Essendo caduta nelle due estremità d'Italia la potenza dei Franzesi, restava ancor in poter loro la romana repubblica, ma non sì che non si vedesse vicina la inevitabile rovina loro anche in questa parte. Suonavano dentro e d'intorno le armi dei confederati o regolari o collettizie. Avevano gli Aretini, sempre infiammati nell'impresa loro contro i Franzesi, in ciò secondati anche dai Cortonesi, avendo le due città in così grave occorrenza posto in disparte le antiche emulazioni, fatto un moto importante sulle rive del Trasimeno, e sforzato Perugia ed il suo forte alla dedizione. A questo modo si erano posti in mezzo, onde i Franzesi rimasti alla guardia di Roma e dei luoghi circonvicini non potessero più comunicare coi loro compagni, che se ne stavano assediati in Ancona. Lo Stato romano quasi tutto tumultuava, e tornava all'obbedienza pontificia. Furonvi al solito uccisioni, rapine, ingiurie a uomini e a donne, con tutte le altre pesti indotte dai popoli mossi a romore. Da una altra parte nè Froelich, che aveva nella Romagna il governo delle genti, nè il re di Napoli, dopo la ricuperazione del regno, avevano trasandato le romane cose. Ad essi accostavansi gl'Inglesi con qualche squadra di genti da terra e con navi condotte dal capitano Trowbridge nelle acque di Civitavecchia.

Adunque la repubblica romana era chiamata a ruina da tutte le parti. Nè il generale Garnier, che ne stava alla custodia, perduto avendo ogni speranza di soccorso, e mancando di genti, poteva resistere a tanta piena. Froelich faceva impeto in primo luogo contro Civitacastellana, ed avendola occupata, facilmente si incamminava a Roma dalla parte bassa, salivano i Napolitani, condotti da un Burcard, Svizzero, e turbavano tutto il paese sulla riva sinistra del Tevere. Erano con loro gl'Inglesi di Trowbridge, che, procurata prima la resa di Capua e di Gaeta, se ne venivano alla conquista di Roma. Usciva Garnier alla campagna, piuttosto per non capitolare senza combattere, che per combattere per vincere. Fuvvi un duro e lungo incontro tra i repubblicani sì franzesi che romani da una parte, e i Napolitani dall'altra, presso a Monte rotondo. Ritiraronsi i Napolitani ai luoghi più alti e montuosi. Non erano ancora i soldati di Garnier riposati dalla fatica della battaglia di Monterotondo, che li conduceva contro Froelich; ma, sebbene con molto valore combattesse, fu costretto a ritirarsi nelle mura di Roma, restando in suo potere le sole fortezze di castel Sant'Angelo, Corneto, Tolfa e Civitavecchia. Questo fatto diè cagione di risorgere anche ai Napolitani dall'altra parte. Perlochè, riavutisi dalla rotta di Monterotondo, s'avviarono di nuovo contro Roma. Posero gli Austriaci le loro prime guardie alla Storta, i Napolitani a Portaromana ed a Pontemolle. Consideratosi da Garnier il precipizio delle cose, e pensando che il cedere a tempo sarebbe non solamente la salute de' suoi, ma ancora quella dei repubblicani di Roma, che avevano seguitato la fortuna franzese, aveva introdotto una pratica d'accordo con Trowbridge, quale fu condotta a perfezione e sottoscritta da ambe le parti il dì 25 settembre.

Le principali condizioni furono le seguenti: uscissero i Franzesi da Roma, Civitavecchia, Corneto e Tolfa con ogni onore di guerra; serbassero le armi, non fossero prigionieri di guerra; si conducessero in Francia od in Corsica; i Napolitani occupassero castel Sant'Angelo e la Tolfa, gl'Inglesi Corneto e Civitavecchia; i Romani che volessero imbarcarsi coi presidii franzesi, e trasportar le proprietà loro, il potessero fare liberamente, e quei che rimanessero, e che si fossero mostrati affezionati alla repubblica, non si potessero riconoscere nè delle parole nè degli scritti nè delle opere passate, e fossero lasciati vivere quietamente, sì veramente che vivessero quietamente e secondo le leggi. Penò qualche tempo Froelich a consentire all'accordo; commise ancora qualche ostilità; ma finalmente vi accomodò l'animo, e voltate le bandiere verso l'Adriatico, se ne giva all'assedio di Ancona, sola piazza che nello stato romano ancora si tenesse pei repubblicani. S'imbarcarono i Franzesi a Civitavecchia, e con essi tutti coloro fra' Romani che stimarono più sicuro lo esilio che il commettersi ad un governo provocato con tante ingiurie.

