto per sempre il comune vincolo della nostra nazionalità, portò anche una grande trasformazione nei sistemi scolastici, e le nostre università mutarono le antiche leggi e la originaria loro costituzione per accettare i nuovi ordinamenti imposti dallo straniero.
Infatti dal secolo decimottavo in poi le università italiane non ebbero più un carattere loro proprio, e bastarono pochi anni perchè fossero affatto dimenticate quelle gloriose tradizioni scientifiche che dettero per molti secoli alla patria nostra il primato nella cultura civile di tutti i popoli.
Fine.