Così, in men che non fa un anno, ogni ostacolo cedette ai buonapartiani fatti. Poscia, essendo in tutti, parte pei medesimi, parte per diversi rispetti la medesima intenzione alla pace, composte tutte le controversie, il consolo contrasse amicizia coll'imperatore Paolo, s'accordò coll'imperatore Francesco, e rialzò la Francia da bassa ad eminente fortuna.
Le cose della religione cattolica erano in gran disordine in Francia. L'assemblea costituente aveva interrotto la unione con la sedia apostolica, rispetto alla instituzione pontificia dei vescovi, qual era stata accordata tra Leone X e Francesco I, e tolto i beni alla Chiesa, con appropriargli alla nazione. I governi che vennero dopo, massimamente il consesso nazionale, non solamente distrussero gli ordini statuiti dall'assemblea, ma spensero ancora ogni ordine religioso, perseguitarono i ministri della religione, ed alcuni anche sforzarono, cosa nefanda, a rinegare il proprio stato e le proprie opinioni. Il direttorio continuò a perseguitare i preti, ora confinandoli nell'esilio, ora serrandoli nelle prigioni, e sempre impedendo loro, massime ai non giurati, che liberamente e pubblicamente celebrassero i riti divini. Era quindi nato un desiderio in Francia di veder ristorati i riti della religione cattolica, e molti Franzesi in questo desiderio tanto più s'infiammavano, quanto più difficile sembrava la reintegrazione. Buonaparte non era uomo da non vedersi queste cose, meno ancora da non usarle per edificare la sua potenza e per arrivare a' suoi fini smisurati. Adunque, divenuto libero dai pensieri, che più nella mente sua pressavano, della guerra, applicava viemaggiormente l'animo al negoziare col papa, col fine di venirne con lui ad un aggiustamento in materia religiosa. Alcuni accidenti aiutavano queste pratiche, altri le disaiutavano. Dava favore al consolo un concilio nazionale di vescovi giurati che, dipendentemente da un altro tenuto nel 1797 con suo consentimento espresso era per adunarsi in Parigi il dì di San Pietro. Non solamente ei non impediva che questi vescovi parlassero, ma gl'incitava anche a parlare, quantunque fossero giurati e contrarii a quella pienezza di potestà che i papi sostengono spettarsi alla Sedia apostolica. Da un'altra parte la romana curia ardentemente impugnava le loro dottrine. Le disputazioni, come accade, s'inasprivano.
Queste contese teologiche molto piacevano al consolo, e gli dimostravano una grande opportunità, perchè non dubitava che il papa, temendo ch'ei non fosse per gettarsi in grembo agl'impugnatori della santa Sede, avrebbe mostrato più docilità nel concedere ciò che desiderava; perciò questi umori non solo favoriva, ma incitava. Questi erano gli accidenti favorevoli al consolo; ma per natura e per uso e per massima amava egli molto più il governo stretto e monarcale del papa che il governo largo e popolare degli avversarii, e gli pareva che gli ordini papali, rispetto alla potestà unica ed universale, fossero un grande, utile e maraviglioso pensamento. Chiamava i giansenisti gente di molta fede e di ristretti pensieri; nè gli pareva che la costituzione del clero, siccome cosa antiquata e cagione di molte disgrazie, si potesse utilmente rinfrescare. Un nuovo e vivace pensiero, e più conforme ai desiderii dei popoli, gli pareva che abbisognasse.
Da un'altra parte cadevano in questa materia molte e gravi difficoltà. La principale forza del consolo era posta ne' suoi soldati, e non istava senza timore che quell'apparato religioso, al quale da sì lungo tempo erano disavvezzi, e quel comparir di preti, che avevano e con fatti perseguitato e con motteggi lacerato, non paresse avere agli occhi loro qualche parte di ridicolo, cosa di somma importanza in Francia. Temeva altresì in quei primi principii la setta filosofica, nemica al papa, assai più potente di quella che impugnava la larghezza dell'autorità pontificia. Egli aspettava dalla prima gran favore e gran sussidio. Ma più di tutto questo travagliava l'animo suo la faccenda dei beni della Chiesa venduti dai precedenti governi; perchè l'ottenere dal papa la confermazione di queste vendite era di sommo momento, e sapeva che il pontefice ripugnava al fare in questo proposito alcuna espressa dichiarazione. Pure la tranquillità dei possessori era fondamento indispensabile della sua potenza. Non pochi dei giurati erano di gran nome e di qualche autorità, e il consolo li voleva vezzeggiare; ma l'impetrare dal papa che non solamente gli assolvesse e nel grembo suo li riaccettasse, ma ancora, come desiderava, che ai primi seggi della gallicana Chiesa li sollevasse, appariva intricato e malagevole argomento. La medesima difficoltà sorgeva per gli ecclesiastici della parte contraria che avevano conservato i seggi loro anche ai tempi dell'esilio, ed ai quali non avrebbero forse voluto rinunziare, parte per insistenza nelle antiche opinioni, parte per affezione alla famiglia reale di Francia.
Nè mediocre impedimento alla definizione del trattato recava il capitolo della celebrazione dei riti cattolici; perciocchè, essendo i medesimi andati in disuso da sì lungo tempo, non era senza pericolo di scandalo, in mezzo a popolazioni infette di usi e di opinioni contrarie, il volere che tutto ad un tratto pubblicamente e secondo tutti gli usi della Chiesa si celebrassero: si temeva che nascessero enormità, dalle quali i fedeli ricevessero maggiore offensione che edificazione. Ripugnava adunque il consolo, malgrado che il papa insistesse per ogni larghezza di culto pubblico, a questa condizione, volendo indugiare a tempo più propizio i desiderii di Roma.