Burcard occupò primo la città, poscia vi venne don Diego Naselli, dei principi d'Aragona, mandato da Ferdinando con potestà suprema militare e politica, per ridurre a qualche sesto le cose scomposte dalla rivoluzione, innanzichè il governo pontificio vi fosse restituito. Creò un superiore magistrato con titolo di suprema giunta del governo; aggiunse un tribunale di giustizia sotto il nome di giunta di Stato, ufficio del quale fosse che la quiete dello Stato non si turbasse, e chi la turbasse fosse castigato. La suprema giunta notò i beni venduti ai tempi della repubblica come nazionali, ed abrogò le vendite fatte, riserbando agli spossessati il ricorso pei compensi: contenne il libero scrivere, frenò la licenza del vestire sì degli uomini che delle donne, e richiamò ai luoghi loro le suppellettili rapite o vendute del Vaticano e delle chiese, rimborsando però il valore a chi le avesse comperate. Inibì l'ingresso e la dimora in Roma a tutti che avessero avuto cariche nella repubblica, e bandì da tutto lo Stato romano i cinque notai capitolini, che avevano rogato l'atto della sovranità del popolo e della deposizione del sommo pontefice. Oltre a ciò, i beni dei repubblicani furono generalmente sequestrati, poi confiscati: gran numero di coloro che avevano partecipato nel governo precedente, dopo di essere stati esposti ad infinite vessazioni ed insulti, furono gettati in carcere. Violavasi così la capitolazione; del resto, non si fece, come a Napoli, sangue, moderazione degna di molta lode. Ma la sfrenatezza delle soldatesche napolitane suppliva in questo, perchè, oltre al rubare nelle botteghe e nelle strade, il giorno come la notte, uccisero anche parecchie persone che vollero difendersi dalla loro rapacità. Questi delitti andavano impuniti. Roma, offesa dai Napolitani, era compresa da un altro terrore.

Le vittorie di Kray e Suwarow avevano posto in mano degli alleati la valle del Po, quelle di Ruffo e le mosse dei sollevati di Toscana, tolto al dominio dei Franzesi e dei repubblicani il regno di Napoli, lo Stato romano e la Toscana. Sulla destra degli Apennini, altra sedia non avevano più i Franzesi che Genova con la riviera di Ponente, sulla sinistra Ancona. Conservavano gelosamente i repubblicani il Genovesato, perchè, siccome prossimo ai loro territorii, poteva facilmente servir loro di scala al racquistarsi il Piemonte e l'Italia. Ma Ancona tanto lontana non poteva più avere speranza di far frutto importante, ed il volervisi tenere più lungo tempo era piuttosto desiderio di buona fama e gelosia di onore, che pensiero di arrecar qualche momento nelle sorti della guerra. Tuttavia non si smarriva d'animo il generale Monnier, che stava al governo della piazza con un presidio che, tra Franzesi, Cisalpini e Romani, non passava tre mila soldati, e forse nemmeno arrivava a questo numero. La piazza, la quale, ancorchè munita di una forte cittadella, non ha in sè molta fortezza per essere dominata dalle eminenze vicine, era, per la diligenza usata da Monnier, divenuta fortissima: non si poteva venir agli approcci della piazza, se prima non erano sforzate le fortificazioni esteriori, effetto difficile a conseguirsi per la natura dei luoghi.

Non mancavano dall'altra parte mezzi di espugnazione ai confederati. Una flotta turca e russa, governata dall'ammiraglio Woinowich, e comparsa nelle acque d'Ancona, ora bloccava la bocca del porto, perchè nuovo fodero non vi arrivasse, ora faceva sbarchi di gente sui lidi circonvicini. Quest'era la flotta che, già vincitrice di Corfù, intendeva al conquisto di Ancona, ponendo sulle italiche terre coi Turchi e coi Russi i Barbari dell'Epiro. Quivi veniva pure un navilio sottile d'Austria per poter meglio accostarsi a terra ed infestare le spiaggie marittime. Dalla parte del regno, gli abitatori delle rive del Tronto si erano levati a romore, ed, accompagnati da qualche nervo di genti ordinate, correvano tutto il paese, e minacciavano di stringere il presidio d'Ancona dentro le mura. Dalla parte poi della Romagna, tumultuavano anche i popoli contro i repubblicani: Pesaro e Fano, voltate le armi contro di loro, facevano un moto di molta importanza. Sinigaglia stessa titubava. Niuna cosa più restava sicura ai repubblicani che le anconitane muraglie.

