Gli oltraggi al papa si moltiplicavano. L'accusavano dell'aver dato asilo nei suoi Stati a Napolitani briganti, ribelli, congiuratori contro lo Stato di Murat; per questo, affermavano, aversi occupata Roma; il papa stesso accagionarono di connivenza. Alquier già ne fece querele; del rimanente voleva, non so se per pazzia o per ischerno, che il papa avesse e trattasse ancora come amiche le truppe che violentemente avevano occupato la sua capitale e la sede del suo governo, e fatto contro il pacifico ed inerme suo palazzo quello che contro le fortezze nemiche ed armate solo si suol fare. A questo tratto non potè più contenere sè medesimo il pontefice: sdegnosamente scrisse all'ambasciatore napoleonico, non terrebbe più per amici quei soldati che, rompendo le più solenni promesse, erano entrati in Roma, avevano violato la sua propria residenza, offeso la sua libertà, occupato la città ed il castello, voltato i cannoni contro la propria abitazione, e che inoltre con intollerabile peso si aggravavano sopra il suo erario e sopra i suoi sudditi. A questo aggiungeva che, essendo privato della sua libertà, e ridotto in condizione di carcerato, non intendeva più nè voleva negoziare, e che solo allora si risolverebbe a trattare delle faccende pubbliche con Francia, che sarebbe restituito alla sua piena e sicura libertà.
Le amarezze del papa divenivano ogni giorno maggiori. Il comandante napoleonico intimava ai cardinali napolitani, nel termine di ventiquattr'ore partissero da Roma, tornassero a Napoli. Se nol facessero, gli sforzerebbero i soldati. Quindi l'intimazione medesima, termine tre ore a partire, fu fatta dal soldato medesimo ai cardinali del regno italico. Risposero stare ai comandamenti del pontefice; farebbero quanto ordinasse. A tanto oltraggio il pontefice, quantunque in potestà di altrui già fosse ridotto, gravemente risentissi. Scrisse ai cardinali, non potere Sua Santità permettere che partissero: proibirlo anzi a tutti ed a singoli in virtù di quella obbedienza che a lui giurato avevano.
La sovranità del papa a grado a grado dai violenti occupatori si disfaceva. Commettevano il male, non volevano che si sapesse. Soldati napoleoniani furono mandati alla posta delle lettere, dove, cacciate le guardie pontifizie, ogni cosa recarono in poter loro. Al medesimo fine invasero tutte le stamperie di Roma per modo che nulla, se non quanto permettevano essi, stampare si potesse.
Tolta al papa la forza civile, si faceva passo di togliergli la militare. Incominciossi dalle arti con subornare i soldati, le napoleoniche glorie e la felicità degli imperiali soldati magnificando. Pochi cessero, i più resisterono. Riuscite inutili le instigazioni, toccossi il rimedio della forza. I soldati furono costretti alle insegne napoleoniche, e mandati prima in Ancona, poscia nel regno italico per essere ordinati secondo le forme imperiali.
Restava il santo padre nel suo pontificale palazzo con poche guardie, piuttosto ad onore che a difesa. Vollero i Franzesi che quest'ultimo suo ricetto fosse turbato dalle armi forastiere, non contenti se non quando il sommo pontefice fosse in vero carcere ristretto. Andavano, il dì 7 aprile, all'impresa del prendere il pontificale palazzo; si appresentavano alla porta: il soldato svizzero, che vi stava a guardia, rispose che non lascerebbe entrare gente armata, ma solamente l'ufficiale che le comandava. Parve soddisfarsene il capitano napoleonico: fatti fermar i soldati, entrava solo; ma non così tosto fu lo sportello aperto, e l'ufficiale entrato, che, aggiungendo la sorpresa alla forza, fece segno a' suoi che entrassero. Entrarono; volte le baionette contro lo Svizzero, occuparono l'adito. Si impadronirono, atterrando romorosamente le porte delle armi delle papali guardie, i più intimi penetrali invasero.
Di tanti eccessi querelavasi gravissimamente il pontefice con Miollis; ma le sue querele non muovevano il generale, che anzi, negli eccessi moltiplicando, faceva arrestare da' suoi soldati monsignor Guidebono Cavalchini governator di Roma, ordinando che fosse condotto a Fenestrelle, fortezza alle fauci delle Alpi sopra Pinerolo.
A questi tratti il pontefice, fatto maggiore di sè medesimo, in istile grave e profetico, a Napoleone le sue parole rivolgendo: «Per le viscere, diceva, della misericordia di Dio nostro, per quel Dio che è cagione che il sole levante venne dall'alto a ritirarsi, esortiamo, preghiamo, scongiuriamo te, imperadore e re Napoleone, a cambiar consiglio, a rivestirti dei sentimenti che sul principiar del tuo regno manifestasti; sovvengati che Dio è re sopra di te; sovvengati ch'ei non rispetterà la grandezza di uomo che sia; sovvengati ed abbi sempre alla mente tua davanti, ch'ei si farà vedere, e presto, in forma terribile; perchè quelli che comandano agli altri saranno da lui con estremo rigore giudicati.»
Napoleone, cieco, e dal suo inevitabile destino tratto, non attendeva alle spaventevoli o fatidiche voci del pontefice. Decretava, il dì 2 aprile dello scorso anno, che, stantechè il sovrano attuale di Roma aveva costantemente ricusato di far guerra agl'Inglesi, e di collegarsi coi re d'Italia e di Napoli a difesa comune della penisola; stantechè l'interesse de' due reami e dell'esercito d'Italia e di Napoli esigevano che la comunicazione non fosse interrotta da una potenza nemica; stantechè la donazione di Carlo Magno, suo illustre predecessore, degli Stati pontifizii, era stata fatta a benefizio della cristianità, non a vantaggio dei nemici della nostra santa religione: stante finalmente che l'ambasciatore della corte di Roma appresso a lui aveva domandato i suoi passaporti; le provincie d'Urbino, Ancona, Macerata e Camerino fossero irrevocabilmente e per sempre unite al suo regno d'Italia; il regno italico, il dì 11 maggio, prendesse possessione delle quattro provincie, vi si pubblicasse ed eseguisse il codice Napoleone: fossero investite nel vicerè amplissime facoltà per l'esecuzione del decreto.
Il giorno stesso del 2 di aprile, l'imperatore, conoscendo quanti prelati natii delle provincie unite fossero in Roma ai servigi del pontefice, e volendo privare il santo padre del sussidio di tanti servitori ed amici, decretava che tutti i cardinali, prelati, ufficiali ed impiegati qualsivogliano appresso alla corte, di Roma, nati nel regno d'Italia, fossero tenuti, passato il dì 25 di maggio, di ridursi nel regno; chi nol facesse avesse i suoi beni posti al fisco; i beni già si sequestrassero a chi non avesse obbedito il dì 5 di giugno.
Nè solo la violenza del voler torre i servidori al papa si usò contro coloro ch'erano nati nel regno italico, ma ancora contro quelli che, sebbene venuti al mondo in Roma, possedevano ufficii spirituali in quel regno.