Nonostante tutte queste malagevolezze in un negozio di tanta importanza, essendo nelle due parti grandissimo desiderio di convenire, mandava Pio VII a Parigi il cardinale Ercole Consalvi, suo segretario di Stato, Giuseppe Spina, arcivescovo di Corinto, ed il padre Caselli, teologo consultore della santa Sede. Dal canto suo dava il consolo facoltà di trattare e di concludere a Giuseppe Buonaparte, a Cretet, consigliere di Stato, ed a Bernier, curato di San-Lodo d'Angeri. Da questi si venne, il dì 15 luglio, al trattato definitivo tra la santa Sede e la repubblica di Francia, atto piuttosto di unica che di molta importanza, poichè per lui si restituiva alla Chiesa cattolica una parte nobilissima d'Europa, e si ridava la pace a tanti uomini di coscienza timorata e pia.
Confessatosi dal governo franzese che la religione cattolica, apostolica e romana era professata dalla maggior parte dei Franzesi, e confessatosi altresì da Sua Beatitudine che dalla sua reintegrazione in Francia era per derivarle un grande benefizio ed un grande splendore, convennero e stipularono le due parti, che la religione cattolica apostolica e romana avrebbe libero e pubblico esercizio in Francia, a quelle regole conformandosi che il governo giudicherebbe necessarie per la quiete dello Stato; s'accorderebbero la santa Sede ed il governo ad ordinare una nuova circoscrizione delle diocesi; esorterebbe il pontefice i vescovi titolari a rinunziare alle sedi loro, e, se nol facessero, con la elezione di nuove titolari provvederebbe, nominerebbe il consolo tre mesi dopo la pubblicazione della bolla di sua Santità, gli arcivescovi ed i vescovi secondo la nuova circoscrizione, e conferirebbe il papa l'instituzione canonica secondo le regole costituite per la Francia innanzi che il governo vi si cambiasse; le sedi vescovili, che in progresso vacassero, ugualmente con nominazioni fatte dal consolo si riempissero, e l'instituzione canonica, conforme al capitolo precedente, dal papa si conferisse; giurassero i vescovi e gli altri ecclesiastici, prima dell'ingresso loro, fedeltà alla repubblica, e promettessero di svelare qualunque trama contraria allo Stato; pregassero nelle chiese per la repubblica e pei consoli; i vescovi non potessero fare nuove circoscrizioni di parrocchie nè nominare parochi se non a beneplacito del governo; le chiese non vendute si restituissero ai vescovi. Dichiarava inoltre il papa, avuto riguardo alla pace ed alla reintegrazione della religione in Francia, che nè egli, nè i suoi successori non sarebbero mai per molestare gli acquisitori dei beni ecclesiastici alienati, e che, per conseguente, la proprietà di essi beni, i diritti e le rendite annessivi, fossero e restassero incomutabilmente in loro, nei loro eredi e negli aventi causa da essi. Obbligossi il governo di Francia a dare congrui assegnamenti ai vescovi ed ai parrochi, e provvedere che i fedeli di Francia potessero legare alle chiese per benefizio della religione. Confessò e riconobbe il papa, essere nel consolo gli stessi diritti e prerogative, di cui appresso alla sedia apostolica godevano gli antichi sovrani di Francia. Se accadesse che un consolo cattolico arrivasse al seggio supremo in Francia, i suoi diritti e prerogative, e così ancora la forma delle elezione dei vescovi si regolassero per un nuovo accordo.
Concluso il concordato, dissolveva tostamente il consolo, non avendone più bisogno, il concilio nazionale di Parigi. Così gli sforzi dei vescovi e preti giurati, per astuzia del consolo servirono alla reintegrazione dell'autorità papale piena in Francia.
Questa convenzione mandata a Roma per la ratifica del papa, vi destò gravi e pertinaci controversie. I teologi più stretti e più dediti alle massime della curia romana apertamente biasimavano i plenipotenziari dello avere troppo largheggiato nelle concessioni e grandemente offeso i diritti e le prerogative della Chiesa cattolica. Il papa medesimo, siccome quegli che molto timorato era e delle prerogative della santa Sede zelantissimo, se ne stava in forse non sapendo risolversi al ratificare. Deliberò, prima di risolversi, di consigliarsi coi teologi più dotti di Roma: richiese del parer loro il cardinal Albani e frate Angelo Maria Merenda dei predicatori, commissario del sant'Officio. S'accordarono ambidue che il papa, salva coscienza, potesse ratificare.
Stante adunque le dilucidazioni date dal cardinale e dal commissario, non soprastette più lungamente Pio VII a dare il suo assenso e ratificò il concordato. Scrisse al tempo stesso brevi ai vescovi titolari, acciocchè alle sedi loro rinunziassero. Alcuni rinunziarono; la maggior parte, massimamente quelli che si erano riparati in Inghilterra, ricusarono. Dei giurati, Primat, le Blanc di Beaulieu, Perrier, Lecoz, Saurin, supplicato al papa che loro perdonasse e nelle sedi destinate dal consolo gl'instituisse, impetrarono.