Lo Studio fiorentino ebbe svariate vicende ora prospere, ora avverse, secondo lo stato della Repubblica che lo manteneva. La vicinanza dell'università pisana gli nocque assai.
Cosimo I ponendo ogni studio nel favorire l'incremento dell'università di Pisa, per affezionarsi questa provincia di recente annessa al granducato di Toscana, influì molto alla totale estinzione dello Studio di Firenze.
(Siena) Questa università ebbe origini assai antiche. Gli storici attestano che nel 1203 si trovavano in Siena molti dottori e scolari favoriti da privilegi; il che fa supporre che fino da quel tempo esistesse in Siena uno Studio. Nel 1249 fu iniziato un catalogo dei professori che insegnarono in quella città. Da questo documento si rileva che allorquando venne compilato, l'università senese esisteva già; ma le sue scuole non avevano in quel tempo maggiore importanza di quella delle altre città italiane. Lo Studio di Siena, acquistò molta importanza all'epoca dell'emigrazione dei dottori e degli scolari bolognesi avvenuta nell'anno 1321.
Nel 1357, l'imperatore Carlo IV, concesse all'università senese il privilegio di Studio generale, posto sotto la sorveglianza del vescovo. Nel 1590 gli scolari chiesero ed ottennero di emanciparsi dall'autorità ecclesiastica eleggendo un rettore del loro ceto. Questa elezione facevasi col concorso di tutte le autorità politiche della Repubblica e di una commissione composta di quarantatrè scolari[106].
(Lucca) Nel secolo XIV anche la città di Lucca volle fondare uno Studio.
L'imperatore Carlo IV concesse l'autorizzazione alla Repubblica di aprire lo Studio generale con scuole di diritto civile e canonico, di logica, filosofia, medicina, astrologia e arte notarile. Nel 1387 Urbano IV concesse i consueti privilegi[107].
Anche lo Studio lucchese ebbe breve esistenza, non potendo lungamente prosperare a causa della vicinanza di quello di Pisa, che fu il maggior centro degli studii universitarii di Toscana.
(Arezzo) Anche questa città ebbe il suo Studio, secondo i documenti da noi consultati, che ne provano chiaramente l'esistenza.
Al principio del secolo XIII fioriva in Arezzo una scuola legale assai famosa.
Nel 1215, fra i dottori che insegnarono in questa scuola, si trova ricordato il celebre giureconsulto Rofredo di Benevento[108].