Eransi le popolazioni di Pesaro e di Fano mosse da sè stesse, ma s'aggiunse loro, sussidio efficacissimo, l'opera ed il nome del generale cisalpino Lahoz. Era Lahoz stato stromento potente ai Franzesi per turbare l'antico stato d'Italia. Amico al generale Laharpe, aveva militato con lui, e, com'egli, nodriva l'animo volto a libertà. Mutò poi linguaggio e fatti, sì che Montrichard, a cui era subordinato, risapendone i maneggi, e veduta l'importanza del caso, gli toglieva l'autorità sul dipartimento del Rubicone, mandando Hullin per arrestarlo. Ma Lahoz, avuto avviso degli ordini dati per ritenerlo, si era schivato, e mandando fuori apertamente quello che si aveva concetto nell'animo, gittossi coi popoli sollevati a guerreggiare contro Francia.

A tutte queste genti, contro le quali col suo tenue presidio doveva combattere Monnier, si aggiunsero a tempo opportuno quelle che Froelich conduceva dallo Stato romano. Lahoz, incitate e meglio ordinate le squadre dei sollevati sulle rive del Metauro e dell'Egino, prendendo a destra dei monti che chiamano della Sibilla, se ne andava su quelle del Tronto per quivi abboccarsi con Donato de Donatis, alle bande del quale molte altre già si erano accostate, particolarmente quelle che avevano per condottieri i nobili Sciaboloni, Cellini e Vanni. L'arrivo di un generale tanto riputato per perizia di guerra e per valor di mano molto confortava questi capi, perchè speravano che per opera di lui quelle genti indisciplinate e tumultuarie si convertirebbero in esercito regolato ed obbediente. Infatti Lahoz le distribuiva in compagnie, le rendeva sperimentate negli usi del muoversi, del marciare, del combattere. Concorrevano cupidamente tratti dal nome suo gli Abruzzesi, e fecero massa tale che da Ascoli passando per Calderola, Belforte, Camerino, Tolentino e Fabriano, si distendevano con guardie non interrotte fino a Fossombrone e Pesaro, cignendo per tal modo tutto il paese all'intorno d'Ancona.

Monnier, non volendo lasciarsi ristringere nella piazza, usciva fuori alla campagna per combattere fazioni che non potevano portare che danno per lui, perchè aveva poche genti e non modo di ristorare i soldati perduti con nuovi, mentre i collegati, per avere i mari aperti e le popolazioni sollevate in lor favore, potevano facilmente aggiungere genti a genti. Ma qual cosa si debba pensare di questa risoluzione di Monnier, ne seguitava una guerra minuta e feroce, a distruzione d'uomini e di paesi, usandosi dai soldati immoderatamente la licenza. Ascoli, Macerata, Tolentino, Belforte, Fano, Pesaro ed altre città della Marca, belle tutte e magnifiche, prese e riprese per forza parecchie volte, ora dall'una delle parti ed ora dall'altra, pruovarono quanto la licenza militare ha in sè di più atroce e di più barbaro. Finalmente successe quello che era impossibile che non succedesse, cioè che, moltiplicando sempre più le genti collettizie di Lahoz e le regolari de' collegati, e venute in mano loro Jesi, Fiume, Fiumegino, Sinigaglia, Montesicuro, Osimo, Castelfidardo e perfino Camurano, terra posta a poca distanza da Ancona, fu costretto Monnier a serrarvisi dentro ed a far difesa dei suoi le mura fortificate di lei. I Turchi ed i Russi, senza metter tempo in mezzo, s'impadronirono della montagnola, donde più oltre procedendo, tosto piantarono una batteria di diciassette cannoni, con la quale bersagliavano il forte dei Cappuccini, il monte Gardetto e la cittadella.

Furono da questi tiri molto danneggiati gli edifizii della cittadella, restaronne i bastioni rotti, le caserme inabitabili. Al tempo stesso, ventidue barche armate di cannoni fulminavano dalla parte del mare contro il lazzaretto, il molo, il forte dei Cappuccini, e contro le tre navi che già furono della repubblica di Venezia, il Beyraud, il Laharpe e lo Stengel, e che Monnier aveva fatto sorgere in sur un'ancora alla bocca del porto. Lahoz, cacciati i repubblicani da monte Pelago, se ne era fatto padrone, e qui con trincee si approssimava a monte Galeazzo; che anzi, fatto un subito impeto contro di esso, vi si era alloggiato; ma venuto Monnier con un grosso de' suoi, lo aveva ricacciato dentro le trincee scavate fra questi due monti. Tali erano le condizioni dell'anconitana guerra, nè si vedea che gli alleati potessero così presto restar superiori, perchè quei di dentro si difendevano egregiamente, e di que' di fuori, i Russi erano pochi, i Turchi ed i sollevati, per l'imperizia loro e la mala altitudine dei loro istrumenti militari facevano poco frutto nell'espugnazione della piazza.