Appena le università divennero corpi privilegiati e indipendenti, acquistarono la facoltà di conferire i gradi accademici e i diritti e le franchigie ad essi inerenti. È da notarsi che le università antiche, anche in questo essenzialmente diverse dalle moderne, conferivano le insegne ed i gradi più per l'utile scientifico che per abilitare all'esercizio delle professioni.
Quando taluno veniva insignito del titolo di baccelliere, di licenziato o di dottore (nei quali tre titoli si riassumevano i gradi accademici di quel tempo), acquistava il diritto d'insegnare e poteva da quel momento partecipare a tutti i privilegi e alle franchigie scolastiche.
Bastava uno di questi tre titoli per acquistare la facoltà d'insegnare in una università; ma il pieno godimento di tutti i diritti accademici non si poteva conseguire se non si era ottenuto il grado di dottore e non si faceva parte di un collegio universitario. Adunque, quando taluno veniva chiamato dottore, s'intendeva nel vero senso della parola, di parlare di quello che insegnava o come allora dicevesi, leggeva (doctor legens): tutti gli altri erano per ironia chiamati (doctorelli) e, secondo l'opinione di molti scrittori, non potevano godere dei privilegi e delle immunità proprie di quel grado[254].
È molto incerta l'epoca in cui si cominciò a conferire il titolo e le insegne di dottore nelle università. Gli eruditi hanno fatto molte ricerche sopra questo argomento; ma non son giunti a provare con evidenza a qual tempo risalga l'origine di questo grado e in quali scuole venisse per la prima volta conferito.
Alcuni storici attribuiscono ad Irnerio l'uso di celebrare con solennità il conferimento del titolo e delle insegne, ma non vi sono documenti che confermino questa opinione. I segni dell'investitura del dottorato che erano la veste, il berretto, o l'anello, non è inverosimile che fossero tolti dall'uso molto comune in quei tempi d'incoronare i poeti.
Il Villani, parlando di Dante, dice che fu seppellito a grande onore in abito di poeta.
La laurea è certamente anteriore al dottorato come grado accademico. Infatti l'imperatore Ottone III, scrivendo al monaco Gerberto che divenne poi papa Silvestro II, lo chiama «filosofo peritissimo e laureato nelle tre parti della filosofia[255].»
Certo è che per non confondersi nell'origine del dottorato, è d'uopo distinguere due epoche diverse nella storia di questo titolo scolastico. Bisogna avvertire che prima assai della costituzione delle università, era conosciuto il nome di dottore; ma non prese il significato di ufficio e di grado accademico, se non quando si formarono le prime scuole universitarie e gl'insegnanti vennero rivestiti di privilegi e di giurisdizione sugli scolari. Fu necessario allora far distinzione fra chi insegnava nelle università e i maestri privati, e stabilire con un nome nuovo la differenza fra quei che coltivavano le scienze insegnando nelle pubbliche scuole, e quelli che si dedicavano alle arti ed alle professioni, e sebbene avessero facoltà di leggere in cattedra pure se ne astenevano. Cominciò allora la distinzione volgarissima nel linguaggio scolastico del medio evo fra dottore leggente (doctor legens) e dottore non leggente (doctor non legens).
Secondo il Sigonio quelli che modernamente son chiamati dottori, nel medio evo si dicevano giurisperiti o giudici: quelli invece che oggi diconsi professori si chiamavano allora dottori[256]. E questa distinzione è molto esatta e dimostra che nel medio evo come oggidì si poneva gran differenza fra chi era investito di un semplice grado accademico e chi aveva facoltà di adempiere l'ufficio d'insegnante.
Nei primi secoli del rinascimento il nome di dottore, al dire del Muratori, ebbe un significato tanto esteso che poteva assumerlo anche chi esercitava un'arte manuale. Infatti si trovano ricordati «doctores librarii, doctores sagittarum, etc.[257]. Il Colle[258] in un documento del 1170, ha riscontrato che un miniatore aveva il titolo di dottore in Padova, dicendo il documento «che era un buono e bravo dottore, cioè nell'arte sua di miniare.»